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Do Single-Cell Models Learn Real Biology? An Empirical Analysis of Physical Interaction Signal in Pretrained scGPT Gene Embeddings

Cette étude empirique démontre que les plongements de jetons de gènes préentraînés du modèle scGPT encodent intrinsèquement des structures physiques d'interaction protéine-protéine, comme en témoigne la similitude cosinus significativement plus élevée entre les paires de gènes interagissant par rapport aux contrôles non interagissants appariés à travers plusieurs bases de données.

Liu Chen2026-07-24
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Mechanistic Interpretability of Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of scGPT Gene-Embedding Geometry

Cet article démontre empiriquement que l'espace d'enchâssement statique des gènes-tokens du modèle de fondation scGPT encode des informations détectables, bien que modérées, sur les interactions protéine-protéine physiques connues, comme en témoignent des similitudes cosinus et des métriques de prédiction d'interaction significativement plus élevées pour les paires de gènes interagissant par rapport aux contrôles ne interagissant pas.

Liu Chen2026-07-24
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What Knowledge Can Be Extracted from Single-Cell Data? An Empirical Analysis of Donor-Robust Cell-Type Annotation

Une analyse empirique de données de séquençage d'ARN en cellule unique du pancréas humain démontre que, pour les types cellulaires abondants et canoniques, les modèles d'annotation de types cellulaires se généralisent de manière robuste entre les donneurs avec seulement de légères baisses de performance lorsqu'ils sont évalués via une méthode de type « leave-one-donor-out » par rapport à un fractionnement aléatoire, soulignant la nécessité d'énoncer explicitement la population et le champ technique lors de l'affirmation de connaissances extraites de données de cellule unique.

Liu Chen2026-07-24
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When Do Single-Cell Foundation Models Beat PCA? A Simulation-Based Empirical Analysis of Label Scarcity and Perturbation Generalization

Cette étude basée sur la simulation démontre que les modèles de fondation à cellule unique surpassent de manière significative les pipelines PCA classiques dans les tâches d'annotation à faible disponibilité de labels (1 à 5 cellules étiquetées par classe), mais n'offrent que peu ou pas d'avantage par rapport aux simples bases linéaires lorsque suffisamment de labels sont disponibles ou lors de la prédiction de réponses à de nouvelles perturbations.

Liu Chen2026-07-24
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Rank or Value? An Empirical Analysis of Single-Cell Transformer Tokenization under Sequencing-Depth Loss

Cette étude empirique démontre que, dans le séquençage de l'ARN en cellule unique, le partitionnement par valeurs d'expression fixes surpasse l'encodage par rang de la médiane du corpus pour la classification cellulaire sous perte de profondeur de séquençage, révélant que l'invariance à la multiplication de la taille de la bibliothèque ne garantit pas la robustesse face à la perte stochastique de molécules.

Liu Chen2026-07-24
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Does Candidate-Space Restriction Destabilize Cross-Tissue Gene Regulatory Network Benchmark Rankings? An Empirical Analysis of Analytic Flexibility in Computational Biology

Cette analyse empirique démontre que la restriction des espaces de candidats dans les tests de référence de réseaux de régulation génique déstabilise considérablement le classement des méthodes entre les tissus, indiquant que les choix de définition des candidats peuvent modifier les conclusions comparatives et devraient être rapportés aux côtés des résultats plutôt que d'être traités comme neutres.

Liu Chen2026-07-24
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Bacteria getting wired: The porin-cytochrome complex Om(abc)B kickstarts extracellular electron transfer and nanowire formation

Cette étude révèle que *Geobacter sulfurreducens* utilise une stratégie de transfert d'électrons extracellulaire séquentielle en deux étapes où le complexe porine-cytochrome Om(abc)B permet d'abord la synthèse énergivore de nanofils OmcS, permettant ainsi aux cellules de passer d'un mode sans fil à un mode filaire qui élargit considérablement leur accès au Fe(III) pour la réplication.

Nikhil Malvankar, Joseph Erwin, Kejue Jia, Cong Shen, Vanessa Saldivar, Aldo Salazar Morales, Vasilije Pentalic, Fadel S (…)2026-07-24
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Integrative genomic and network analyses map horizontal gene transfer dynamics in Pantoea agglomerans

Grâce à des analyses génomiques et de réseaux intégratives de 165 génomes, cette étude révèle que *Pantoea agglomerans* possède un pangénome ouvert piloté par le transfert horizontal de gènes, principalement médié par des plasmides et influencé par un regroupement de niches écologiques avec *Pantoea vagans* comme donneur clé.

Muhammad Sulman, Antonet M. Svircev, James T. Tambong, Walid Ellouze2026-07-24
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Bacteroides acidifaciens derived pentadecanoic acid alleviates MAFLD by sensitizing senescent macrophages to ferroptosis via JNK-JUN-NCOA4 pathway

Cette étude démontre que l'acide pentadécanoïque, un métabolite dérivé de *Bacteroides acidifaciens*, atténue la MAFLD en sensibilisant les macrophages sénescents à la ferroptose par l'activation de la voie de signalisation JNK-JUN-NCOA4, favorisant ainsi leur élimination et réduisant la stéatose hépatique.

Rui Kong, Huiyu Wang, Nan Wang, Chunli Zhou, Yuqing Zhou2026-07-24
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Fast-Paced Breathwork as a Workplace Microbreak Preserves Attentional Orienting and Neural Task Engagement

Cette étude démontre qu'une micropause de 15 minutes de respiration rapide aide les travailleurs du savoir employés à maintenir l'orientation attentionnelle et l'engagement neural à la tâche, contrairement à un podcast de contrôle, en empêvant l'augmentation post-pause de la capture attentionnelle et de la puissance alpha indicative d'un désengagement.

Nele Dael, Austin Lokey, H. Steven Scholte, Alyson Meister2026-07-24