bioinformatics पेपर

Comparative Transcriptomic Analysis of Gene Expression Patterns in Neutrophils from Rheumatoid Arthritis and COVID-19

यह अध्ययन रुमेटॉइड अर्थराइटिस और कोविड-19 में न्यूट्रोफिल ट्रांसक्रिप्टोमिक प्रोफाइल की तुलना करता है, जो यह प्रकट करता है कि जबकि रुमेटॉइड अर्थराइटिस एक विशिष्ट इंटरफेरॉन- और एंटीवायरल-रिस्पॉन्स सिग्नेचर द्वारा लक्षित है, यह कोविड-19 के साथ आंशिक ट्रांसक्रिप्शनल ओवरलैप साझा करता है और साथ ही रोग के चरण के आधार पर भिन्न होने वाले विशिष्ट जीन अभिव्यक्ति विचलन भी प्रदर्शित करता है।

Nawani, S., Alam, M.2026-11-04

💻 जैव सूचना विज्ञान

Deterministic DNA-first discovery reveals recurrent genomic architectures

यह शोध पत्र एक नियत (deterministic), प्रोटीन-स्वतंत्र "डीएनए-प्रथम" ढांचे को प्रस्तुत करता है जो आवर्ती जीनोमिक संरचनाओं, जैसे कि ऐरे-संबद्ध रिवर्स ट्रांसक्रिपटेस लोकी (loci) की सफलतापूर्वक पहचान करने के लिए कच्चे जीनोमिक अनुक्रमों की गणितीय विशेषताओं का लाभ उठाता है, जिससे पारंपरिक जीन-केंद्रित खोज विधियों को पूरक बनाया जा सके।

Hu, G., Wang, H., Yau, S. S.-T.2026-11-04

💻 जैव सूचना विज्ञान

Optimiser Repairs for Living-Cell Self-Driving Laboratories: Performance and Redundancy under Experimental Constraints

यह शोध पत्र व्यापक सिमुलेशन के माध्यम से लिविंग-सेल सेल्फ-ड्राइविंग प्रयोगशालाओं में ऑप्टिमाइज़र मरम्मत का मूल्यांकन करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि जबकि विशिष्ट अपवर्जन और पुष्टिकरण नियम कुछ स्थितियों में प्रदर्शन में सुधार कर सकते हैं, वे अक्सर प्लेटफॉर्म सीमाओं द्वारा बाधित होने पर बेसलाइन प्रक्षेपवक्र को ही पुनरुत्पादित करते हैं, जो स्पष्ट उपलब्धता बाधाओं और प्रयोगात्मक व्यवस्थाओं को ध्यान में रखने की महत्वपूर्ण आवश्यकता को रेखांकित करता है।

Brimo, n., Zhang, H., Serdaroglu, D. C.2026-11-04

💻 जैव सूचना विज्ञान

CloneVI: A deep generative model for deciphering the relationships between cell state and mitochondrial genotype

CloneVI एक गहरा जनरेटिव मॉडल (deep generative model) है जो विभिन्न रोग संदर्भों में माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए उत्परिवर्तनों (mitochondrial DNA mutations) और विशिष्ट कोशिका अवस्थाओं के बीच संबंधों को समझने के लिए सिंगल-सेल जीन एक्सप्रेशन या क्रोमैटिन एक्सेसिबिलिटी डेटा से क्लोनल संरचनाओं का अनुमान लगाता है।

Hibi, T., Kojima, Y., Hayashi, S., Hisose, H., Mizukoshi, C., Shimamura, T.2026-11-04

💻 जैव सूचना विज्ञान

scPCIP: cross-species annotation of plant cell types with conserved gene programs

यह शोध पत्र scPCIP को प्रस्तुत करता है, जो एक संदर्भ-मुक्त (reference-free) विधि है जो अनदेखी प्रजातियों में कोशिका प्रकारों को सटीक रूप से एनोटेट करने के लिए 112,905 लेखक-लेबल वाले पादप कोशिकाओं में संरक्षित जीन कार्यक्रमों का लाभ उठाती है, जो मौजूदा मार्कर-आधारित और डीप-लर्निंग दृष्टिकोणों से बेहतर प्रदर्शन करती है और विविध अंगों एवं प्रजातियों के बीच साझा जैविक पहचानों को प्रकट करती है।

Yang, S., Si, C., Wu, Y., Sun, Z., Yao, C., Sun, X., Wang, L., Li, W., Zhong, Q.2026-11-04

💻 जैव सूचना विज्ञान

RAPTORGraph: graph-based pathway modeling for causal discovery in single-cell perturbations

