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🧬 biology

Computational Simulations of Trigger-and-Inhibit Control Rules in Intussusceptive Pillar Morphogenesis

Cette étude utilise la mécanique des fluides numérique pour démontrer que la morphogenèse des piliers intussusceptifs est régie par un mécanisme de déclenchement et d'inhibition où les gradients de contrainte de cisaillement pariétal abrupts initient la formation des piliers tandis qu'une contrainte de cisaillement pariétal absolue élevée la supprime, définissant ainsi la distribution spatiale de la contrainte de cisaillement comme le principal moteur du remodelage microvasculaire.

Nenad Filipovic, Akira Tsuda, Jennifer M. Pan, Jae Cho, Hassan A. Khalil, Maximilian Ackermann, Steven J. Mentzer2026-09-18
🧬 biology

Regulatory Evolution of TEM β-lactamases through Large-Scale Genomic Analysis Reveals Promoter Diversity and its Impact on β-lactam Resistance in Escherichia coli

Cette étude intègre l'analyse génomique à grande échelle de plus de 60 000 génomes d'*Escherichia coli* avec l'inférence causale et la modélisation structurelle pour démontrer que la diversité dans la région du promoteur de *bla*<sub>TEM</sub>, au-delà des variations de la séquence codante, influence significativement les phénotypes de résistance aux β-lactamines.

Srimathy Ramachandran, Snekha Arumugam Chandran, Suma Mohan S.2026-09-18
🧬 biology

spaGFM is a scalable graph foundation model for spatial transcriptomics analyses

L'article présente spaGFM, un modèle de fondation sur graphes évolutif qui exploite les marches aléatoires et l'apprentissage auto-supervisé pour générer des représentations robustes et transférables de données de transcriptomique spatiale, permettant l'analyse de l'organisation tissulaire complexe et des conséquences fonctionnelles à travers divers contextes biologiques.

Juexin Wang, Yu Zhong, Fei He, Xiaojie Jin, Yang Yu, Ricardo Melo Ferreira, Andrew Gunderson, Jordan Krull, Guangyu Wang (…)2026-09-18
🧬 biology

Uncovering Anti-Cancer Potential of Clausena anisata Bioactives via Network Pharmacology-Based Target Prediction, Virtual Screening, Docking, ADMET Analysis, and Molecular Dynamics Simulation

Cette étude utilise une approche intégrée de pharmacologie de réseau et de calcul pour identifier l'anisolactone et la triphasiol issues de *Clausena anisata* comme des composés chefs de file prometteurs, stables et dotés de propriétés de type médicament ciblant l'EGFR pour une potentielle thérapie anticancéreuse.

Priyanka Nath Mazumdar, Kaushik Kalita, Partha Pratim Dutta, Dhrubajyoti Gogoi, Nikhita Nina Bora, Manash Pratim Sarma2026-09-18
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Rethinking aerobic glucose metabolism in Saccharomyces cerevisiae: is glucose completely fermented to ethanol at high concentrations?

Cet article remet en question la vision traditionnelle selon laquelle le métabolisme aérobie du glucose chez *Saccharomyces cerevisiae* implique une respiration et une fermentation directes simultanées à des concentrations élevées de glucose, proposant plutôt que le glucose est initialement entièrement fermenté en éthanol avec une oxydation ultérieure de l'éthanol, et expose un plan expérimental de traçage isotopique quantitatif pour tester cette hypothèse.

David Barreras Martínez2026-09-18
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An Immuno-informatics Pipeline for Identification of Low-Risk Peptide Immunotherapy Candidates Across the Childhood Food Allergy Triad

Cette étude présente un pipeline d'immuno-informatique intégré qui a identifié avec succès 23 candidats peptides à faible risque pour l'immunothérapie à travers les allergènes de l'arachide, du lait et de l'œuf en priorisant par voie computationnelle les séquences présentant une faible liaison HLA et un faible potentiel allergique, tout en validant l'approche par rapport aux candidats cliniques existants et en soulignant la nécessité d'une vérification expérimentale.

Aditya Narayan, Ruchi Jain, Manish Kumar2026-09-18
🧬 biology

CAST as a Tumor-Specific Suppressor in Colorectal Cancer: Discovery Through Integrative Analysis of Unannotated Isoforms, Proteomics, and Epigenetic Regulation

Grâce à une analyse intégrative de données de séquençage à lecture longue en cellule unique, de protéomique et d'épigénétique, cette étude identifie CAST comme un suppresseur spécifique aux tumeurs dans le cancer colorectal qui est réactivé via la déméthylation du promoteur et régulé par la famille miR-200, établissant un cadre généralisable pour la découverte de cibles thérapeutiques à partir d'isoformes non annotées.

alireza ebadi, Maryam Hashemi2026-09-18
🧬 biology

A Computational Cancer GWAS Screen Highlights Structural Variation at the 7q22.1 Locus Near STAG3

Cette étude démontre qu'un criblage computationnel intégrant des données de séquençage à lectures courtes et longues révèle un enrichissement significatif de variants structuraux au niveau de locus de gènes spécifiques à la méiose chevauchant des signaux d'études d'association pangénomique (GWAS) sur le cancer, identifiant spécifiquement une nouvelle délétion de 442 pb à proximité du gène *STAG3* comme un candidat conducteur au locus de susceptibilité au cancer colorectal en 7q22.1 qui aurait été manqué par le séquençage à lectures courtes seul.

Koushik Chowdhury2026-09-18
🧬 biology

The Changing Landscape of Genetic Risk: Age-Related Effects of Polygenic Scores for Suicidal Behaviors

Cette étude de la cohorte Add Health révèle que les scores de risque polygénique pour les idées et tentatives de suicide présentent des associations modestes mais significatives avec les issues uniquement au cours du jeune âge adulte et du début de la vie médiane, plutôt que durant l'adolescence, suggérant que les modèles actuels de risque génétique basés sur des données d'adultes pourraient ne pas capturer les risques spécifiques au développement et soulignant la nécessité d'études d'association pangénomique stratifiées par âge pour améliorer les stratégies de prévention ciblées.

Nathan Gillespie, Severine Lannoy, Mallory Stephenson, Robert Kirkpatrick, Zuriel Ceja, Miguel Renteria, Alexis C. Edwar (…)2026-09-17