🧬 biology
Benchmarking cell type annotation in spatial transcriptomics: resolving cellular hierarchies, biological fidelity, and dynamic cell states
Este estudio presenta un banco de pruebas exhaustivo de 20 métodos de anotación de tipos celulares de vanguardia a través de diversas tecnologías de transcriptómica espacial y contextos biológicos, revelando que si bien herramientas como scANVI, Seurat y TACCO funcionan bien en general, la anotación precisa de estados dinámicos y de grano fino sigue siendo un desafío y es altamente dependiente del contexto, lo que destaca la necesidad de que los métodos futuros gestionen mejor el reconocimiento de conjunto abierto, la integración espacial y las poblaciones celulares raras.
Xin Maizie Zhou, Yuling Zhu, Yunfei Hu, Manfei Xie, Haoran Qin, Zuzanna Szul, Derek Young, Weiman Yuan, Qimeng Wang, Yic (…)2026-08-28