365 articles
La biophysique explore la vie à l'échelle moléculaire en appliquant les lois de la physique pour comprendre comment fonctionnent les cellules, les protéines et l'ADN. Ce domaine fascinant révèle les mécanismes secrets qui régissent nos organismes, du battement d'un cœur au fonctionnement de notre cerveau, en passant par la façon dont les médicaments interagissent avec nos cellules.
Sur Gist.Science, nous sélectionnons rigoureusement chaque nouvelle prépublication de bioRxiv dans cette catégorie pour vous offrir un accès immédiat aux découvertes de pointe. Notre équipe transforme ces travaux complexes en résumés clairs en langage courant, tout en conservant des analyses techniques détaillées pour les chercheurs.
Découvrez ci-dessous les toutes dernières études en biophysique, prêtes à être explorées et comprises par tous.
L'article présente SURFER, une extension légère et accélérée par GPU pour UCSF ChimeraX, qui permet une segmentation interactive rapide des densités membranaires ou de leurs mimétiques dans les cartes cryo-EM afin de faciliter leur analyse et leur interprétation.
En utilisant des pinces optiques pour mesurer la dynamique de l'hélicase XPD à l'échelle des paires de bases sur des lésions d'ADN, cette étude révèle que la protéine adopte des mécanismes de détection variables selon le type de dommage et l'orientation de la fourche, s'arrêtant brièvement avant de reculer face aux dimères de pyrimidine cyclobutane (CPD) sur le brin transloqué.
Cette étude démontre que la spectroscopie RMN à très haute vitesse de rotation (MAS) permet d'identifier et de caractériser la dynamique d'équilibre entre les structures en quartets de guanine et les appariements de type double brin au sein des agrégats d'ARN GGGGCC associés à la SLA et à la démence frontotemporale.
Cette étude démontre que l'exposition à une lumière infrarouge moyenne de 34 THz, par résonance avec les modes vibrationnels des groupes phosphate, améliore l'efficacité énergétique cellulaire et prolonge la durée de vie de *C. elegans* de 60 %, proposant ainsi un modèle anti-vieillissement systémique fondé sur l'optimisation de l'efficacité intégrée plutôt que sur la réparation des dommages.
Cette étude démontre que la dynamique d'orientation membranaire de la petite GTPase Rheb, caractérisée par des simulations moléculaires et des expériences de FRET, régule fonctionnellement l'activation de mTORC1, révélant ainsi un mécanisme de contrôle clé pour les GTPases prénylées localisées sur les endomembranes.
Bien que les i-motifs d'ARN soient globalement dépliés à pH neutre en solution, des expériences à l'échelle de la molécule unique révèlent qu'une petite fraction (1 %) reste repliée, suggérant leur pertinence biologique potentielle dans les cellules.
Cette étude présente un cadre de membrane mitochondriale interne synthétique computationnelle qui révèle que l'output d'ATP est optimisé dans une fenêtre étroite de cardiolipine et fortement régulé par l'intégrité du couplage membranaire, offrant ainsi des règles de conception pour les membranes bioénergétiques programmables.
Cette étude critique révèle que la plupart des modèles de pointe du leaderboard TDC pour la prédiction ADMET souffrent de problèmes de reproductibilité, de fuites de données ou de surajustement, soulignant ainsi la nécessité urgente de benchmarks plus rigoureux avec des ensembles de test cachés et des environnements d'inférence standardisés.
Cette étude présente une évaluation systématique des compromis entre précision de classification et efficacité computationnelle dans la cytométrie en flux holographique, démontrant comment le choix de la représentation d'image et l'utilisation de l'apprentissage profond permettent d'optimiser la discrimination des cellules sans marquage.
Le papier présente QuantiTrack, un logiciel MATLAB convivial doté d'une interface graphique qui permet aux biologistes d'analyser de bout en bout la dynamique des protéines au niveau de la molécule unique dans les cellules vivantes, comme démontré par l'étude de la régulation du récepteur aux glucocorticoïdes.