bioinformatics पेपर

OpenAntigens: a structure-aware database for antigen construct design across the human cell-surface and secreted proteome

OpenAntigens एक निःशुल्क, बिना लॉगिन वाला डेटाबेस है जो मानव स्रावित (secreted) और कोशिका-सतह (cell-surface) प्रोटिओम के लिए एंटीजन कंस्ट्रक्ट डिजाइन को सुव्यवस्थित करता है, जो पुनरुत्पादनीय (reproducible) और क्रॉस-रिएक्टिविटी-जागरूक डिजाइन सुझाव उत्पन्न करने के लिए विविध संरचनात्मक, टोपोलॉजिकल और तुलनात्मक डेटा को एक एकीकृत, संवादात्मक वर्कफ़्लो में एकीकृत करता है।

Teixeira, A. A. R., Zhu, H., Kothiwal, D., Cao, R., Mills, A.2026-09-18

💻 bioinformatics

Incomplete references leave bulk deconvolution targets non-identifiable, but identification has a computable precision price

यह शोध पत्र यह तर्क देता है कि अपूर्ण संदर्भ प्रोफाइल (reference profiles) बल्क डीकनवोल्यूशन लक्ष्यों को केवल अनुमान लगाने में कठिन बनाने के बजाय उन्हें गैर-पहचान योग्य (non-identifiable) बना देते हैं, यह प्रदर्शित करते हुए कि मानक बिंदु अनुमान (point estimates) अक्सर कवरेज की कमी रखते हैं और जैविक निष्कर्षों को उलट सकते हैं, जबकि एक नए ढांचे का प्रस्ताव देता है जो सरल श्रिंकेज (shrinkage) के बजाय प्रमाणित परिशुद्धता, कवरेज और गलत-प्रमाणन मेट्रिक्स को प्राथमिकता देता है।

Jiang, H., Gao, F., Liu, P., Wu, Y., Jie, Y., Li, Y., Jiang, Y.2026-09-18

💻 bioinformatics

Mapping Gene Expression to an Interpretable Semantic Space

यह शोध पत्र MESIC को प्रस्तुत करता है, जो एक विधि है जो एकल-कोशिका अभिव्यक्ति डेटा (single-cell expression data) को व्याख्या योग्य घटकों में मैप करने के लिए एक सिमेंटिक समन्वय प्रणाली (semantic coordinate system) में क्यूरेटेड जीन ज्ञान को एकीकृत करती है, जिससे पोस्ट-हॉक व्याख्या पर निर्भर किए बिना कोशिका प्रकारों का जैविक रूप से सार्थक क्लस्टरिंग और एनोटेशन सक्षम होता है।

Duan, X., Aggarwal, M., Periwal, V.2026-09-18

💻 bioinformatics

A Unified 3D Generative Model for Synthesizable Structure-Based Drug Design

यह शोध पत्र LDDM को प्रस्तुत करता है, जो एक एकीकृत 3D जनरेटिव मॉडल है जो ड्रग डिस्कवरी में सिंथेटिक सुलभता की चुनौतियों पर काबू पाने के लिए नवीन, लक्ष्य-विशिष्ट लघु अणुओं और पेप्टाइड्स के तीव्र डिजाइन को सक्षम बनाता है, जिन्हें पांच प्रोटीन लक्ष्यों में उच्च बाइंडिंग एफिनिटी और संरचनात्मक सटीकता प्राप्त करने के लिए प्रयोगात्मक रूप से मान्य किया गया था।

Igashov, I., Schneuing, A., Dobbelstein, A. W., Morozova, I., Neeser, R. M., Zielinski, K., Abriata, L. A., Petruzzella (…)2026-09-18

💻 bioinformatics

Pretrained gene representations transfer mean expression more broadly than spatial patterns in virtual spatial transcriptomics

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि वर्चुअल स्पेशियल ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (virtual spatial transcriptomics) में, प्रीट्रेन्ड जीन रिप्रजेंटेशन (pretrained gene representations) मुख्य रूप से ऊतकों में एक जीन की औसत अभिव्यक्ति (mean expression) के पूर्वानुमान को बढ़ाते हैं न कि उसकी स्थानिक भिन्नता (spatial variation) को, जो यह प्रकट करता है कि क्रॉस-जीन जनरलाइजेशन (cross-gene generalization) व्यापक अभिव्यक्ति हस्तांतरण (broad expression transfer) द्वारा संचालित होता है न कि विशिष्ट स्थानिक पैटर्न की रिकवरी द्वारा।

