💻 bioinformatics

Representation Methods of Transcriptomics with Applications in Neuroimmune Biology

यह शोधपत्र तर्क देता है कि को-एक्सप्रेशन नेटवर्क विश्लेषण (co-expression network analysis), माइक्रोगलिया के लक्षण वर्णन के लिए पारंपरिक विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण (differential expression analysis) की तुलना में एक अधिक प्रभावी और संक्षिप्त ढांचा प्रदान करता है, क्योंकि यह संदर्भ-निर्भर, समवर्ती आणविक कार्यक्रमों को प्रकट करता है जो कोशिका प्रकार की कार्यात्मक विषमता को बेहतर ढंग से समझाते हैं।

Abbasi, M., Ochoa Zermeno, S., Spendlove, M. D., Tashi, Z., Plaisier, C. L., Bartelle, B. B.2026-04-07
💻 bioinformatics

Locat: Joint enrichment and depletion testing identifies localized marker genes in single-cell transcriptomics

यह शोध पत्र Locat को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन ढांचा (framework) है जो एकल-कोशिका ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (single-cell transcriptomics) में अत्यधिक विशिष्ट मार्कर जीन की पहचान करता है, जो सघन कोशिकीय क्षेत्रों के भीतर अभिव्यक्ति संवर्धन (expression enrichment) और अन्य स्थानों पर रिक्तीकरण (depletion) के लिए संयुक्त रूप से परीक्षण करके, कोशिका आबादी और विकासात्मक प्रक्षेपवक्रों (developmental trajectories) के सुदृढ़, व्याख्या योग्य और बैच-मुक्त क्रॉस-कंडीशन तुलना को सक्षम बनाता है।

Lewis, W. R., Aizenbud, Y., Strino, F., Kluger, Y., Parisi, F.2026-04-07
💻 bioinformatics

A Context-Aware Single-Cell Proteomics Analysis pipeline.

यह शोधपत्र CASPA को प्रस्तुत करता है, जो सिंगल-सेल प्रोटिओमिक्स के लिए एक स्वचालित, एंड-टू-एंड पाइपलाइन है जो एडेप्टिव क्वालिटी कंट्रोल, एंट्रॉपी-गाइडेड बैच करेक्शन और संदर्भ-जागरूक सेल टाइप एनोटेशन के लिए एक परिष्कृत लार्ज लैंग्वेज मॉडल फ्रेमवर्क के माध्यम से मौजूदा विश्लेषणात्मक सीमाओं को दूर करता है, और विविध जैविक डेटासेट्स में ऑर्थोगोनल ग्राउंड ट्रुथ के विरुद्ध मान्य उच्च सटीकता प्राप्त करता है।

Salomo Coll, C., Makar, A. N., Brenes, A. J., Inns, J., Trost, M., Rajan, N., Wilkinson, S., von Kriegsheim, A.2026-04-07
💻 bioinformatics

Accurate estimation of canine inbreeding using ultra low-coverage whole genomesequencing

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि अल्ट्रा लो-कवरेज होल जीनोम सीक्वेंसिंग (ulcWGS), विविध नस्लों में कुत्तों के इनब्रीडिंग स्तरों का सटीक अनुमान लगाने के लिए हाई-कवरेज विधियों के एक लागत प्रभावी और विश्वसनीय विकल्प के रूप में कार्य करती है।

Pellegrini, M., Kim, R., Rubbi, L., Kislik, G., Smith, D.2026-04-07
💻 bioinformatics

REBEL, Reproducible Environment Builder for Explicit Library resolution

REBEL एक ऐसा फ्रेमवर्क है जो गहन कोड निरीक्षण और क्यूरेटेड ज्ञान का उपयोग करके लुप्त सिस्टम डिपेंडेंसीज़ को हल करता है और कंटेनराइजेशन विशेषज्ञता की आवश्यकता के बिना स्व-निहित, नियतात्मक वातावरण उत्पन्न करता है, जिससे बायोइन्फॉर्मेटिक्स में दीर्घकालिक, FAIR-अनुपालन वाली पुनरुत्पादकता सुनिश्चित होती है।

