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bioinformatics

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La bioinformatique se situe à la croisée fascinante de la biologie et de l'informatique, où des données biologiques complexes sont transformées en connaissances actionnables grâce à des algorithmes puissants. Ce domaine permet aux chercheurs de décrypter le code de la vie, d'analyser des séquences génétiques massives et de modéliser des interactions moléculaires avec une précision inédite, accélérant ainsi les découvertes médicales et biologiques.

Sur Gist.Science, nous nous engageons à rendre ces travaux accessibles à tous. Chaque nouvelle prépublication soumise sur bioRxiv dans cette catégorie est traitée par nos soins, offrant à la fois un résumé technique détaillé pour les experts et une explication claire en langage courant pour le grand public.

Vous trouverez ci-dessous la sélection des dernières études parues dans ce domaine, prêtes à être explorées.

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Predicting single mutation effects on binding affinity at protein-protein interfaces based on MMPBSA calculations

Cet article présente un flux de travail basé sur la physique et convivial utilisant des calculs MMPBSA pour prédire avec précision les effets des substitutions d'acides aminés uniques sur l'affinité de liaison protéine-protéine et protéine-peptide, démontrant une performance qui égale ou dépasse les méthodes établies à travers diverses cibles, y compris les complexes de la protéine de pointe du SARS-CoV-2.

Noske, J., Janzen, M., Lepoivre, T., Höcker, B.2026-09-24
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Comparative analysis of 15 chromosome-scale near T2T assemblies of Brazilian Fusarium graminearum isolates

Cette étude présente quinze assemblages de haute qualité, de l'échelle du télomère au télomère, à l'échelle chromosomique d'isolats brésiliens de *Fusarium graminearum*, révélant une structure génomique hautement conservée et suggérant que la variation phénotypique observée dans l'agressivité est probablement pilotée par des différences réglementaires ou le génome accessoire plutôt que par des réarrangements structurels à grande échelle.

Kroll, E., Wood, A. M., Nicolli, C. P., de Klerk, A., Urban, M., Del Ponte, E., Hassani-Pak, K., Hammond-Kosack, K. E.2026-09-23
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Improving Metagenomics Classification with Kmask: Entropy-Based Masking of Low-Complexity Regions

L'article présente Kmask, un outil basé sur l'entropie qui masque efficacement les régions de faible complexité dans les bases de données microbiennes, réduisant considérablement les taux de faux positifs dans la classification métagénomique tout en préservant plus de données de séquences par rapport aux méthodes existantes telles que SDUST.

Ge, Y., Li, E., Mustafa, H., Varabyou, A., Salzberg, S. L.2026-09-23
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A Bayesian modelling framework for inference of latent infection risk patterns from virus neutralisation assay titration data

Cet article introduit un cadre bayésien en deux parties qui infère les modèles de risque d'infection latents directement à partir des données brutes de titration de l'essai de neutralisation virale en modélisant les concentrations d'anticorps et en propageant l'incertitude dans un modèle de mélange sérocatalytique structuré par âge, surmontant ainsi les limites des méthodes dichotomiques conventionnelles et révélant des dynamiques d'infection distinctes pour les entérovirus A71, D68 et le coxsackievirus A6 en Angleterre.

Alrefae, T. A., Pons-Salort, M., Donnelly, C. A., Lambert, B., Kamau, E.2026-09-22
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PREpiBind: Protein Representation-integrated Epitope--MHC Class II Binding Prediction

L'article présente PREpiBind, un cadre à double flux qui évalue systématiquement dix représentations de protéines pour la prédiction de la liaison pMHC-II, révélant que bien que les modèles de langage protéiques atteignent généralement les meilleures performances, le choix de la représentation optimale dépend du scénario de prédiction spécifique et des caractéristiques du jeu de données.

Jang, D. H., Kim, D., Park, B., Hwang, U., Choi, Y., Lee, J.2026-09-21
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CalFluxTools: An R package for analysis of high-throughput calcium oscillation screening data

Le package R CalFluxTools est un pipeline automatisé conçu pour rationaliser l'analyse des données d'oscillations calciques à haut débit provenant de plaques de 384 puits en générant des mesures de contrôle de qualité, en effectuant des tests statistiques et en prédisant la toxicité des composés, surmontant ainsi les défis du traitement manuel de plus de 60 paramètres cinétiques.

Patt, A. C., Borschel, W. F., Braisted, J., Raza, D., Wu, C.-K., Farkondeh, A., Strong, C., Zhang, J., Lee, E., Traynor (…)2026-09-21