Chen, T., Hicks, S. C.2026-09-18

💻 bioinformatics

Interrogating contrastive learning embeddings for structure-based virtual screening: a case study on DrugCLIP

यह शोध पत्र संरचना-आधारित वर्चुअल स्क्रीनिंग के लिए DrugCLIP के कंट्रास्टिव लर्निंग एम्बेडिंग्स का व्यवस्थित मूल्यांकन करता है, जिससे यह पता चलता है कि जहाँ इसके पॉकेट एम्बेडिंग्स तेज़ और सुदृढ़ संरचनात्मक समानता खोज प्रदान करते हैं और इसके लिगैंड एम्बेडिंग्स अनदेखे लक्ष्यों के प्रति मजबूत सामान्यीकरण के साथ पॉकेट-जागरूक रासायनिक पैटर्न को कैप्चर करते हैं, वहीं इनका प्रदर्शन संरचनात्मक विविधताओं और अनुमानित प्रोटीन पॉकेट्स की अशुद्धियों के कारण काफी सीमित है।

Sanchez Utges, J., Jones, D. T., Orengo, C.2026-09-18

💻 bioinformatics

Targeted ortholog search in unannotated genome assemblies with fDOG-Assembly

यह शोध पत्र fDOG-Assembly को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन उपकरण है जो अनएनोटेटेड (unannotated) जीनोम असेंबली में सीधे लक्षित, फीचर आर्किटेक्चर-जागरूक ऑर्थोलॉग खोजों को सक्षम बनाता है, जिससे पूर्व-एनोटेटेड प्रोटिओम (proteome) पर निर्भर पारंपरिक विधियों की सीमाओं को दूर किया जा सकता है और स्प्रिंगटेल्स (springtails) में व्यापक $\beta$ -लैक्टम बायोसिंथेसिस क्षमता जैसे नए जैविक अंतर्दृष्टि का अनावरण किया जा सकता है।

Muelbaier, H., Arthen, F., Tran, V., Schaefer, I., Balint, M., Ebersberger, I.2026-09-16

💻 bioinformatics

SixPack-AbScan: a web server to discover cross-reactivity of antibodies across species

स्क्वैकपैक-एबस्कैन (SixPack-AbScan) एक निःशुल्क, प्रजाति-निरपेक्ष वेब सर्वर है जो एपिटोप अनुक्रम संरक्षण (epitope sequence conservation) के लिए कम्प्यूटेशनल स्क्रीनिंग करके, गैर-मॉडल जीवों पर काम करने वाले शोधकर्ताओं को संभावित एंटीबॉडी क्रॉस-रिएक्टिविटी की पहचान करने में सहायता करता है, जिससे प्रायोगिक सत्यापन के लिए उम्मीदवारों को प्राथमिकता दी जा सके।

Grillo, M.2026-09-16

💻 bioinformatics

Structured cross-omics interaction discovery with a triple-graph model

यह शोध पत्र TriGer को प्रस्तुत करता है, जो एक ट्रिपल-ग्राफ फ्रेमवर्क है जो मल्टी-ओमिक्स डेटा में खंडित युग्म-संबंधों (pairwise associations) की सीमाओं को दूर करते हुए, आणविक परतों के बीच व्याख्या योग्य, समन्वित मैनी-टू-मैनी (many-to-many) मॉड्यूल की पहचान करता है, जो सिमुलेशन में संरचित संकेतों को पुनः प्राप्त करने में अपनी प्रभावशीलता को प्रदर्शित करता है और इंफ्लेमेटरी बाउल डिजीज तथा कोलोरेक्टल कैंसर में रोग-विशिष्ट जैविक पैटर्न को प्रकट करता है।

YU, J., Lin, H., Chen, S.2026-09-16

💻 bioinformatics

Flow Orchestrated Regulatory Genomics Engine (FORGE): A Configurable Nextflow Pipeline for End-to-End snMultiome Analysis

FORGE एक कॉन्फ़िगर करने योग्य, कंटेनराइज्ड Nextflow पाइपलाइन है जो जीन अभिव्यक्ति और क्रोमैटिन एक्सेसिबिलिटी डेटा को रेगुलेटरी नेटवर्क इन्फरेंस और डिफरेंशियल टेस्टिंग के लिए एकीकृत करके एंड-टू-एंड सिंगल-न्यूक्लियस मल्टीओम विश्लेषण को स्वचालित करती है, जिससे विविध डेटासेट्स में स्केलेबिलिटी, पुनरुत्पादकता और जैविक व्याख्या में वृद्धि होती है।

Solano, L. E., Rahimzadeh, N., Shi, Z., Swarup, V.2026-09-16

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