Martelli, E., Ratto, M. L., Nuvolari, B., Arigoni, M., Tao, J., Micocci, F. M. A., Alessandri, L.2026-04-07
💻 bioinformatics

Flow molecular dynamics simulations reveal mechanosensitive regulation of von Willebrand factor through glycan-modulated autoinhibitory modules

यह अध्ययन फ्लो मॉलिक्यूलर डायनेमिक्स सिमुलेशन का उपयोग करके यह प्रदर्शित करता है कि कैसे हाइड्रोडायनामिक बल वॉन विलेब्रांड फैक्टर को एक ऑटोइनहिबिटेड कॉम्पैक्ट अवस्था से एक सक्रिय विस्तारित कन्फर्मेशन की ओर संचालित करते हैं, जो मैकेनोसेंसिटिव रेगुलेशन में ग्लाइकेन-मॉड्यूलेटेड ऑटोइनहिबिटरी मॉड्यूल्स की विशिष्ट भूमिकाओं को उजागर करता है।

Richard Louis, N. E. L., Zhao, Y. C., Ju, L. A.2026-04-07
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AI predictions and the expansion of scientific frontiers: Evidence from structural biology

2021 में अल्फाफोल्ड2 (AlphaFold2) की रिलीज़ को एक अर्ध-प्रयोग (quasi-experiment) के रूप में उपयोग करते हुए, यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि एआई (AI) भविष्यवाणियां नवीन प्रोटीनों पर शोध में आ रही गिरावट को उलटकर और सामूहिक ध्यान कम अध्ययन किए गए जीन और लक्ष्यों की ओर पुनर्निर्देशित करके वैज्ञानिक सीमाओं का विस्तार कर सकती हैं, जिससे इस चिंता को चुनौती मिलती है कि एआई केवल स्थापित वैज्ञानिक परंपराओं को ही सुदृढ़ करता है।

Sun, M., Choi, S., Yin, Y.2026-04-07
💻 bioinformatics

Image Analysis Tools for Scanning Electron Microscopy

यह शोध पत्र Fiji (ImageJ) और Python के लिए ओपन-सोर्स प्लगइन्स के एक समूह को प्रस्तुत करता है जो कस्टम FIB-SEM उपकरणों के समर्थन सहित, स्कैनिंग इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी छवियों में सिग्नल-टू-नॉइज़ रेशियो, कंट्रास्ट और रेजोल्यूशन का विश्लेषण करने के लिए डिज़ाइन किए गए हैं।

Shtengel, D., Shtengel, G., Xu, C. S., Hess, H. F.2026-04-06
💻 bioinformatics

RastQC: High-Performance Sequencing Quality Control Written in Rust

RastQC एक उच्च-प्रदर्शन वाला, यूनिफाइड सीक्वेंसिंग क्वालिटी कंट्रोल टूल है जिसे रस्ट (Rust) में लिखा गया है जो जावा-आधारित FastQC का स्थान लेता है और एक एकल 2.1 MB के स्टैटिक बाइनरी के माध्यम से समान सटीकता, काफी तेज़ प्रोसेसिंग स्पीड और कम मेमोरी खपत के साथ शॉर्ट और लॉन्ग दोनों तरह के रीड्स का विश्लेषण करने में सक्षम है।

Huang, K.-l.2026-04-06
💻 bioinformatics

Domain classification of archaeal proteomes reveals conserved fold repertoire

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि आर्किया (archaea) का प्रोटीन फोल्ड भंडार गहरे फाइलोजेनेटिक दूरियों में व्यापक रूप से संरक्षित है, जो यह प्रकट करता है कि प्रयोगात्मक रूप से निर्धारित आर्कियल संरचनाओं की कमी विचलित अनुक्रमों के प्रति वर्गीकरण संवेदनशीलता के कारण है न कि ज्ञात संरचनात्मक विविधता की कमी के कारण।

Schaeffer, R. D., Pei, J., Guo, R., Zhang, J., Medvedev, K., Cong, Q., Grishin, N.2026-04-06