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bioinformatics

1188 पेपर

💻 जैव सूचना विज्ञान

A Metacell Model of Single Cell RNA-seq Counts Yields a Gaussian Mixture Model in PCA Space

यह शोध पत्र यह स्थापित करता है कि मेटासेल मॉडल द्वारा उत्पन्न डेटा पर मानक scRNA-seq प्रीप्रोसेसिंग वर्कफ़्लो लागू करने से PCA स्पेस में एक गॉसियन मिक्सचर मॉडल प्राप्त होता है, जो रैंडम मैट्रिक्स थ्योरी के माध्यम से प्राप्त एक निष्कर्ष है जो वास्तविक डेटासेट में जीन सहसंबंधों को पकड़ने और विचरण (variance) को कम आंकने में मेटासेल मॉडल की सीमाओं को प्रकट करता है, जबकि डाउनस्ट्रीम सांख्यिकीय मॉडलिंग में सुधार के लिए एक ढांचा भी प्रदान करता है।

Leviyang, S.2026-10-01
💻 जैव सूचना विज्ञान

biomes: An R package for reproducible occurrence-to-biome classification using 31 global biome schemes

यह शोध पत्र *biomes* का परिचय देता है, जो एक R पैकेज है जो 31 विशिष्ट बायोम योजनाओं के लिए सामंजस्यपूर्ण वैश्विक रास्टर परतें और शोधकर्ताओं को पारिस्थितिक और विकासवादी अध्ययनों के लिए सबसे उपयुक्त योजना चुनने और प्रजातियों के उपस्थिति रिकॉर्ड को वर्गीकृत करने में मदद करने के लिए एक पुनरुत्पादनीय, डेटा-संचालित वर्कफ़्लो प्रदान करता है।

Gross, H. C., Zizka, A., Fischer, J.-C., Walentowitz, A.2026-10-01
💻 जैव सूचना विज्ञान

SFUMATO: Bayesian probabilistic clustering for uncertainty-aware spatialtranscriptomics analysis and mapping

SFUMATO एक GPU-त्वरित बेयसियन संभाव्य ढांचा (Bayesian probabilistic framework) है जो स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (spatial transcriptomics) में हार्ड-लेबल क्लस्टरिंग की सीमाओं को दूर करने के लिए अनिश्चितता-जागरूक, रंग-मिश्रित विज़ुअलाइज़ेशन और मात्रात्मक मानचित्र उत्पन्न करता है जो पूर्व सेल सेगमेंटेशन की आवश्यकता के बिना क्रमिक ट्रांसक्रिप्शनल संक्रमणों और ऊतक विषमता को कैप्चर करते हैं।

Giustolisi, A., Avenel, C., Wählby, C.2026-10-01
💻 जैव सूचना विज्ञान

Quantifying the Provenance-to-Function Gap in Antidiabetic Peptide Prediction: Homology-Aware Evaluation and the ADP-Hybrid Baseline

यह शोध पत्र प्रकट करता है कि मानक बेंचमार्क में होमोलॉजी लीकेज (homology leakage) के कारण एंटीडायबिटिक पेप्टाइड क्लासिफायर का पूर्वानुमान प्रदर्शन अक्सर बढ़ा-चढ़ाकर दिखाया जाता है, जो यह दर्शाता है कि जब होमोलोगस अनुक्रमों को उचित रूप से अलग किया जाता है, तो सटीकता काफी कम हो जाती है और सरल मॉडल कहीं अधिक दक्षता के साथ तुलनीय परिणाम प्राप्त कर सकते हैं।

Islam, A., Hosen, M. F., Basar, M. A., Mollah, M. S. H., Uddin, M. S.2026-10-01
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IQC: A Novel Criterion for Assessing Feature Selection Stability in High-Dimensional Analyses

यह शोध पत्र इंस्टेबिलिटी कोशिएंट क्राइटेरियन (IQC) को प्रस्तुत करता है, जो उच्च-आयामी जैविक विश्लेषणों में फीचर चयन की पुनरुत्पादकता को मापने और सुधारने के लिए एनसेंबल मॉडलिंग और शैनन के एंट्रॉपी का लाभ उठाने वाला एक नवीन मीट्रिक है, जो विशेष रूप से इलास्टिक नेट रिग्रेशन में निहित अस्थिरता संबंधी समस्याओं को संबोधित करता है।

