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bioinformatics

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💻 जैव सूचना विज्ञान

CatIF-RL: Activity-Oriented Enzyme Sequence Design by Steered Inverse Protein Folding

CatIF-RL एक नवीन ढांचा है जो गतिविधि-उन्मुख प्राथमिकता संकेतों और समूह-सापेक्ष नीति अनुकूलन के माध्यम से एक ग्राफ-आधारित डिनोइजिंग डिफ्यूजन इनवर्स फोल्डिंग मॉडल को उच्च अनुमानित kcat मानों की ओर निर्देशित करके, संरचनात्मक निष्ठा और अनुक्रम संगतता बनाए रखते हुए, एंजाइम उत्प्रेरक गतिविधि को बढ़ाता है।

Li, Y., Xiong, J., Zhang, Y., Cai, T., Fu, C., Li, S., Xu, W., Lyu, R., Chen, Z., Guo, Z., Gong, X., Wang, F.2026-05-18
💻 जैव सूचना विज्ञान

BiomniBench: Process-level Evaluation of LLM Agents for Real-world Biomedical Research

यह शोध पत्र BiomniBench प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन प्रक्रिया-स्तरीय मूल्यांकन ढांचा है जो केवल परिणाम-आधारित बेंचमार्क की सीमाओं को दूर करने और तर्क एवं विधि चयन में महत्वपूर्ण विफलताओं को उजागर करने के लिए विशेषज्ञ-निर्मित रूब्रिक्स का उपयोग करके वास्तविक दुनिया के बायोमेडिकल अनुसंधान कार्यों पर LLM एजेंटों का आकलन करता है।

Qu, Y., Lu, Y., Tu, X., Zhang, S., She, T., Shaw, A. G., Shih, J.-H., Zhao, B., Shen, M., Yang, H., Yan, J., Zhang, R. (…)2026-05-18
💻 जैव सूचना विज्ञान

Evaluating open LLMs for agentic analysis orchestration in a typical biomedical lab

यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि एक लागत प्रभावी, स्थानीय रूप से चलाने योग्य ओपन-वेट एलएलएम (विशेष रूप से qwen3.6:27b) नियमित बायोमेडिकल डेटा विश्लेषण कार्यों को व्यवस्थित करने में फ्रंटियर-स्तर की सटीकता प्राप्त कर सकता है, जो महंगे प्रोप्रायटरी मॉडलों के लिए एक स्केलेबल विकल्प प्रदान करता है।

Nekrutenko, A.2026-05-18
💻 जैव सूचना विज्ञान

Elab2ARC: A Browser-Based Workspace for Converting Free-Text Protocols into rich FAIR digital objects

elab2ARC एक क्लाइंट-साइड, ब्राउज़र-आधारित वर्कस्पेस है जो दैनिक प्रयोगशाला वर्कफ़्लो को बाधित किए बिना निर्बाध साझाकरण और आर्काइव करने के लिए फ्री-टेक्स्ट eLabFTW इलेक्ट्रॉनिक लेबोरेटरी नोटबुक रिकॉर्ड्स को FAIR-अनुपालन, वर्ज़न-नियंत्रित एनोटेटेड रिसर्च कॉन्टेक्स्ट्स (ARCs) में परिवर्तित करने को स्वचालित करता है।

Zander, S., Zhou, X.-R., Kranz, A., Dumschott, K., Rocca-Serra, P., Weil, H. L., Tschoepke, M., Muehlhaus, T., Von Sucho (…)2026-05-18
💻 जैव सूचना विज्ञान

Metabarcode and transcriptome datasets of Pinus sylvestris to assess fungal phyllosphere and disease dynamics.

यह शोध पत्र 200 और 48 *Pinus sylvestris* जीनोटाइप से प्राप्त ITS2 मेटाबारकोडिंग और RNA-seq प्रोफाइल के एक व्यापक डेटासेट को प्रस्तुत करता है, ताकि यह जांचा जा सके कि डोथिस्ट्रोमा नीडल ब्लाइट (Dothistroma needle blight) के संदर्भ में होस्ट जीनोटाइप, पर्णल (foliar) कवक समुदायों और रोग संवेदनशीलता को कैसे प्रभावित करता है।

Moore, B., Perry, A., Kaur, S., Crampton, B., Gurung, A., Beaton, J., Smith, V. A., Morris, J., Hedley, P. E., Nemeth, K (…)2026-05-18
💻 जैव सूचना विज्ञान

