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bioinformatics

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La bioinformatique se situe à la croisée fascinante de la biologie et de l'informatique, où des données biologiques complexes sont transformées en connaissances actionnables grâce à des algorithmes puissants. Ce domaine permet aux chercheurs de décrypter le code de la vie, d'analyser des séquences génétiques massives et de modéliser des interactions moléculaires avec une précision inédite, accélérant ainsi les découvertes médicales et biologiques.

Sur Gist.Science, nous nous engageons à rendre ces travaux accessibles à tous. Chaque nouvelle prépublication soumise sur bioRxiv dans cette catégorie est traitée par nos soins, offrant à la fois un résumé technique détaillé pour les experts et une explication claire en langage courant pour le grand public.

Vous trouverez ci-dessous la sélection des dernières études parues dans ce domaine, prêtes à être explorées.

ExplainBind: Explainable Physicochemical Determinants of Protein-Ligand Binding via Non-Covalent Interactions

ExplainBind est un cadre d'IA novateur et sans structure qui prédit la probabilité de liaison protéine-ligand, identifie les résidus de liaison spécifiques et décrypte les motifs d'interactions non covalentes pour fournir des insights mécanistiques en découverte de médicaments, surpassant les modèles boîte noire existants sur diverses cibles et identifiant avec succès à la fois les inhibiteurs et les activateurs dotés de mécanismes fonctionnels distincts.

Meng, Z., Bai, Z., Yuan, K., Cheah, J. H., Jiang, W., Skepner, A., Leahy, K. J., Ounis, I., Oldham, W. M., Meng, Z., Xu, H., Loscalzo, J.2026-05-19💻 bioinformatics

Unlocking Open-Access Genomic and Transcriptomic Data: The First Bioinformatic Exploitation of Tunisian Durum Wheat Landraces Chili and Mahmoudi, Pioneering Data-Driven Research in North Africa

Cette étude présente la première analyse intégrée génomique et transcriptomique des variétés traditionnelles de blé dur tunisiennes, révélant que l'adaptation aux zones arides est principalement pilotée par un remaniement des réseaux de régulation trans du stress plutôt que par des points chauds de sélection, tout en identifiant des mécanismes moléculaires spécifiques et six cibles chromosomiques pour les programmes de sélection futurs.

Gdoura-Ben Amor, M., MATHLOUTHI, N. E. H., BELGUITH, I., DEROUICH, R.2026-05-19💻 bioinformatics

TransXplorer: An automated translational discovery platform for RNA-seq data

TransXplorer est une plateforme web librement accessible et sans nécessité de connexion qui rationalise l'ensemble du flux de travail analytique RNA-seq — du traitement des données brutes et de la correction automatique des lots à l'enrichissement fonctionnel, l'analyse de réseaux et l'intégration pour la découverte clinique et pharmaceutique — en un environnement unique et unifié.

Verma, V. M., Oler, E., Syed, H., Han, S., Berjanskii, M., Mason, A. L., Wishart, D. S., Wong, G. K.-S.2026-05-19💻 bioinformatics

DistPCA: Tera-Scale Genomic PCA via Out-of-Core Distributed Parallelism

DistPCA est le premier framework C++ distribué et hors mémoire exploitant un parallélisme multi-niveaux basé sur MPI pour surmonter les goulots d'étranglement liés à la mémoire et aux entrées/sorties, permettant une analyse en composantes principales hautement évolutive et précise pour des jeux de données génomiques à l'échelle du téra, et ce sur des systèmes mono- et multi-nœuds.

Mermigkis, G., Sofotasios, A., Kontopoulou, E.-M., Gallopoulos, E., Hadjidoukas, P.2026-05-19💻 bioinformatics

Multi-Scale Tri-Modal Histology Dataset Integrating Tumor Morphology, Immune Patterns, and Clinical Outcomes

Ce papier présente Prostate-TriMod, un nouveau jeu de données d'histologie trimodal pour le cancer de la prostate qui intègre la morphologie multiscale à haute résolution, les cartes spatiales des cellules immunitaires et les résultats cliniques afin de faciliter la recherche avancée en intelligence artificielle multimodale et l'analyse pronostique.

Jung, K. J., Qiu, J., Cho, S., McDonough, E., Chadwick, C., Ghose, S., West, R. B., Brooks, J. D., Ginty, F., Machiraju, R., Mallick, P.2026-05-19💻 bioinformatics

Systematic cross-study assessment of RNA-Seq experimental workflows for plasma cell-free transcriptome profiling

Cette étude évalue systématiquement 21 666 échantillons d'ARNc plasmatique par séquençage (cfRNA-Seq) issus de multiples études pour démontrer que les facteurs techniques, en particulier le choix du protocole et la contamination par l'ADN génomique, dominent largement la variation transcriptomique par rapport aux phénotypes biologiques, établissant ainsi des lignes directrices fondées sur des preuves pour standardiser les protocoles et améliorer la reproductibilité de la découverte de biomarqueurs.

Tuni, C., Asole, G., Monteagudo-Mesas, P., Rusu, E. C., Cabus, L., Gonzalez, L., Sanchez, L., Neto, B., Sanders, P., Weber, M., Lagarde, J.2026-05-18💻 bioinformatics

CatIF-RL: Activity-Oriented Enzyme Sequence Design by Steered Inverse Protein Folding

CatIF-RL est un cadre novateur qui améliore l'activité catalytique des enzymes en orientant un modèle de repliement inverse de diffusion de débruitage basé sur des graphes vers des valeurs de kcat prédites plus élevées grâce à des signaux de préférence axés sur l'activité et à une optimisation de politique relative aux groupes, tout en maintenant la fidélité structurelle et la compatibilité de séquence.

Li, Y., Xiong, J., Zhang, Y., Cai, T., Fu, C., Li, S., Xu, W., Lyu, R., Chen, Z., Guo, Z., Gong, X., Wang, F.2026-05-18💻 bioinformatics

BiomniBench: Process-level Evaluation of LLM Agents for Real-world Biomedical Research

L'article présente BiomniBench, un cadre d'évaluation novateur au niveau des processus qui évalue les agents LLM sur des tâches de recherche biomédicale réelles à l'aide de grilles conçues par des experts afin de surmonter les limites des benchmarks se fondant uniquement sur les résultats et de révéler des défaillances critiques dans le raisonnement et la sélection des méthodes.

Qu, Y., Lu, Y., Tu, X., Zhang, S., She, T., Shaw, A. G., Shih, J.-H., Zhao, B., Shen, M., Yang, H., Yan, J., Zhang, R., Wu, X., Li, T., Zhou, B., Wang, N., Ma, A., Cong, L., Hu, X., Jiang, Y., Dong, J (…)2026-05-18💻 bioinformatics

Elab2ARC: A Browser-Based Workspace for Converting Free-Text Protocols into rich FAIR digital objects

elab2ARC est un espace de travail côté client et basé sur le navigateur qui automatise la conversion des enregistrements de cahier de laboratoire électronique eLabFTW en texte libre en Contextes de Recherche Annotés (ARCs) conformes aux principes FAIR et versionnés, permettant un partage et une archivage fluides sans perturber les flux de travail quotidiens du laboratoire.

Zander, S., Zhou, X.-R., Kranz, A., Dumschott, K., Rocca-Serra, P., Weil, H. L., Tschoepke, M., Muehlhaus, T., Von Suchodoletz, D., Usadel, B.2026-05-18💻 bioinformatics