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bioinformatics

1210 पेपर

💻 जैव सूचना विज्ञान

Cataloging cysteines in ECOD domains using a protein language model

लेखकों ने TriCyP विकसित किया है, जो एक प्रोटीन लैंग्वेज मॉडल-आधारित टूल है जो अनुमानित संरचनाओं से सिस्टीन कार्यात्मक अवस्थाओं (डाइसल्फाइड बॉन्डिंग, मेटल कोऑर्डिनेशन और फ्री थियोल्स) की सटीक भविष्यवाणी करता है, जिससे ECOD डोमेन में 2.7 मिलियन सिस्टीन का एक प्रोटिओम-स्केल कैटलॉग सक्षम होता है जो विशिष्ट जैविक पैटर्न को प्रकट करता है और नवीन मेटल-बाइंडिंग परिवारों तथा संभावित प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन की पहचान करता है।

Yuan, R. D., Durham, J., Cong, Q., Schaeffer, R. D. D.2026-05-14
💻 जैव सूचना विज्ञान

Protein solubility depends on centrifugation: Aiki-Sol, a per-regime predictor for E. coli

यह शोध पत्र Aiki-Sol प्रस्तुत करता है, जो एक प्रोटीन घुलनशीलता भविष्यवक्ता (प्रोटीन सॉल्युबिलिटी प्रेडिक्टर) है जो सेंट्रीफ्यूजेशन व्यवस्था (सेंट्रीफ्यूजेशन रिजीम) को शोर के बजाय एक महत्वपूर्ण विशेषता के रूप में स्पष्ट रूप से शामिल करके मौजूदा मॉडलों के प्रदर्शन पठार (परफॉर्मेंस प्लेटो) को पार करता है, और एक नए जारी किए गए, स्ट्रिंगेंसी-एनोटेटेड ई. कोलाई डेटासेट पर महत्वपूर्ण सटीकता लाभ प्राप्त करता है।

Rajagopalan, R., Meda, R. S., Shastry, S., Mysore, V.2026-05-14
💻 जैव सूचना विज्ञान

A Context-Specific, Literature-Supported Framework for Validating Stress Response Differentially Expressed Gene Sets

यह शोधपत्र एक संदर्भ-विशिष्ट ढांचे को प्रस्तुत करता है जो विभेदक रूप से व्यक्त (differentially expressed) जीनों तक सीमित प्रोटीन-प्रोटीन इंटरेक्शन नेटवर्क का लाभ उठाकर तनाव-प्रतिक्रिया जीन समूहों को मान्य करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि जैविक रूप से समर्थित "प्रिंसिपल रिस्पॉन्स" जीन तापमान स्थितियों में महत्वपूर्ण रूप से परस्पर जुड़े उप-नेटवर्क (subnetworks) बनाते हैं।

Frishman, B. A., Gonzalez, J. L., Forbes, V. E.2026-05-13
💻 जैव सूचना विज्ञान

De novo protein discovery in non-model organisms

लेखकों ने "plant" विकसित किया है, जो क्रोमैटोग्राफी के समान एक 'डी नोवो' (de novo) कम्प्यूटेशनल विधि है जो बिना किसी संदर्भ जीनोम की आवश्यकता के गैर-मॉडल जीवों के ट्रांसक्रिप्टोम्स में प्रोटीन डोमेन की तुलना, एनोटेशन और मात्रा निर्धारण को सक्षम बनाती है, जैसा कि 1KP आरएनए-सीक्वेन्सिंग (RNA-seq) डेटा का उपयोग करके सेलाजिनेला (Selaginella) प्रजातियों के विश्लेषण के माध्यम से प्रदर्शित किया गया है।

Ali, A.2026-05-13
💻 जैव सूचना विज्ञान

An improved generic schema for high fidelity data linkage and sample tracing across complex multi-assay medical entomology studies

यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि एक उन्नत जेनेरिक डेटा स्कीमा तंजानिया में जटिल, बहु-टीम, बहु-चरणीय मलेरिया वेक्टर अध्ययनों में उच्च-सटीक लिंकेज और सुदृढ़ नमूना ट्रैसेबिलिटी को सफलतापूर्वक सुनिश्चित करता है, जिससे फील्ड संग्रह से लेकर कीटशाला पालन और प्रयोगशाला विश्लेषण तक लगभग पूर्ण डेटा एकीकरण प्राप्त होता है।

