💻 Category

bioinformatics

1063 articles

La bioinformatique se situe à la croisée fascinante de la biologie et de l'informatique, où des données biologiques complexes sont transformées en connaissances actionnables grâce à des algorithmes puissants. Ce domaine permet aux chercheurs de décrypter le code de la vie, d'analyser des séquences génétiques massives et de modéliser des interactions moléculaires avec une précision inédite, accélérant ainsi les découvertes médicales et biologiques.

Sur Gist.Science, nous nous engageons à rendre ces travaux accessibles à tous. Chaque nouvelle prépublication soumise sur bioRxiv dans cette catégorie est traitée par nos soins, offrant à la fois un résumé technique détaillé pour les experts et une explication claire en langage courant pour le grand public.

Vous trouverez ci-dessous la sélection des dernières études parues dans ce domaine, prêtes à être explorées.

💻 bioinformatics

An openly licensed benchmark and per-gene calibration map for missense pathogenicity predictors on activating cancer drivers

Cette étude révèle que les prédicteurs actuels de la pathogénicité des faux sens, entraînés principalement sur des variants de perte de fonction, sous-estiment systématiquement les moteurs oncogéniques activateurs en raison de leurs caractéristiques structurelles et évolutives distinctes, incitant les auteurs à fournir un benchmark sous licence ouverte, des cartes de calibration par gène et un cadre recalibré (OncoCal) afin d'améliorer l'interprétation des variants somatiques.

Lee, S.-G.2026-07-23
💻 bioinformatics

Hobrac: a reference-guided workflow for genome comparison and synteny visualization

Hobraс est un flux de travail automatisé et disponible gratuitement qui rationalise la comparaison de génomes entiers et la visualisation de la synténie en intégrant une sélection automatisée de génomes de référence à une analyse structurelle basée sur les gènes afin de surmonter les défis liés à la validation d'assemblages et aux études évolutives.

Istace, B., Denoeud, F., Teodori, E., Chorba, N., Aury, J.-M.2026-07-23
💻 bioinformatics

PepCL: A replay-based continual learning framework for updating peptide-MHC models

L'article présente PepCL, un cadre d'apprentissage continu basé sur la relecture associé à un nouveau modèle de pointe appelé MHCPrime, qui permet aux prédicteurs peptide-CMH d'intégrer de nouvelles données d'essais expérimentaux tout en préservant les connaissances antérieures en spectrométrie de masse afin de surmonter l'oubli catastrophique et d'améliorer les performances prédictives à travers divers contextes biologiques.

Chati, P. M., Lashkari, V. D., Salhotra, A., Bruno, P. M., Ntranos, V.2026-07-21
💻 bioinformatics

Extended t-cores for the de novo identification of transposable elements and other inexact repeats from short read RNAseq data

Cet article introduit une méthode entièrement de novo basée sur les « cœurs-t étendus » au sein de graphes de De Bruijn compactés afin d'identifier et de distinguer efficacement les éléments transposables et autres répétitions inexactes directement à partir de données d'ARN-seq de lectures courtes sans nécessiter de génome de référence.

Darmon, S., Mary, A., Lacroix, V.2026-07-20
💻 bioinformatics

Systematic evaluation and benchmarking of text summarization methods for biomedical literature: From word-frequency methods to language models

Cet article évalue 62 méthodes de résumé de texte sur 1 000 résumés d'articles biomédicaux, révélant que les modèles de langage de taille moyenne à usage général surpassent à la fois les méthodes extractives statistiques et les modèles spécialisés ou de pointe dans la génération de résumés scientifiques précis et sémantiquement cohérents.

Baumgärtel, F., Bono, E., Fillinger, L., Galou, L., Keska-Izworska, K., Walter, S., Andorfer, P., Kratochwill, K., Perc (…)2026-07-16
💻 bioinformatics

FUSED: A Functional Representation for Joint Structural and Elemental Analysis of Protein Ligand Binding Sites

L'article présente FUSED, une nouvelle représentation fonctionnelle multivariée qui modélise conjointement les informations structurelles et de composition élémentaire des sites de liaison protéine-ligand sous forme de fonctions continues de la distance, démontrant que cette approche produit des performances prédictives compactes, interprétables et compétitives pour la discrimination de ligands et la classification de sites de liaison par rapport aux méthodes existantes.

Priyankara, T. M. S., Ellingson, L.2026-07-16
💻 bioinformatics

Integrative computational toxicology reveals PFOS and PFHxS associated inflammatory keratinocyte niches in psoriasis through exposure transcriptomics, single-cell spatial mapping and token-aware virtual perturbation

Cette étude emploie un cadre de toxicologie computationnelle intégrative pour démontrer que l'exposition au PFOS et au PFHxS induit des programmes inflammatoires des kératinocytes qui convergent avec la pathologie du psoriasis, identifiant des effecteurs moléculaires spécifiques et des niches spatiales grâce à l'intégration multi-omique et à la perturbation virtuelle.

Ma, J., Yu, Q.2026-07-15
💻 bioinformatics

Computational design of a multi-epitope vaccine against M. tuberculosis

Cette étude présente la conception computationnelle et la validation d'un nouveau candidat vaccin multi-épitope ciblant trois protéines de virulence auparavant inexplorées de *Mycobacterium tuberculosis* (EccB3, MycP et la polycétide synthase), démontrant une forte stabilité structurelle, une liaison efficace aux TLR et des réponses immunitaires robustes grâce à un pipeline complet de vaccinologie inverse.

Buhari, A., Okutu, P., Oyeleke, U. A., Sivakumar, A., Hameed, S. A.2026-07-15
💻 bioinformatics

Taxonomic profilers and their influence on metagenomic diversity analyses

Cette étude démontre que le choix du profileur taxonomique, de la base de données de référence et de la paramétrisation influence considérablement les estimations de la diversité alpha et les conclusions statistiques dans les analyses métagénomiques, soulignant la nécessité critique pour les chercheurs de mener des analyses de sensibilité afin de garantir des résultats scientifiques robustes et fiables.

Rondeau-Leclaire, J., Blanchet, G., Jacques, P.-E., Laforest-Lapointe, I.2026-07-14
💻 bioinformatics

Improved 3D Radial Phyllotaxis Trajectories for Uniform Density Distribution of Readout Directions and Sequential Binning

Cet article introduit des trajectoires de phyllotaxie radiale 3D améliorées, spécifiquement UPhy et FlexiPhy, qui parviennent à une densité uniforme de la direction de lecture et utilisent un ordonnancement d'entrelacement aléatoire pour réduire considérablement les artefacts de l'effet de l'oscillation (ringing) et renforcer la robustesse du regroupement séquentiel rétrospectif dans l'IRM dynamique.

Leidi, M., Delitroz, J., Peper, E., Jia, Y., Barranco, J., Ledoux, J.-B., Romanin, L., Bastiaansen, J. A. M., Schneider (…)2026-07-14