Framing local structural identifiability and observability in terms of parameter-state symmetries

Este artículo introduce las simetrías parámetro-estado como un subconjunto de las simetrías de Lie para demostrar que las combinaciones de parámetros estructuralmente identificables y los estados estructuralmente observables corresponden a invariantes universales, ofreciendo así un enfoque unificado para analizar las propiedades estructurales de modelos dinámicos.

Johannes G. Borgqvist, Alexander P. Browning, Fredrik Ohlsson, Ruth E. BakerFri, 13 Ma🧬 q-bio

Leveraging Phytolith Research using Artificial Intelligence

El artículo presenta "Sorometry", una plataforma integral de inteligencia artificial que combina análisis de imágenes 2D y nubes de puntos 3D para automatizar la clasificación y cuantificación de fitolitos, superando las limitaciones de los métodos manuales y permitiendo un análisis a escala de "ómicas" de muestras arqueológicas y paleoecológicas.

Andrés G. Mejía Ramón, Kate Dudgeon, Nina Witteveen, Dolores Piperno, Michael Kloster, Luigi Palopoli, Mónica Moraes R., José M. Capriles, Umberto LombardoFri, 13 Ma🧬 q-bio

Neural network-based encoding in free-viewing fMRI with gaze-aware models

Este estudio presenta un modelo de codificación neuronal basado en CNN que incorpora datos de seguimiento ocular para analizar la actividad cerebral durante la visión natural sin fijación central, logrando un rendimiento comparable a los modelos convencionales con 112 veces menos parámetros y facilitando así investigaciones más ecológicamente válidas.

Dora Gozukara, Nasir Ahmad, Katja Seeliger, Djamari Oetringer, Linda GeerligsFri, 13 Ma🧬 q-bio

ELISA: An Interpretable Hybrid Generative AI Agent for Expression-Grounded Discovery in Single-Cell Genomics

ElISA es un agente de IA híbrido e interpretable que unifica los embeddings de scGPT con la recuperación semántica de BioBERT y la interpretación mediada por LLM para permitir el descubrimiento interactivo de hipótesis biológicas a partir de datos de scRNA-seq sin acceder a la matriz de conteo original, superando significativamente a sistemas anteriores como CellWhisperer en la recuperación de tipos celulares y la alineación con hallazgos biológicos publicados.

Omar CoserFri, 13 Ma🧬 q-bio

Nyxus: A Next Generation Image Feature Extraction Library for the Big Data and AI Era

Nyxus es una biblioteca de extracción de características de imágenes de próxima generación diseñada para la escalabilidad en big data y la inteligencia artificial, que ofrece un conjunto exhaustivo de características biomédicas y múltiples interfaces de acceso para optimizar el análisis de grandes volúmenes de datos 2D y 3D.

Nicholas Schaub, Andriy Kharchenko, Hamdah Abbasi, Sameeul Samee, Hythem Sidky, Nathan HotalingFri, 13 Ma🧬 q-bio

A Multi-Label Temporal Convolutional Framework for Transcription Factor Binding Characterization

Este artículo presenta un marco de aprendizaje profundo basado en redes convolucionales temporales que aborda la predicción de sitios de unión de factores de transcripción como un problema de clasificación multietiqueta, logrando capturar correlaciones y mecanismos cooperativos entre múltiples factores para revelar patrones de unión biológicamente significativos y nuevas relaciones.

Pietro Demurtas, Ferdinando Zanchetta, Giovanni Perini, Rita FioresiFri, 13 Ma🧬 q-bio

Forecasting and predicting stochastic agent-based model data with biologically-informed neural networks

Este estudio demuestra que las redes neuronales informadas biológicamente (BINN) pueden entrenarse para generar modelos de ecuaciones diferenciales interpretables que pronostican y predicen con precisión el comportamiento de modelos basados en agentes estocásticos de migración colectiva, incluso en regiones del espacio de parámetros donde los modelos de campo medio tradicionales fallan.

John T. Nardini2026-03-11🧬 q-bio

AI-Driven Hybrid Ecological Model for Predicting Oncolytic Viral Therapy Dynamics

Este estudio presenta un modelo híbrido impulsado por inteligencia artificial que combina ecuaciones de Lotka-Volterra con algoritmos de optimización avanzada para predecir con alta precisión la dinámica de la terapia viral oncolítica, identificar biomarcadores clave y facilitar regímenes de tratamiento personalizados en oncología de precisión.

Abicumaran Uthamacumaran, Juri Kiyokawa, Hiroaki Wakimoto2026-03-11🧬 q-bio

Mathematical modeling of glioma invasion and therapy approaches via kinetic theory of active particles

Este artículo presenta un modelo multiescala basado en la teoría cinética de partículas activas que, utilizando datos de resonancia magnética por difusión y curvas de isodosis reales, simula y compara la eficacia de diversas estrategias terapéuticas combinadas (quimioterapia, radioterapia y terapia antiangiogénica) en la invasión de gliomas dentro de una geometría cerebral realista.

Martina Conte, Yvonne Dzierma, Sven Knobe + 1 more2026-03-10🧬 q-bio

Physics-based signal analysis of genome sequences: GenomeBits overview

El artículo presenta una visión general de GenomeBits, una herramienta de análisis genómico basada en métodos de procesamiento de señales y principios físicos que, mediante la transformación de secuencias de nucleótidos en señales numéricas, permite identificar patrones de mutación, transiciones de orden-desorden en variantes virales como el SARS-CoV-2 y Monkeypox, e incluso explorar extensiones cuánticas para modelar genomas como funciones de onda.

E. Canessa2026-03-10🧬 q-bio

A hybrid discrete-continuum modelling approach for the interactions of the immune system with oncolytic viral infections

Este trabajo presenta un modelo híbrido discreto-continuo que integra dinámica estocástica de agentes y ecuaciones diferenciales parciales para analizar la interacción entre el sistema inmunitario y los virus oncolíticos, revelando que una respuesta inmune excesivamente rápida puede reducir la eficacia de la terapia y subrayando la necesidad de modularla clínicamente según las características del tumor y del paciente.

David Morselli, Marcello E. Delitala, Adrianne L. Jenner + 1 more2026-03-10🧬 q-bio

Inferring the dynamics of quasi-reaction systems via nonlinear local mean-field approximations

Este artículo propone un método de aproximación de campo medio no lineal que, mediante una solución analítica basada en una aproximación de Taylor de primer orden, mejora la estimación de tasas cinéticas en sistemas de cuasi-reacciones estocásticos, ofreciendo mayor eficiencia computacional y robustez ante la rigidez en comparación con los enfoques existentes, especialmente cuando los intervalos de tiempo entre observaciones son grandes.

Matteo Framba, Veronica Vinciotti, Ernst C. Wit2026-03-10🧬 q-bio