Theory of Cell Body Lensing and Phototaxis Sign Reversal in "Eyeless" Mutants of ChlamydomonasChlamydomonas

Este artículo presenta una teoría cuantitativa que explica cómo la acción de lente del cuerpo celular en mutantes "sin ojos" de *Chlamydomonas* genera señales luminosas internas que, al dominar la respuesta flagelar sobre la iluminación directa, provocan una inversión en el signo del fototaxis y un comportamiento bistable.

Sumit Kumar Birwa, Ming Yang, Adriana I. Pesci, Raymond E. GoldsteinThu, 12 Ma🧬 q-bio

Cross-Species Transfer Learning for Electrophysiology-to-Transcriptomics Mapping in Cortical GABAergic Interneurons

Este estudio valida la reproducibilidad del marco de mapeo de electrofisiología a transcriptómica en interneuronas GABAérgicas, demuestra que los modelos de secuencia basados en atención pueden igualar a los baselines tradicionales y confirma que el aprendizaje por transferencia de datos de ratón a humano mejora la predicción de subclases en el cerebro humano.

Theo Schwider, Ramin RamezaniThu, 12 Ma🧬 q-bio

Uncovering statistical structure in large-scale neural activity with Restricted Boltzmann Machines

Este estudio utiliza Máquinas de Boltzmann Restringidas (RBMs) para modelar la actividad simultánea de miles de neuronas en el cerebro de ratones, demostrando que estos modelos pueden capturar con alta precisión dependencias de alto orden y revelar redes de interacciones efectivas con estructura anatómica clara, superando las limitaciones de los modelos de entropía máxima tradicionales.

Nicolas Béreux, Giovanni Catania, Aurélien Decelle, Francesca Mignacco, Alfonso de Jesús Navas Gómez, Beatriz SeoaneThu, 12 Ma🧬 q-bio

In-batch Relational Features Enhance Precision in An Unsupervised Medical Anomaly Detection Task

Este artículo presenta un método de detección de anomalías médicas no supervisado que mejora la precisión al integrar variaciones anatómicas normales mediante estimación de hipergrafos y convolución gráfica en lotes, logrando una reducción significativa de falsos positivos en imágenes de resonancia magnética cerebral.

P. Bilha Githinji, Xi Yuan, Ijaz Gul, Lian Zhang, Jinhao Xu, Zhenglin Chen, Peiwu Qin, Dongmei YuMon, 09 Ma🧬 q-bio

Multicellular Tumour Spheroids Exposure to Pulsed Electric Field: A Combined Experimental and Mathematical Modelling Study Highlighting Temporal Dynamics of DAMP Release and Accelerated Regrowth at Intermediate Field Intensities

Este estudio combina experimentos in vitro y modelado matemático para demostrar que la liberación de patrones moleculares asociados a daños (DAMPs) y la supervivencia de células quiescentes en esferoides tumorales tras la exposición a campos eléctricos pulsados dependen de la intensidad del campo, revelando un mecanismo de regeneración acelerada a intensidades intermedias que debe considerarse en el diseño de terapias.

Emma Leschiera, Nicolas Mattei, Marie-Pierre Rols, Muriel Golzio, Jelena Kolosnjaj-Tabi, Clair PoignardMon, 09 Ma🧬 q-bio

The role of topology on protein thermal stability

Mediante simulaciones de Monte Carlo del modelo Go de la proteína YibK, este estudio demuestra que la temperatura de fusión (Tm) es independiente del estado topológico de la proteína, atribuyendo las discrepancias previas entre resultados experimentales y computacionales a una marcada separación de escalas de tiempo entre el desanudamiento y el desplegamiento que impide alcanzar el equilibrio térmico completo durante los experimentos de calorimetría.

João N. C. Especial, Beatriz P. Teixeira, Ana Nunes, Miguel Machuqueiro, Patrícia F. N. FaíscaFri, 13 Ma🧬 q-bio

Extracting useful information about reversible evolutionary processes from irreversible evolutionary accumulation models

El estudio demuestra que, aunque los modelos de acumulación evolutiva asumen la irreversibilidad de las características, pueden proporcionar información fiable sobre el orden relativo de adquisición y la estructura dinámica de las vías evolutivas reales reversibles, a pesar de presentar errores en la estimación de interacciones e incertidumbre.

