Zoonotic and Avian Pathogen Detections in Fecal and Sediment Samples - A Low-risk, High-throughput One Health Approach to Surveillance

Cette étude démontre qu'une approche de surveillance One Health à faible risque et à haut débit, utilisant un échantillonnage longitudinal des fèces et des sédiments dans le sud du Manitoba, détecte efficacement des pathogènes zoonotiques et aviaires, y compris le virus de la grippe A avec de l'ARN H5, tout en évitant les défis logistiques et de sécurité associés à la manipulation directe des oiseaux.

L'essentiel

Imaginez essayer d'apercevoir des germes invisibles que les oiseaux sauvages pourraient transporter. Habituellement, les scientifiques doivent poursuivre ces oiseaux, les attraper et les manipuler directement pour vérifier s'ils sont malades. Pensez-y comme essayer d'interviewer un écureuil timide et rapide en le saisissant en plein saut : c'est épuisant, risqué pour le chercheur, et vous ne pouvez attraper que quelques écureuils avant qu'ils ne se dispersent.

Cet article décrit une méthode plus intelligente et plus sûre pour accomplir la même tâche. Au lieu de poursuivre les oiseaux, les chercheurs ont agi comme des détectives à la recherche d'empreintes. Ils se sont rendus dans des zones humides et des parcs du sud du Manitoba, au Canada, et ont simplement collecté des fientes d'oiseaux (excréments) et de la boue (sédiments) au sol. C'est comme vérifier la boîte aux lettres au lieu d'attendre que la personne vienne à la porte ; vous obtenez le message sans les tracas ni le danger d'une rencontre face à face.

Sur une période de cinq mois en 2025, ils ont rassemblé près de 800 de ces « boîtes aux lettres environnementales ». Ils ont ensuite effectué un dépistage rapide pour quatre types spécifiques de virus aviaires : la grippe aviaire (Influenza A), la maladie de Newcastle, le réovirus aviaire et le virus de la variole aviaire.

Voici ce que leur « courrier » a révélé :

• Grippe aviaire (Influenza A) : C'était la découverte la plus courante. Environ 5 % des échantillons de fientes d'oiseaux contenaient le virus, mais les échantillons de boue étaient beaucoup plus « infectés », avec plus de 22 % donnant un résultat positif. Fait intéressant, alors que la boue contenait quelques échantillons avec la souche spécifique H5 (celle qui fait la une des journaux), les échantillons de fientes d'oiseaux n'en contenaient pas.
• Maladie de Newcastle : C'était une observation rare, apparaissant dans une toute petite fraction des échantillons de fientes, et tous le même jour.
• Réovirus aviaire : Il apparaissait occasionnellement dans les échantillons de boue (environ 7 % d'entre eux) mais était à peine visible dans les fientes.
• Virus de la variole aviaire : Après avoir examiné des centaines d'échantillons, ils n'ont trouvé aucune preuve de ce virus.

La conclusion principale est que cette approche « au niveau du sol » fonctionne comme une pêche à l'encerclement. Elle permet aux scientifiques de dépister de nombreux virus différents à la fois, couvrant un large territoire sans jamais avoir à toucher un oiseau sauvage. C'est une méthode à faible risque et à haute efficacité qui protège à la fois les chercheurs et les oiseaux tout en capturant toujours les signaux viraux cachés dans l'environnement.

Résumé technique

Résumé technique : Détection d'agents pathogènes zoonotiques et aviaires dans des échantillons fécaux et sédimentaires

Énoncé du problème
Les populations d'oiseaux sauvages servent de réservoirs à de nombreux agents pathogènes, notamment ceux présentant un potentiel de débordement zoonotique et des virus spécifiques aux oiseaux. Bien que la surveillance des virus de la grippe A (IAV) soit menée annuellement, le suivi d'autres agents pathogènes significatifs reste limité. Les méthodes de surveillance traditionnelles impliquant la capture et la manipulation directe d'oiseaux sauvages présentent plusieurs défis opérationnels : elles sont chronophages, intensives en main-d'œuvre, limitent la taille des échantillons et exposent directement le personnel manipulant des animaux potentiellement infectés. Par conséquent, il existe un besoin critique de stratégies de surveillance alternatives qui atténuent ces risques tout en maintenant leur efficacité.

Méthodologie
Pour remédier à ces limites, cette étude a adopté une approche d'échantillonnage environnemental longitudinal, offrant une alternative à faible risque et à haut débit par rapport à la manipulation directe des oiseaux. Réalisée de mai à octobre 2025 dans le sud du Manitoba, au Canada (en mettant l'accent sur Winnipeg), l'étude a utilisé une collecte bihebdomadaire d'échantillons fécaux et sédimentaires. La sélection des sites était régie par trois critères : l'adéquation à l'habitat des oiseaux d'eau, la présence confirmée d'oiseaux d'eau et la proximité de foyers de grippe H5N1 signalés.

Au total, 782 échantillons combinés ont été collectés et criblés par des tests moléculaires ciblant quatre spécificités :

• Virus de la grippe A (IAV)
• Virus de la maladie de Newcastle (NDV)
• Réovirus aviaire (ARV)
• Poxvirus aviaire (APXV)

Un sous-typage a été effectué pour détecter spécifiquement l'ARN H5 au sein des échantillons positifs pour l'IAV.

Résultats clés
L'étude a produit les données de prévalence suivantes sur les 782 échantillons collectés :

• Virus de la grippe A (IAV) :
  • Échantillons fécaux : Sur 714 échantillons fécaux, 34 se sont révélés positifs pour l'IAV, soit une prévalence de 4,8 %. Aucun de ces échantillons fécaux positifs pour l'IAV ne contenait d'ARN H5.
  • Échantillons sédimentaires : Sur 68 échantillons sédimentaires, 15 se sont révélés positifs pour l'IAV, affichant une prévalence nettement plus élevée de 22,1 %. Fait notable, quatre de ces échantillons sédimentaires positifs pour l'IAV se sont révélés positifs pour l'ARN H5.
• Virus de la maladie de Newcastle (NDV) : La détection a été minimale, avec seulement quatre échantillons fécaux positifs identifiés (prévalence de 0,56 %). Toutes les détections positives ont eu lieu en une seule journée.
• Réovirus aviaire (ARV) : Cinq échantillons positifs ont été détectés dans les sédiments, représentant un taux de prévalence de 7,4 % au sein du sous-ensemble sédimentaire.
• Poxvirus aviaire (APXV) : Sur les 559 échantillons testés à ce jour, tous les résultats étaient négatifs.

Importance et affirmations
L'article présente ce travail comme une extension de recherches antérieures démontrant l'utilité de l'échantillonnage environnemental pour surveiller une gamme diversifiée d'agents pathogènes aviaires et zoonotiques. L'importance principale revendiquée est la validation d'un cadre de surveillance « Une seule santé » à la fois à haut débit et à faible risque. En utilisant l'échantillonnage fécal et sédimentaire, l'étude a détecté avec succès des agents pathogènes — y compris l'ARN H5 dans les échantillons sédimentaires — sans les charges logistiques et les dangers pour la sécurité associés à la manipulation physique d'oiseaux sauvages. Les résultats soutiennent l'adoption de l'échantillonnage environnemental comme un complément viable et efficace aux méthodes de surveillance traditionnelles.