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🧬 biology

paRDal: Bioinformatics Framework for a Parallel RNA and DNA NGS Analysis in Hereditary Cancer Diagnostics

L'article présente paRDal, un cadre de bioinformatique conteneurisé qui intègre des données de séquençage de nouvelle génération (NGS) d'ADN germinal et d'ARN appariés afin d'améliorer le diagnostic du cancer héréditaire par la détection d'anomalies d'épissage et d'expression, augmentant ainsi l'interprétation des variants et le rendement diagnostique grâce à un flux de travail convivial et fondé sur des preuves.

Kateřina Matějková, Petr Nehasil, Petra Kleiblová, Taťána Ptáčková, Marta Černá, Pavel Just, Ondřej Vít, Petra Zemánková (…)2026-07-09
🧬 biology

Biodiversity as the source of heterospecific social information: the effect on territory selection in the marsh warbler

Bien qu'une expérience à grande échelle ait initialement suggéré que l'information sociale interspécifique influence la sélection de territoire chez le tannier des marais, une analyse rigoureuse tenant compte des distributions spatiales préexistantes a révélé que leur abondance est principalement dictée par la structure de l'habitat et la richesse spécifique locale plutôt que par les indices acoustiques manipulés.

Sylwia Pustkowiak, Zbigniew Kwieciński, Piotr Skórka2026-07-09
🧬 biology

Fungal–Fungal Interactions Drive Metabolic Reprogramming in Root-Associated Endophytes of Salvia abrotanoides

Cette étude démontre que les interactions fongiques entre les endophytes associés aux racines de *Salvia abrotanoides* induisent une reprogrammation métabolique, menant à la régulation différentielle des composés de signalisation et à l'activation de voies de biosynthèse silencieuses qui produisent de nouveaux métabolites secondaires.

Yeganeh Teimoori-Boghsani, Ali Ganjeali, Gabriele Berg, Tomislav Cernava, Javad Asili, Fatemeh Masoudi-Khorasani, Nasrin (…)2026-07-09
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Diversity of microbiome associated with the didemnid ascidian Lissoclinum patella in North Sulawesi, Indonesia

Cette étude utilise le séquençage de l'ARNr 16S complet pour révéler que le microbiome bactérien de l'ascidie *Lissoclinum patella* dans le nord de Sulawesi présente des structures de communauté distinctes selon le site et la profondeur, la population de l'île de Talise, située en eaux peu profondes, hébergeant les consortiums bactériens les plus riches et les plus diversifiés, dominés par *Hoeflea*, comparativement à des communautés moins diversifiées dans les eaux plus profondes et urbanisées.

Inneke Fenny Melke Rumengan, Robert A. Bara, Deiske Adeline Sumilat, Trezya Nilam Sari Pangemanan, Irene Shelyn Poluan (…)2026-07-09
🧬 biology

Response Surface Optimization of PEG-Mediated Precipitation for Efficient Recovery of ClearColi™ Outer Membrane Vesicles

Cette étude démontre que la précipitation par polyéthylène glycol (PEG) optimisée par la méthode de surface de réponse offre une alternative évolutive et rentable à l'ultracentrifugation pour la récupération à haut rendement et structurellement intacte de vésicules de membrane externe issues de ClearColi™, atteignant une récupération de protéines supérieure de 63,4 % tout en préservant l'intégrité des vésicules.

shiva bayat, Seyed Latif Mousavi Gargari, Shahram Nazarian2026-07-09
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Local structure-activity landscape roughness detects the activity-cliff failure mode that standard QSAR reliability methods miss

Cet article introduit une mesure par composé de la rugosité du paysage structure-activité locale qui détecte avec succès les modes de défaillance de type « activité-vallée » (activity-cliff) manqués par les méthodes classiques de fiabilité QSAR, permettant ainsi la construction de prédicteurs conformes calibrés qui maintiennent une couverture valide même dans les régions où les modèles traditionnels échouent.

Krishna Harish2026-07-09
🧬 biology

OTrack: A High-Throughput Organoid Detection and Tracking Framework Using Neighborhood-Guided Descriptors

OTrack est un cadre de travail sans entraînement qui permet un suivi robuste et à haut débit des organoïdes sur de longs intervalles d'imagerie en exploitant la stabilité des distributions spatiales de voisinage plutôt qu'en s'appuyant sur des caractéristiques morphologiques qui évoluent au fil du temps.

Binlin Chen, Jian Wang, Jiaqi He, Yuan Li, Jianfa Zhou, Linjie Guo, Haofeng Li, Liang Yang, Bohui Chen2026-07-09
🧬 biology

Prevalence, Virulence Gene Profiles, and Multidrug Resistance of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli in Farmed Carp (Labeo rohita) from Punjab, Pakistan: Implications for Food Safety and One Health

Cette étude révèle une prévalence significative d'Escherichia coli producteur de la toxine Shiga multirésistant et porteur de gènes de virulence dans la carpe d'élevage et l'eau du Pendjab, au Pakistan, soulignant des risques urgents pour la sécurité alimentaire et la nécessité d'une meilleure gestion de l'antibiothérapie dans l'industrie aquacole de la région.

Talib Hussain, Fayyaz Rasool, Sarjito Sarjito, Shahid Mahmood, Aninditia Sabdaningsih, Agus Trianto, Shahid Sherzada2026-07-09
🧬 biology

In vitro Adhesion and Proliferation of MG63 Osteoblast-Like Cell Line on Bio-Oss and Bone+B Xenografts

Cette étude in vitro démontre que, bien que les cellules de type ostéoblastique MG63 présentent une adhérence comparable sur les xénogreffes Bio-Oss et Bone+B, elles prolifèrent de manière significativement plus élevée sur Bio-Oss, soulignant des effets biologiques distincts entre les deux matériaux.

Mozhdeh Bourbourshirazi Mahmoudi, Ehsan Rafiei, Maryam Ostadsharif2026-07-09