Estimation of Protein Melting Temperatures Using Small-Ladder Replica Exchange Simulations
Cet article propose des recommandations pratiques pour optimiser l'efficacité des simulations de dynamique moléculaire par échange de répliques à différentes températures (TREMD) afin d'estimer les températures de fusion des protéines, en démontrant que l'utilisation itérative de petites échelles de températures combinées à de bonnes conformations initiales permet d'accélérer la convergence par rapport aux approches traditionnelles.