857 पेपर
यह शोध पत्र ColBuilder फ्रेमवर्क के एक विस्तार को प्रस्तुत करता है जो गैर-एंजाइमी उन्नत ग्लाइकेशन एंड-प्रोडक्ट (AGE) क्रॉसलिंक्स को शामिल करते हुए परमाणु स्तर के कोलेजन फाइब्रिल मॉडल के निर्माण को सक्षम बनाता है, जो मान्य फोर्स-फील्ड पैरामीटर प्रदान करता है और एंजाइमी क्रॉसलिंक्स की तुलना में उनके विशिष्ट संरचनात्मक और यांत्रिक प्रभावों को प्रदर्शित करता है।
यह शोध पत्र PBML को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन एल्गोरिदम है जो एक एकल संकुचित PBWT इंडेक्स पर गैर-सूचनात्मक लघु मिलान को फ़िल्टर करके, बड़े और विविध हैप्लोटाइप पैनलों में जैविक रूप से महत्वपूर्ण, लंबी दूरी के साझा पूर्वज ट्रैक (kL-SMEMs) को कुशलतापूर्वक पहचानता है, जिससे मौजूदा विधियों की तुलना में पर्याप्त गति और मेमोरी सुधार प्राप्त होता है।
यह शोध पत्र एक बेयसियन AMMI-आधारित सिमुलेशन फ्रेमवर्क प्रस्तावित करता है जो उच्च-थ्रूपुट पर्यावरणीय सहप्रसरण मैट्रिसेस (covariance matrices) का उपयोग करके व्याख्या योग्य जीनोटाइप-दर-पर्यावरण इंटरेक्शन प्रभावों को उत्पन्न करता है, जो पारंपरिक सिमुलेशन विधियों की तुलना में जटिल पर्यावरणीय परिस्थितियों के तहत दिशात्मक संबंधों को पकड़ने और जीनोमिक चयन रणनीतियों में सुधार करने की अपनी क्षमता को प्रदर्शित करता है।
यह शोध पत्र OpenFold-TRT प्रस्तुत करता है, जो TensorRT और MMseqs2-GPU का संयोजन करने वाला त्वरणों का एक सेट है जो विविध हार्डवेयर—कॉम्पैक्ट ARM सिस्टम से लेकर बड़े पैमाने के डेटा केंद्रों तक—में उच्च-थ्रूपुट, सटीक प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी को सक्षम बनाता है, जो सटीकता से समझौता किए बिना AlphaFold2 की तुलना में 131 गुना तक तेज़ इन्फरेंस (inference) प्राप्त करता है।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि एडीज एजिप्टी (Aedes aegypti) मच्छर टाइप I और टाइप II पाइरेथ्रॉइड्स के प्रति प्रतिरोध विकसित करने के लिए विशिष्ट, सांद्रता-निर्भर ट्रांसक्रिप्टोमिक रणनीतियों का उपयोग करते हैं, जो परमथ्रिन के लिए क्यूटिकल मोटा होने और चयापचय विषहरण (metabolic detoxification) से लेकर लैम्ब्डा-साइहेलोथ्रिन के लिए माइटोकॉन्ड्रियल और ऑक्सीडेटिव तनाव अनुकूलन तक विस्तृत हैं, जो वेक्टर नियंत्रण कार्यक्रमों में कीटनाशी के प्रकार और खुराक दोनों पर विचार करने की आवश्यकता को रेखांकित करते हैं।
यह शोध पत्र stMCP को प्रस्तुत करता है, जो एक मॉडल कॉन्टेक्स्ट प्रोटोकॉल फ्रेमवर्क है जो सुलभ, पुनरुत्पादनीय और गोपनीयता-संरक्षित स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (spatial transcriptomics) विश्लेषण को सक्षम बनाता है, जिससे लार्ज लैंग्वेज मॉडल्स को प्राकृतिक भाषा के माध्यम से स्थानीय कम्प्यूटेशनल टूल्स को ऑर्केस्ट्रेट करने की अनुमति मिलती है, जिससे जीवविज्ञानी क्लाउड-आधारित एआई सेवाओं पर विशाल डेटा अपलोड करने की लागत और जोखिमों के बिना स्वतंत्र रूप से जटिल डेटासेट का अन्वेषण करने के लिए सशक्त होते हैं।
यह अध्ययन 10x Genomics Xenium पैनल्स में ऑफ-टारगेट प्रोब बाइंडिंग की पहचान करने और उसे मान्य करने के लिए ऑफ-टारगेट प्रोब ट्रैकर (OPT) टूल को प्रस्तुत करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि इस तरह की गैर-विशिष्ट अंतःक्रियाएं स्थानिक जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल को महत्वपूर्ण रूप से विकृत कर सकती हैं और डेटा की सटीकता से समझौता कर सकती हैं।
यह शोध पत्र आरएनए (RNA) संरचना भविष्यवाणी के लिए हालिया डीप-लर्निंग विधियों का मूल्यांकन करता है और पाता है कि हालांकि वे ज्ञात संरचनाओं के समान आरएनए पर अच्छा प्रदर्शन करते हैं, लेकिन वे नवीन फोल्ड्स (folds) के प्रति सामान्यीकरण करने में संघर्ष करते हैं और वर्तमान में मॉडल चयन के लिए विश्वसनीय सटीकता अनुमानों की कमी रखते हैं।
यह शोध पत्र PROPTIMUS RAPHAN प्रस्तुत करता है, जो एक गणनात्मक रूप से कुशल विधि है जो प्रोटीन संरचनाओं को ओवरलैपिंग उप-संरचनाओं में विभाजित करके उन्हें अनुकूलित करती है ताकि रैखिक स्केलिंग प्राप्त की जा सके और पारंपरिक बाधित अल्फा-कार्बन अनुकूलन के तुलनीय परिणाम काफी कम समय में प्राप्त किए जा सकें।
यह शोध पत्र scprocess को प्रस्तुत करता है, जो एक Snakemake-आधारित पाइपलाइन है जिसे विशेष रूप से 10x Genomics प्लेटफॉर्म से प्राप्त एटलस-स्केल सिंगल-सेल RNA सीक्वेंसिंग डेटा के प्रसंस्करण, एकीकरण और विज़ुअलाइज़ेशन को स्वचालित, मानकीकृत करने और उसकी पुनरुत्पादकता सुनिश्चित करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।