Kavishe, D. R., Msoffe, R. V., Mmbaga, S., Tarimo, L. J., Butler, F., Kaindoa, E. W., Govella, N. J., Kiware, S. S., Kil (…)2026-05-13
💻 जैव सूचना विज्ञान

Phylogenomic coupling of F1 chemosensory and archaellum systems across archaea and monoderm bacteria

यह अध्ययन प्रकट करता है कि आर्केएलम-आधारित गतिशीलता (archaellum-based motility) और F1-प्रकार की कीमोसेंसरी प्रणालियाँ संभवतः क्षैतिज जीन स्थानांतरण (horizontal gene transfer) के माध्यम से आर्केआ (Archaea) से क्लोरोफ्लेक्सोटा (Chloroflexota) बैक्टीरिया में स्थानांतरित हुई थीं, जो इन विशिष्ट डोमेन के बीच एक साझा विकासवादी प्रक्षेपवक्र (evolutionary trajectory) स्थापित करती हैं।

Mahanta, U., Baker, M., Sharma, G.2026-05-13
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CardioSafe: Multi-task prediction of cardiac ion channel activity with reverse-leak audited benchmarking

कार्डियोसेफ (CardioSafe) एक मल्टी-टास्क न्यूरल नेटवर्क है जो कार्डिएक आयन चैनल गतिविधि की भविष्यवाणी करने के लिए रासायनिक और ट्रांसक्रिप्टोमिक विशेषताओं को एकीकृत करता है, जो एक रिवर्स-लीक ऑडिट के माध्यम से प्रशिक्षण-डेटा संदूषण को प्रकट करने और हटाने के बाद बेहतर प्रदर्शन प्रदर्शित करता है जिसने पहले Nav1.5 और Cav1.2 चैनलों के लिए बेंचमार्क परिणामों को कृत्रिम रूप से बढ़ा दिया था।

Jovanovic, M., Weidener, L. S., Brkic, M., Ulgac, E., Meduri, A.2026-05-12
💻 जैव सूचना विज्ञान

Amino Acid Insertion Energetics in a POPC Bilayer from Unbiased Molecular Dynamics

यह अध्ययन एक POPC द्विपरत (बाइलेयर) में 28 अमीनो एसिड एनालॉग्स की सम्मिलन ऊर्जा (इन्सर्शन एनर्जेटिक्स) को परिमाणित करने के लिए निष्पक्ष आणविक गतिकी (अनबायस्ड मॉलिक्यूलर डायनेमिक्स) सिमुलेशन का उपयोग करता है, जो गहराई-निर्भर औसत बल क्षमता (डेप्थ-डिपेंडेंट पोटेंशियल ऑफ मीन फोर्स) उत्पन्न करता है जो सफलतापूर्वक प्रयोगात्मक हाइड्रोफोबिसिटी स्केल्स को पुनरुत्पादित करता है और प्रोटॉनेशन अवस्थाओं एवं एरोमैटिक ओरिएंटेशन की ऊष्मागतिक भूमिकाओं को स्पष्ट करता है।

Bories, S. C. A., Lague, P.2026-05-12
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CausalKnowledgeTrace: A Novel Computational Framework for Automated Literature-Based Causal Graph Construction and Evidence-Based Variable Selection in Biomedical Research

CausalKnowledgeTrace एक स्केलेबल, पायथन-आधारित कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क है जो अवलोकन संबंधी अध्ययनों (observational studies) में बेहतर कारण अनुमान (causal inference) के लिए कन्फाउंडर्स और बायस संरचनाओं को व्यवस्थित रूप से पहचानने हेतु बायोमेडिकल साहित्य से साक्ष्य-आधारित कारण ग्राफ (causal graphs) के निर्माण को स्वचालित करता है।

Upadhayaya, R., Pradhan, M. M., Metzger, V. T., Malec, S. A.2026-05-12
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MucOneUp: A Simulation Framework for MUC1-VNTR Variant Benchmarking

यह शोधपत्र MucOneUp प्रस्तुत करता है, जो एक विशेष सिमुलेशन फ्रेमवर्क है जिसे विभिन्न अनुक्रमण प्लेटफार्मों (sequencing platforms) पर MUC1-VNTR फ्रेमशिफ्ट उत्परिवर्तनों (frameshift mutations) का पता लगाने में वेरिएंट कॉलिंग टूल्स के प्रदर्शन का मूल्यांकन करने के लिए बेंचमार्क डेटासेट उत्पन्न करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।

Popp, B., Saei, H.2026-05-12