💻 bioinformatics

Statistical tests for bivariate spatial association across multi-omics data with disjoint coordinates

यह शोध पत्र R-पैकेज `sbivar` प्रस्तुत करता है, जो विलगित निर्देशांकों (disjoint coordinates) वाले मल्टी-ओमिक्स मोडैलिटीज के बीच द्विचर स्थानिक साहचर्यों (bivariate spatial associations) का कठोरता से आकलन करने के लिए संशोधित सांख्यिकीय परीक्षणों और विचरण अनुमानकों (variance estimators) का एक समूह प्रदान करता है, जो स्थानिक ऑटोकोरिलेशन और उच्च-आयामी कम्प्यूटेशनल चुनौतियों को उचित रूप से ध्यान में रखता है।

Hawinkel, S., Hu, W., Velten, B., Maere, S.2026-07-23
💻 bioinformatics

An openly licensed benchmark and per-gene calibration map for missense pathogenicity predictors on activating cancer drivers

यह अध्ययन प्रकट करता है कि वर्तमान मिसेंस पैथोजेनेसिटी प्रेडिक्टर्स (missense pathogenicity predictors), जो मुख्य रूप से लॉस-ऑफ-फंक्शन (loss-of-function) वेरिएंट्स पर प्रशिक्षित हैं, सक्रिय कैंसर ड्राइवर्स (activating cancer drivers) को उनकी विशिष्ट संरचनात्मक और विकासवादी विशेषताओं के कारण व्यवस्थित रूप से कम आंकते हैं, जिससे लेखक सोमैटिक वेरिएंट व्याख्या में सुधार के लिए एक ओपनली लाइसेंस प्राप्त बेंचमार्क, प्रति-जीन कैलिब्रेशन मैप्स और एक पुनर्गठित फ्रेमवर्क (OncoCal) प्रदान करने के लिए प्रेरित हुए हैं।

Lee, S.-G.2026-07-23
💻 bioinformatics

Hobrac: a reference-guided workflow for genome comparison and synteny visualization

होरब्रैक (Horbrac) एक स्वचालित, निःशुल्क रूप से उपलब्ध वर्कफ़्लो है जो असेंबली सत्यापन और विकासवादी अध्ययनों में आने वाली चुनौतियों को दूर करने के लिए स्वचालित संदर्भ जीनोम चयन को जीन-आधारित संरचनात्मक विश्लेषण के साथ एकीकृत करके संपूर्ण-जीनोम तुलना और सिनटेनी विज़ुअलाइज़ेशन को सुव्यवस्थित करता है।

Istace, B., Denoeud, F., Teodori, E., Chorba, N., Aury, J.-M.2026-07-23
💻 bioinformatics

PepCL: A replay-based continual learning framework for updating peptide-MHC models

यह शोध पत्र PepCL का परिचय देता है, जो एक रीप्ले-आधारित निरंतर शिक्षण (continual learning) ढांचा है और इसे MHCPrime नामक एक नए अत्याधुनिक मॉडल के साथ जोड़ा गया है, जो पेप्टाइड-MHC भविष्यवक्ताओं को कैटास्ट्रोफिक फॉरगेटिंग (catastrophic forgetting) से निपटने और विविध जैविक संदर्भों में भविष्य कहनेवाला प्रदर्शन में सुधार करने के लिए पूर्व मास स्पेक्ट्रोमेट्री ज्ञान को संरक्षित करते हुए नए प्रयोगात्मक परख डेटा को एकीकृत करने में सक्षम बनाता है।

Chati, P. M., Lashkari, V. D., Salhotra, A., Bruno, P. M., Ntranos, V.2026-07-21
💻 bioinformatics

Extended t-cores for the de novo identification of transposable elements and other inexact repeats from short read RNAseq data

यह शोध पत्र कॉम्पैक्टेड डी ब्रुइन ग्राफ्स (De Bruijn graphs) के भीतर "एक्सटेंडेड टी-कोर्स" (extended t-cores) पर आधारित एक पूर्णतः 'डी नोवो' (de novo) विधि प्रस्तुत करता है, जो बिना किसी संदर्भ जीनोम की आवश्यकता के, सीधे शॉर्ट-रीड आरएनए-सीक (short-read RNA-seq) डेटा से ट्रांसपोसेबल तत्वों और अन्य इनएक्सैक्ट रिपीट को प्रभावी ढंग से पहचानने और अलग करने के लिए है।

Darmon, S., Mary, A., Lacroix, V.2026-07-20
💻 bioinformatics

Systematic evaluation and benchmarking of text summarization methods for biomedical literature: From word-frequency methods to language models