Iain G. JohnstonFri, 13 Ma🧬 q-bio

Extending Sequence Length is Not All You Need: Effective Integration of Multimodal Signals for Gene Expression Prediction

El artículo propone Prism, un marco que integra señales epigenómicas multimodales mediante ajuste de retroceso para mitigar efectos de confusión, logrando un rendimiento superior en la predicción de expresión génica utilizando secuencias cortas en lugar de depender de longitudes de secuencia extendidas.

Zhao Yang, Yi Duan, Jiwei Zhu, Ying Ba, Chuan Cao, Bing SuFri, 13 Ma🧬 q-bio

Expectation and Acoustic Neural Network Representations Enhance Music Identification from Brain Activity

Este estudio demuestra que distinguir y combinar representaciones de redes neuronales artificiales basadas en señales acústicas y expectativas mejora la identificación de música a partir de la actividad cerebral (EEG), superando a los modelos de referencia y abriendo nuevas vías para el descifrado neural y la cognición musical predictiva.

Shogo Noguchi, Taketo Akama, Tai Nakamura, Shun Minamikawa, Natalia PolouliakhFri, 13 Ma🧬 q-bio

Cross-Species Antimicrobial Resistance Prediction from Genomic Foundation Models

Este artículo demuestra que la predicción de resistencia antimicrobiana entre especies mejora significativamente al utilizar representaciones de modelos fundacionales genómicos estables, extraídas cerca de un umbral de estabilidad en capas profundas, y al aplicar la técnica MiniRocket para preservar patrones de activación local en lugar de depender de agrupaciones globales que fallan en generalizaciones fuera de distribución.

Huilin TaiFri, 13 Ma🧬 q-bio

A Standardized Framework For Evaluating Gene Expression Generative Models

Este artículo presenta GGE, un marco de código abierto en Python que establece un protocolo de evaluación estandarizado y reproducible para modelos generativos de expresión génica de células individuales, abordando la falta de consistencia en las métricas actuales mediante un conjunto integral de medidas distribucionales y análisis biológicamente fundamentados.

Andrea Rubbi, Andrea Giuseppe Di Francesco, Mohammad Lotfollahi, Pietro LiòFri, 13 Ma🧬 q-bio

The macaque IT cortex but not current artificial vision networks encode object position in perceptually aligned coordinates

El estudio demuestra que la corteza IT de los macacos codifica la posición de los objetos en coordenadas perceptuales alineadas con la ilusión de movimiento, una capacidad de adaptación dependiente del historial que falta en las redes neuronales artificiales de visión actuales.

Elizaveta Yakubovskaya, Hamidreza Ramezanpour, Matteo Dunnhofer, Kohitij KarFri, 13 Ma🧬 q-bio

Single molecule localization microscopy challenge: a biologically inspired benchmark for long-sequence modeling

Este trabajo presenta el desafío SMLM-C, un conjunto de datos de referencia biológicamente inspirado para evaluar modelos de espacio de estado en procesos temporales estocásticos de microscopía de localización de moléculas individuales, revelando que su rendimiento se degrada significativamente ante discontinuidades temporales y dinámicas de parpadeo de cola pesada.

Fatemeh Valeh, Monika Farsang, Radu Grosu, Gerhard SchützFri, 13 Ma🧬 q-bio

Ill-Conditioning in Dictionary-Based Dynamic-Equation Learning: A Systems Biology Case Study

Este estudio analiza cómo la mala condición numérica, causada por la multicolinealidad en las bibliotecas de funciones, compromete la identificación precisa de ecuaciones dinámicas en sistemas biológicos mediante regresión dispersa, demostrando que el uso de bases polinómicas ortogonales alineadas con la distribución de los datos puede mitigar estos problemas y mejorar la recuperación de los modelos.

Yuxiang Feng, Niall M Mangan, Manu JayadharanFri, 13 Ma🧬 q-bio