Gene- and capsid-region-resolved codon usage and CpG/UpA ordering in canine astrovirus
Cette étude analyse l'usage des codons et l'ordonnancement des motifs CpG/UpA dans les génomes de l'astrovirus canin, révélant des modèles évolutifs hiérarchiques où la région centrale de la capside de l'ORF2, qui évolue rapidement, présente la plus forte déplétion de ces motifs et l'alignement le plus étroit avec les préférences de codage de l'hôte chien, suggérant de potentielles contraintes induites par l'hôte sur l'évolution de l'ARN viral.