1188 पेपर
लेखक methylTFR प्रस्तुत करते हैं, जो एक R पैकेज है जो बल्क और सिंगल-सेल इम्यून सेल मिथिलोम के माध्यम से सेल-टाइप-विशिष्ट नियामकों की पहचान करने और विकासात्मक प्रक्षेपवक्र (डेवलपमेंटल ट्राजेक्टरीज) को हल करने के लिए DNA मिथाइलेशन डेटा से ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर गतिविधि को परिमाणित करता है।
यह शोध पत्र EndoMT R पैकेज प्रस्तुत करता है, जो दिशात्मक रूप से असाइन किए गए जीन सेटों का एक क्यूरेटेड संसाधन है जिसे विविध प्रयोगात्मक मॉडलों और रोग संदर्भों में एंडोथेलियल-मेसेनकाइमल ट्रांज़िशन के विशिष्ट और संवेदनशील ट्रांसक्रिप्टोमिक संवर्धन विश्लेषण को सक्षम करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, जो मौजूदा सामान्य एपिथेलियल-मेसेनकाइमल ट्रांज़िशन ढांचों की सीमाओं को संबोधित करता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि प्रशिक्षण के समय एक पर्यवेक्षी संकेत (supervisory signal) के रूप में मेल खाते हुए H&E हिस्टोलॉजी का उपयोग करना ट्रांसक्रिप्टोमिक फाउंडेशन मॉडल्स में निरंतर सुधार करने में विफल रहता है क्योंकि स्पॉट-आधारित स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (spatial transcriptomics) में स्लाइड-विशिष्ट बैच संरचनाएं साझा जीन-आकृति विज्ञान संकेत को सीमित करती हैं, जो अंततः खोए हुए जैविक विवरणों को पुनः प्राप्त करने के बजाय मौजूदा जानकारी को ही पुनर्गठित करती हैं।
यह शोधपत्र scTAPAS को प्रस्तुत करता है, जो एक बायोइन्फॉर्मेटिक फ्रेमवर्क है जो सिंगल-सेल आरएनए सीक्वेंसिंग रीड्स से सीधे डोनर जीनोटाइप को पुनर्गठित करता है, जिससे मैच किए गए पारंपरिक जीनोटाइपिंग डेटा की अनुपस्थिति में भी सटीक डाउनस्ट्रीम eQTL और HLA-TCR जुड़ाव विश्लेषण संभव हो पाता है।
PIE एक नवीन मॉडल है जो जनसंख्या-स्तर के प्रभावों के इर्द-गिर्द सीखने के कार्य को पुनर्गठित करके और सहायक जैविक इनपुट का लाभ उठाकर अनदेखे संदर्भों, विक्षोभों (perturbations) और डेटासेटों में कोशिकीय विक्षोभ प्रभावों का सामान्यीकरण करता है, जिससे जीन अभिव्यक्ति परिवर्तनों और विभेदक रूप से व्यक्त जीनों (differentially expressed genes) की भविष्यवाणी करने में अत्याधुनिक प्रदर्शन प्राप्त होता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि होमोलॉजी-आधारित वेरिएंट-इफेक्ट प्रेडिक्टर्स साइटोक्रोम P450 फार्माजीन के लिए व्यवस्थित रूप से विफल हो जाते हैं क्योंकि वे उत्प्रेरक गतिविधि के बजाय मुख्य रूप से प्रोटीन प्रचुरता को ट्रैक करते हैं, जिसके लिए कार्यात्मक परिणामों की सटीक भविष्यवाणी करने हेतु सबस्ट्रेट-विशिष्ट संदर्भ को शामिल करने वाले एक नए मॉडलिंग दृष्टिकोण की आवश्यकता है।
EnsPlex एक बहु-स्रोत ढांचा है जो विविध संरचनात्मक नमूनाकरण विधियों को एक टोपोलॉजी-जागरूक गुणवत्ता मूल्यांकन मॉडल (FACET) के साथ एकीकृत करता है ताकि मौजूदा दृष्टिकोणों की तुलना में एंटीजन-एंटीबॉडी प्रणालियों में प्रोटीन कॉम्प्लेक्स भविष्यवाणी की सटीकता और सफलता दर में महत्वपूर्ण सुधार किया जा सके।
यह अध्ययन मल्टी-सैंपल स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स डेटा का विश्लेषण करने के लिए MAPLE एल्गोरिदम प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि इडियोपैथिक पल्मोनरी फाइब्रोसिस की प्रगति में क्षेत्र-विशिष्ट फाइब्रोटिक प्रोग्राम और मानव फेफड़ों में असामान्य बेसालोडोइड निशों (basaloid niches) के साथ सेन्सेसेंट कोशिकाओं का स्थानिक सह-स्थानीयकरण शामिल है।
यह शोध पत्र QHGM को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन क्वांटम हैमिल्टोनियन-आधारित जनरेटिव मॉडल है और इसे एक स्केलेबल वेरिएशनल क्वांटम एल्गोरिदम (VQ-Net) के साथ जोड़ा गया है, जो सिंथेटिक बेंचमार्क पर बेहतर सटीकता और ग्लियोब्लास्टोमा में जैविक रूप से प्रासंगिक अंतर्दृष्टि द्वारा प्रदर्शित, सिंगल-सेल ट्रांसक्रिप्टोमिक्स डेटा से जीन नियामक नेटवर्क का अनुमान लगाने में शास्त्रीय विधियों से काफी बेहतर प्रदर्शन करता है।
MetaUmbra एक नवीन कम्प्यूटेशनल टूल है जो टैक्सोनोमिक अस्पष्टता को हल करने के लिए एक संदर्भ जीनोम पैनल के विरुद्ध अद्वितीय और साझा पेप्टाइड साक्ष्य का औपचारिक मूल्यांकन करके मेटाप्रोटिओमिक्स में सांख्यिकीय रूप से नियंत्रित, जीनोम-स्तरीय उपस्थिति अनुमान (presence inference) को सक्षम बनाता है।