Moxley, T. A., Ridenhour, B. J.2026-10-01
💻 जैव सूचना विज्ञान

vartracker: an end-to-end tool for pathogen longitudinal variant analysis and visualisation

vartracker एक ओपन-सोर्स, रोगजनक-अज्ञेय (pathogen-agnostic) उपकरण है जो विविध जीनोमिक इनपुट्स को एकीकृत करके, वेरिएंट के उद्भव और निरंतरता को ट्रैक करके, और इंटरैक्टिव विज़ुअलाइज़ेशन के साथ पुनरुत्पादक परिणाम उत्पन्न करके अनुदैर्ध्य रोगजनक विकास (longitudinal pathogen evolution) के विश्लेषण और विज़ुअलाइज़ेशन को सुव्यवस्थित करता है।

Foster, C. S. P., Rawlinson, W. D.2026-09-30
💻 जैव सूचना विज्ञान

Bridging the gap between omics and structural data: A framework for interpreting protein-RNA interaction specificity

यह अध्ययन एक ऐसा ढांचा प्रस्तुत करता है जो बाइंडिंग मोटिफ कोर की पहचान करने के लिए ओमिक्स डेटा को प्रयोगात्मक प्रोटीन-आरएनए संरचनाओं के साथ एकीकृत करता है और अल्फाफोल्ड3 का बेंचमार्क करता है, जो इसकी भविष्य कहने वाली क्षमता और इसकी वर्तमान सीमाओं, जैसे कि याद करने (मेमोराइजेशन) के संकेत और वैकल्पिक बाइंडिंग मोड के साथ चुनौतियों, दोनों को प्रकट करता है।

Fauconnet, Y., Deng, S., Koundri, R., Pagani, M., Quignot, C., Antonio, D., Andreani, J.2026-09-30
💻 जैव सूचना विज्ञान

CHACAM: a cell-cell interaction-guided hierarchical attention model for high-precision cell identity annotation of scRNA-seq data in early C. elegans embryogenesis

CHACAM एक सुपरवाइज्ड मशीन लर्निंग फ्रेमवर्क है जो सेल-सेल इंटरेक्शन सिग्नेचर का लाभ उठाकर प्रारंभिक *C. elegans* भ्रूणजनन में अस्पष्ट सेल पहचान को हल करने के लिए जीन एक्सप्रेशन, लिगैंड-रिसेप्टर इंटरेक्शन और सेल कॉन्टैक्ट मैप्स को एकीकृत करता है ताकि उच्च-परिशुद्धता एनोटेशन प्राप्त किया जा सके।

Chen, X., Ju, X., Murali, M., Li, H., Chen, M., Zhang, M. Q.2026-09-30
💻 जैव सूचना विज्ञान

Repurposing PeTriBERT for Protein Protein Interaction Prediction with Sequence Structure Fusion

यह शोध पत्र PeTriPPI2 को पेश करता है, जो एक हाइब्रिड फ्रेमवर्क है जो प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन की भविष्यवाणी करने के लिए ESM-2 अनुक्रम एम्बेडिंग को PeTriBERT संरचनात्मक निरूपणों के साथ जोड़ता है, जो Pinder डेटासेट पर उच्च सटीकता और परिशुद्धता प्राप्त करता है और एब्लेशन अध्ययनों के माध्यम से अनुक्रम और संरचनात्मक दोनों विशेषताओं के पूरक मूल्य को प्रदर्शित करता है।

Wavreille, A., Krouk, G., Dumortier, B.2026-09-30
💻 जैव सूचना विज्ञान

MDM2 P1/P2 promoter usage separates autonomously proliferative and environment-adaptive, gastric-metaplastic programs in colorectal cancer

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि MDM2 P1 बनाम P2 प्रमोटरों का उपयोग एक आणविक स्विच के रूप में कार्य करता है जो गुणसूत्र अस्थिरता-जनित और पर्यावरण-अनुकूलित, गैस्ट्रिक-मेटाप्लास्टिक कोलोरेक्टल कैंसर फेनोटाइप के बीच अंतर करता है, जिससे चिकित्सीय प्रतिक्रियाशीलता द्वारा रोगियों के स्तरीकरण को सक्षम बनाया जा सके।

Tsukui, T., Shin, K., Tsuda, K., Yao, R.2026-09-29