RAPTORGraph एक नवीन ग्राफ-आधारित वेरिएशनल ऑटोएनकोडर है जो क्यूरेटेड जैविक पथों (biological pathways) को ऑप्टिमल-ट्रांसपोर्ट अलाइनमेंट के साथ एकीकृत करता है ताकि हस्तक्षेप स्पिलओवर (intervention spillover) को समाप्त किया जा सके और पहचान योग्य कारण खोज (identifiable causal discovery) को सक्षम बनाया जा सके, जिससे इस प्रकार सिंगल-सेल प्रयोगों में अनदेखे व्यवधानों (unseen perturbations) और गैर-योगात्मक अंतःक्रियाओं (non-additive interactions) के पूर्वानुमान में सुधार होता है।

Adhisantoso, Y. G., Schröder, S. K., Gress, M., Hernaez, M., Voges, J.2026-11-04

💻 जैव सूचना विज्ञान

FastaGuard: FASTA preflight QC for modern bioinformatics pipelines

FastaGuard एक स्ट्रीमिंग, Rust-आधारित FASTA प्रीफ़्लाइट QC टूल है जो संरचनात्मक और संरचनात्मक त्रुटियों का पता लगाने के लिए असेंबली फाइलों को मान्य करता है, दोषपूर्ण जीनोम के एक महत्वपूर्ण हिस्से को सफलतापूर्वक रोकता है और डाउनस्ट्रीम विश्लेषण विफलताओं को रोकता है, जबकि नगण्य कम्प्यूटेशनल ओवरहेड जोड़ता है।

Estaji, E., Mao, J.-F.2026-11-03

💻 जैव सूचना विज्ञान

A comparison of two culture and three sequencing methods for detection of the urobiome

यह अध्ययन गर्भवती प्रतिभागियों के मूत्र नमूनों पर मानक मूत्र संवर्धन (यूरिन कल्चर), उन्नत मात्रात्मक मूत्र संवर्धन और तीन अनुक्रमण (सीक्वेंसिंग) विधियों की तुलना करता है, जो यह प्रकट करता है कि जबकि कोई भी एक विधि सार्वभौमिक रूप से श्रेष्ठ नहीं है, लॉन्ग-रीड शॉटगन मेटाजीनोमिक्स सबसे व्यापक टैक्सोनोमिक कवरेज प्रदान करता है और विशिष्ट टैक्सों के लिए संवर्धित विधि अनुक्रमण से बेहतर प्रदर्शन करती है, जो विशिष्ट अनुसंधान या नैदानिक उद्देश्यों के साथ विधि चयन को संरेखित करने की आवश्यकता को रेखांकित करती है।

Khemmani, M., Noronha, M. F., Pham, T., Ferneyhough, B., Roddis, M., Parkinson, N. J., Wolfe, A. J.2026-11-03

💻 जैव सूचना विज्ञान

BioResearchBench: 50 Long Horizon Biological Research Tasks

BioResearchBench 10 उपक्षेत्रों में 50 दीर्घ-अवधि वाले जैविक अनुसंधान कार्यों का एक चुनौतीपूर्ण बेंचमार्क है जो यह प्रकट करता है कि वर्तमान सीमावर्ती एआई मॉडल वैज्ञानिक तर्क और प्रयोगात्मक निर्णय लेने में संघर्ष करते हैं, भले ही वे अक्सर व्यक्तिगत विश्लेषणात्मक चरणों को सही ढंग से निष्पादित करते हैं, जो वास्तविक दुनिया की वैज्ञानिक सहायता के लिए डेटा व्याख्या और निर्णय लेने में महत्वपूर्ण अंतराल को उजागर करता है।

Abedrabbo, S., Pryhoda, A., Goodman, K., Taavola, J., Milam, E., Albright, A., Jabal, R., Yang, M., Burrese, C., Tubby (…)2026-11-03

💻 जैव सूचना विज्ञान

CNVision: a computational framework for functional interpretation of intragenic copy number variants

CNVision एक कंटेनराइज्ड कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क है जो ब्रेकपॉइंट्स को कोडिंग अनुक्रमों (coding sequences) पर सटीक रूप से मैप करके और रीडिंग-फ्रेम परिणामों को वर्गीकृत करके, इंट्राजेनिक कॉपी नंबर वेरिएंट्स के मानकीकृत, ट्रांसक्रिप्ट-जागरूक कार्यात्मक व्याख्या को स्वचालित करता है, जिससे पारंपरिक तरीकों की तुलना में मैन्युअल विश्लेषण समय में काफी कमी आती है और निरंतरता में सुधार होता है।

Liao, M., Zhuo, X.2026-11-03

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