The Paipu framework enables creation of a large-scale mammalian cancer transcriptomics atlas

पाइपू (Paipu) फ्रेमवर्क विभिन्न प्रजातियों के लिए NCBI SRA से RNA-seq डेटा की प्राप्ति और प्रसंस्करण को सुव्यवस्थित करके, एक बड़े पैमाने पर, सामंजस्यपूर्ण पैन-स्तनपायी कैंसर ट्रांसक्रिप्टोमिक्स एटलस के निर्माण को सक्षम करने के लिए जीनोमिक और एनोटेशन बाधाओं को दूर करता है।

Smith, B. S., Smith, L. A., Lee, J.-H., Cahill, J. A., Graim, K.2026-05-18
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Mantis-Delta: Mass-Action Network Theory and Steady-State Characterization for Chemical Reaction Networks

यह शोध पत्र mantis-delta को प्रस्तुत करता है, जो एक ओपन-सोर्स पायथन लाइब्रेरी है जो केवल सिमुलेशन पर निर्भर रहने के बजाय मास-एक्शन सिस्टम्स में स्टेडी स्टेट्स, स्टेबिलिटी और बाइफरकेशन्स को कठोरता से अभिलक्षणित करने के लिए केमिकल रिएक्शन नेटवर्क थ्योरी (CRNT) स्ट्रक्चरल एनालिसिस को सिम्बोलिक ODE जनरेशन और हाइब्रिड न्यूमेरिकल सॉल्वर्स के साथ एकीकृत करता है।

Venegas Hernandez, E. A.2026-05-18
💻 जैव सूचना विज्ञान

Combining amino acid frequency and 1D convolutional neural network embeddings for the identification of protein-protein interactions using a random forest classifier

यह अध्ययन एक दो-चरणीय ढांचे का प्रस्ताव करता है जो अमीनो एसिड आवृत्ति विशेषताओं को 1D कनवल्शनल न्यूरल नेटवर्क ऑटोएन्कोडर द्वारा सीखे गए गुप्त निरूपणों (latent representations) के साथ संयोजित करता है, यह प्रदर्शित करते हुए कि इस हाइब्रिड फीचर सेट पर प्रशिक्षित एक रैंडम फॉरेस्ट क्लासिफायर केवल आवृत्ति विशेषताओं का उपयोग करने की तुलना में प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन की भविष्यवाणी करने की सटीकता में महत्वपूर्ण सुधार करता है।

Sindhi, N. A., Pawar, N., Dixson, J., Garcia, D.2026-05-18
💻 जैव सूचना विज्ञान

Genome-wide computational prediction of miRNAs encoded by influenza A virus (H3N2) predicts target genes involved in pulmonary and antiviral innate immunity

यह अध्ययन इन्फ्लुएंजा ए वायरस (H3N2) द्वारा कूटबद्ध (encoded) miRNAs और उनके लक्षित जीनों की भविष्यवाणी करने के लिए एक जीनोम-व्यापी कम्प्यूटेशनल पाइपलाइन का उपयोग करता है, जो फुफ्फुसीय (pulmonary) और एंटीवायरल जन्मजात प्रतिरक्षा में शामिल होस्ट जीनों के एक नेटवर्क को प्रकट करता है जो वायरल रोगजनन को स्पष्ट कर सकता है और चिकित्सीय लक्ष्यों का सुझाव दे सकता है।

Siddiqi, M. A., Kumar, H., Mazumder, M.2026-05-18
💻 जैव सूचना विज्ञान

KaryoScope: rapid, alignment-free sequence annotation for the pangenome era

KaryoScope एक तीव्र, अलाइनमेंट-मुक्त टूल है जो मिनटों में संपूर्ण पैनजीनोम असेंबलीज़ में विविध जीनोमिक विशेषताओं के बेस-रिजॉल्यूशन एनोटेशन को सक्षम बनाता है, जो तुलनात्मक और नैदानिक विश्लेषण का समर्थन करने के लिए सेंट्रोमियर और सबटेलोमियर जैसे पहले से अप्राप्य परिवर्तनशील क्षेत्रों को प्रभावी ढंग से अभिलक्षणित करता है।

Ranallo-Benavidez, T. R., Chen, Y.-A., Potapova, T. A., Alanko, J. N., Loucks, H., Lucas, J., Human Pangenome Reference (…)2026-05-17