यह शोध पत्र 1,000 बायोमेडिकल एब्स्ट्रैक्ट्स (biomedical abstracts) पर 62 टेक्स्ट सारांशीकरण विधियों का बेंचमार्किंग करता है, जो यह प्रकट करता है कि सामान्य-उद्देश्य वाले, मध्यम आकार के भाषा मॉडल सटीक और अर्थपूर्ण वैज्ञानिक सारांश उत्पन्न करने में सांख्यिकीय निष्कर्षण (statistical extractive) विधियों और विशिष्ट या फ्रंटियर-स्केल मॉडलों दोनों से बेहतर प्रदर्शन करते हैं।

Baumgärtel, F., Bono, E., Fillinger, L., Galou, L., Keska-Izworska, K., Walter, S., Andorfer, P., Kratochwill, K., Perc (…)2026-07-16
💻 bioinformatics

FUSED: A Functional Representation for Joint Structural and Elemental Analysis of Protein Ligand Binding Sites

यह शोध पत्र FUSED को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन बहुभिन्नीय कार्यात्मक प्रतिनिधित्व (multivariate functional representation) है जो प्रोटीन लिगैंड बाइंडिंग साइट्स की संरचनात्मक और अवयवी संरचनात्मक जानकारी को दूरी के निरंतर फलनों (continuous functions) के रूप में संयुक्त रूप से मॉडल करता है, और यह प्रदर्शित करता है कि यह दृष्टिकोण मौजूदा विधियों की तुलना में लिगैंड भेदभाव और बाइंडिंग-साइट वर्गीकरण के लिए संक्षिप्त, व्याख्या योग्य और प्रतिस्पर्धी भविष्य कहनेवाला प्रदर्शन प्रदान करता है।

Priyankara, T. M. S., Ellingson, L.2026-07-16
💻 bioinformatics

Integrative computational toxicology reveals PFOS and PFHxS associated inflammatory keratinocyte niches in psoriasis through exposure transcriptomics, single-cell spatial mapping and token-aware virtual perturbation

यह अध्ययन एक एकीकृत कम्प्यूटेशनल टॉक्सिकोलॉजी फ्रेमवर्क का उपयोग करके यह प्रदर्शित करता है कि PFOS और PFHxS का संपर्क उन इन्फ्लेमेटरी केराटिनोसाइट प्रोग्राम्स को संचालित करता है जो सोरायसिस पैथोलॉजी के साथ अभिसरित होते हैं, जो मल्टी-ओमिक्स एकीकरण और वर्चुअल परटर्बेशन के माध्यम से विशिष्ट आणविक प्रभावकों और स्थानिक निश (spatial niches) की पहचान करते हैं।

Ma, J., Yu, Q.2026-07-15
💻 bioinformatics

Computational design of a multi-epitope vaccine against M. tuberculosis

यह अध्ययन तीन पूर्व में अनछुए *माइकोबैक्टीरियम ट्यूबरकुलोसिस* विषाक्तता प्रोटीनों (EccB3, MycP, और पॉलीकेटाइड सिंथेज़) को लक्षित करने वाले एक नवीन मल्टी-एपिटोप वैक्सीन उम्मीदवार के कम्प्यूटेशनल डिज़ाइन और सत्यापन को प्रस्तुत करता है, जो एक व्यापक रिवर्स वैक्सिनोलॉजी पाइपलाइन के माध्यम से मजबूत संरचनात्मक स्थिरता, प्रभावी TLR बाइंडिंग और सुदृढ़ प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया प्रदर्शित करता है।

Buhari, A., Okutu, P., Oyeleke, U. A., Sivakumar, A., Hameed, S. A.2026-07-15
💻 bioinformatics

Taxonomic profilers and their influence on metagenomic diversity analyses

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि टैक्सोनोमिक प्रोफाइलर, संदर्भ डेटाबेस और पैरामीटराइजेशन का चयन मेटाजीनोमिक विश्लेषणों में अल्फा विविधता अनुमानों और सांख्यिकीय निष्कर्षों को महत्वपूर्ण रूप से प्रभावित करता है, जो शोधकर्ताओं के लिए मजबूत और विश्वसनीय वैज्ञानिक निष्कर्ष सुनिश्चित करने हेतु संवेदनशीलता विश्लेषण करने की महत्वपूर्ण आवश्यकता को रेखांकित करता है।

Rondeau-Leclaire, J., Blanchet, G., Jacques, P.-E., Laforest-Lapointe, I.2026-07-14