Widespread circulation of West Nile and Usutu viruses in sedentary and migratory avifauna: A Two-Year Study (2024-2025) of active surveillance in South of France

Cette étude de deux ans (2024–2025) dans le sud de la France révèle une circulation généralisée des virus du Nil occidental et d'Usutu parmi plus de 2 500 oiseaux sédentaires et migrateurs, avec une prévalence d'Usutu supérieure à celle du Nil occidental et des taux d'infection globaux plus élevés en 2024, soulignant le rôle crucial de l'avifaune mixte dans le maintien des cycles enzootiques locaux et la nécessité d'une surveillance intégrée tout au long de l'année pour atténuer les risques zoonotiques.

L'essentiel

Imaginez deux voyageurs invisibles et microscopiques : le virus du Nil occidental et le virus Usutu. Considérez-les comme un couple de cousins qui adorent faire de l'auto-stop sur des moustiques (spécifiquement du type Culex pipiens) et utilisent les oiseaux comme leurs principaux « hôtels tout compris » pour se multiplier et se propager.

Pendant longtemps, ces cousins ont vécu en Afrique, mais au cours des vingt dernières années, ils ont émigré en Europe. Ils ont probablement emprunté les « autoroutes » du ciel, voyageant sur le dos d'oiseaux migrateurs qui vont et viennent à travers la Méditerranée.

L'Étude : Une surveillance des oiseaux sur deux ans
Entre 2024 et 2025, des scientifiques du sud de la France ont décidé de jouer aux détectives. Ils savaient que cette région était une « zone de fête » idéale pour ces virus, car elle possède des zones humides, des lisières urbaines et des fermes où les oiseaux aiment se rassembler. Ils ont déployé un filet de surveillance massif (utilisant littéralement des filets de brouillard et des nichoirs) pour capturer et examiner plus de 2 500 oiseaux sauvages. Ils ont observé à la fois les oiseaux sédentaires (qui restent au même endroit toute l'année) et les oiseaux migrateurs (qui voyagent sur de longues distances).

Ce qu'ils ont découvert
Les résultats ont montré que ces virus sont omniprésents, comme un rhume dans une école bondée. Cependant, ils ont identifié quelques motifs clés :

• La « superstar » Usutu : Le virus Usutu était beaucoup plus courant que le virus du Nil occidental. Il a été détecté chez de nombreux types d'oiseaux, en particulier les petits passereaux que l'on voit dans les jardins et les parcs, comme les mésanges charbonnières, les moineaux domestiques et les hirondelles rustiques.
• Le facteur météo : Les virus étaient beaucoup plus actifs en 2024 qu'en 2025. Les scientifiques soupçonnent que les changements météorologiques ou environnementaux ont agi comme un « bouton de volume », augmentant l'activité virale une année et la réduisant l'année suivante.
• Les voyageurs face aux locaux : L'étude suggère un effort d'équipe pour propager le virus. Les oiseaux migrateurs agissent comme des « importateurs », apportant le virus à leur arrivée pour la saison. Une fois sur place, les oiseaux résidents (les locaux qui ne partent pas) maintiennent le virus en vie et en circulation localement, même lorsque les voyageurs sont repartis. Cela aide le virus à survivre à l'hiver.

La vue d'ensemble
La conclusion principale est qu'un mélange d'oiseaux voyageurs et d'oiseaux locaux est essentiel pour maintenir la circulation de ces virus dans le sud de l'Europe. Par conséquent, les scientifiques affirment qu'il faut surveiller de près, tout au long de l'année, ces oiseaux spécifiques et leurs habitats. En observant les oiseaux, nous pouvons obtenir une alerte précoce si les virus se préparent à sauter vers l'homme ou d'autres animaux, nous permettant de mieux gérer les populations de moustiques avant qu'un problème ne devienne ingérable.

Résumé technique

Résumé technique : Circulation généralisée des virus du Nil occidental et du virus Usutu chez les oiseaux sédentaires et migrateurs (2024–2025)

Énoncé du problème
Le virus du Nil occidental (WNV) et le virus Usutu (USUV) sont des Orthoflavivirus neurotropes qui partagent un cycle de transmission enzootique impliquant les moustiques Culex pipiens comme vecteurs et les oiseaux comme hôtes amplificateurs. Bien qu'initialement identifiés en Afrique, ces deux virus sont devenus endémiques en Europe au cours des deux dernières décennies, probablement introduits et disséminés par des espèces d'oiseaux migrateurs le long des couloirs de migration méditerranéens. Au sein des populations aviaires, les issues de l'infection sont hautement variables, allant d'infections subcliniques à des maladies neuroinvasives mortelles, selon la souche virale, l'immunité de l'hôte et la sensibilité spécifique à l'espèce. Le sud de la France représente un point chaud critique pour ces virus en raison de la diversité des habitats aviaires qui soutiennent le maintien viral tout au long de l'année. L'étude répond au besoin de comprendre la prévalence et la dynamique de ces virus au sein des populations d'oiseaux sédentaires et migrateurs dans cette région, afin de mieux appréhender les cycles de transmission locaux.

Méthodologie
Cette étude a mené une surveillance moléculaire active sur une période de deux ans (2024–2025) dans le sud de la France. La surveillance visait plus de 2 500 oiseaux sauvages, englobant à la fois des espèces sédentaires et migratrices appartenant à plusieurs taxons de passereaux et de non-passereaux. L'échantillonnage a été réalisé dans diverses zones écologiques, notamment les zones humides, les franges urbaines et les zones agricoles. Les oiseaux ont été capturés à l'aide de filets de brume et de nichoirs pour assurer la représentation de diverses espèces et comportements. L'étude a spécifiquement analysé des échantillons pour détecter la présence du WNV et de l'USUV, en comparant les taux d'infection entre les individus résidents et migrateurs, ainsi qu'au cours des deux années d'étude.

Résultats clés
L'analyse a révélé une circulation généralisée du WNV et de l'USUV parmi les diverses espèces d'oiseaux échantillonnées.

• Répartition des espèces : L'infection a été observée principalement chez les passereaux, avec une détection notable chez les mésanges charbonnières, les moineaux domestiques et les hirondelles rustiques.
• Prévalence virale : L'USUV a été détecté à des taux plus élevés que le WNV au cours des deux années d'étude.
• Variation temporelle : La prévalence globale était nettement plus élevée en 2024 qu'en 2025, une fluctuation que les auteurs attribuent à des facteurs climatiques ou écologiques potentiels.
• Dynamique écologique : Les données soutiennent un modèle à double dynamique où les individus migrateurs agissent probablement comme vecteurs pour l'introduction virale lors des passages saisonniers, tandis que les populations résidentes maintiennent les cycles enzootiques locaux, facilitant ainsi la persistance hivernale des virus.

Importance et affirmations
L'article affirme que ces résultats mettent en lumière le rôle pivot de la faune aviaire mixte dans la dynamique des arbovirus en Europe méditerranéenne. En démontrant la co-circulation du WNV et de l'USUV chez les oiseaux résidents et migrateurs, l'étude souligne la complexité des réseaux de transmission locaux. Les auteurs soulignent la nécessité de stratégies de surveillance intégrées et tout au long de l'année ciblant spécifiquement les espèces et les habitats à haut risque. Ils affirment qu'un tel suivi renforcé est essentiel pour prédire les risques de débordement et éclairer les stratégies de contrôle des vecteurs afin d'atténuer les menaces zoonotiques, plutôt que de se fier uniquement à une surveillance saisonnière ou mono-spécifique.