bioinformatics पेपर

Robust Random Forests for Genomic Prediction: Challenges and Remedies

यह शोध पत्र जीनोमिक भविष्यवाणी में रिस्पॉन्स कंटैमिनेशन (प्रतिक्रिया संदूषण) के विरुद्ध रैंडम फॉरेस्ट को सुदृढ़ बनाने की रणनीतियों का मूल्यांकन करता है, जिसमें यह पाया गया है कि डेटा ट्रांसफॉर्मेशन और रैंकिंग-आधारित दृष्टिकोण शोर वाले ब्रीडिंग डेटासेट में लेटेंट सिग्नल (सुप्त संकेतों) को पुनः प्राप्त करने के लिए सबसे प्रभावी उपचार प्रदान करते हैं, जबकि यह सलाह दी गई है कि स्वच्छ डेटा के लिए मानक मॉडल ही बेहतर रहते हैं।

Lourenco, V. M., Ogutu, J. O., Piepho, H.-P.2026-04-01

💻 bioinformatics

Accurate detection of mosaic mutations at short tandem repeats from bulk sequencing data

यह शोधपत्र BulkMonSTR का परिचय देता है, जो एक कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क है जो बल्क सीक्वेंसिंग डेटा में वास्तविक मोज़ेक शॉर्ट टैंडम रिपीट उत्परिवर्तनों (mutations) को सीक्वेंसिंग शोर और जर्मलाइन वेरिएंट से सटीक रूप से पहचानने और अलग करने के लिए STR-विशिष्ट त्रुटि मॉडलिंग को मशीन लर्निंग के साथ जोड़ता है, जो विविध नमूना प्रकारों में मौजूदा विधियों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Wang, W., Li, W., Wang, C., Fan, W., Xia, Y., Yang, X., Chu, C., Dou, Y.2026-04-01

💻 bioinformatics

Explainable protein-protein binding affinity prediction via fine-tuning protein language models

यह शोध पत्र एक स्केलेबल, व्याख्यात्मक और डेटा-कुशल ढांचे को प्रस्तुत करता है जो फाइन-ट्यून किए गए प्रोटीन लैंग्वेज मॉडल्स का उपयोग करके मीट्रिक लर्निंग कार्य के रूप में प्रोटीन-प्रोटीन बाइंडिंग एफिनिटी प्रेडिक्शन को पुनर्गठित करता है, जो बिना किसी 3D स्ट्रक्चरल इनपुट की आवश्यकता के केवल अनुक्रम (sequence) से अत्याधुनिक प्रदर्शन प्राप्त करता है।

Singh, H., SINGH, R. K., Srivastava, S. P., Pradhan, S., Gorantla, R.2026-04-01

💻 bioinformatics

IMMREP25: Unseen Peptides

IMMREP25 बेंचमार्क यह प्रदर्शित करता है कि संरचनात्मक मॉडलिंग (structural modeling) को शामिल करने से अनदेखे पेप्टाइड्स के लिए TCR:pMHC बाइंडिंग के पूर्वानुमान में महत्वपूर्ण प्रगति होती है, जो 0.60 का macro-AUC_0.1 प्राप्त करता है और ऐसे डेटा पर पिछले रैंडम-गेसिंग प्रदर्शन की तुलना में एक उल्लेखनीय सुधार को चिह्नित करता है।

Richardson, E., Aarts, Y. J. M., Altin, J. A., Baakman, C. A. B., Bradley, P., Chen, B., Clifford, J., Dhar, M., Diepenb (…)2026-04-01

💻 bioinformatics

Inferring circadian phases and quantifying biological desynchrony across single-cell transcriptomes

यह शोध पत्र scRitmo को प्रस्तुत करता है, जो एक संभाव्य ढांचा (probabilistic framework) है जो विविध ऊतकों, जीवों और प्रयोगात्मक स्थितियों में तकनीकी शोर से अलग करके जैविक विसंगति (biological desynchrony) को परिमाणित करते हुए, एकल-कोशिका सर्कैडियन चरणों का सटीक रूप से अनुमान लगाता है।

Salati, A., Paychere, Y., Hahaut, V., Gobet, C., Naef, F.2026-04-01

💻 bioinformatics

An Integrated Computational-Experimental Strategy For the Prediction of Small Molecules as GLP-1R Agonists

यह अध्ययन एक एकीकृत कम्प्यूटेशनल-प्रायोगिक ढांचे को प्रस्तुत करता है जिसने विविध GLP-1R एगोनिस्ट उम्मीदवारों की सफलतापूर्वक पहचान की है, जिसमें पेंटापेप्टाइड DPDPE शामिल है, जो पूर्ण एगोनिज्म और दोहरी GLP-1R/GIPR गतिविधि प्रदर्शित करता है, जिससे लचीले GPCR लक्ष्यों के विरुद्ध विविध केमोटाइप वाले उपचारात्मकों की खोज के लिए एक सुदृढ़ रणनीति स्थापित होती है।

Murcia Garcia, E., Tian, N., Alonso Fernandez, J. R., Cai, X., Yang, D., Hernandez Morante, J. J., Perez Sanchez, H.2026-04-01

💻 bioinformatics

The human pangenome reference reduces ancestry-related biases in somatic mutation detection

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि ग्राफ-आधारित मानव पैनजीनोम संदर्भ का उपयोग करना पारंपरिक रैखिक संदर्भ जीनोम की तुलना में संदर्भ पूर्वाग्रह और जर्मलाइन संदूषण को कम करके, विशेष रूप से पूर्वी एशियाई मूल के व्यक्तियों के लिए, दैहिक उत्परिवर्तन (सोमैटिक म्यूटेशन) का पता लगाने की सटीकता और परिशुद्धता में महत्वपूर्ण सुधार करता है।

Pham, C. V. K., Abdelmalek, F. S. A., Hua, T., Apel, E., Bizjak, A., Schmidt, E. J., Houlahan, K. E.2026-04-01

💻 bioinformatics

emb2dis: a novel protein disorder prediction tool based on ResNets, dilated convolutions & protein language models

यह शोध पत्र emb2dis को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन डीप लर्निंग टूल है जो प्रोटीन डिसऑर्डर की सटीक भविष्यवाणी करने के लिए प्रोटीन लैंग्वेज मॉडल्स को रेजिडुअल नेटवर्क्स और डाइलेटेड कॉन्वोल्यूशन के साथ जोड़ता है, जो CAID3 बेंचमार्क में शीर्ष रैंकिंग प्राप्त करता है और एक निःशुल्क सुलभ वेब इंटरफेस प्रदान करता है।

Duarte, S. A., Mehdiabadi, M., Bugnon, L. A., Aspromonte, M. C., Piovesan, D., Milone, D. H., Tosatto, S., Stegmayer, G.2026-04-01

💻 bioinformatics

VicMAG, an open-source tool for visualizing circular metagenome-assembled genomes highlighting bacterial virulence and antimicrobial resistance

लेखक VicMAG प्रस्तुत करते हैं, जो एक ओपन-सोर्स विज़ुअलाइज़ेशन टूल है जिसे सर्कुलर मेटाजीनोम-असेंबल किए गए जीनोम (cMAGs) को विरुलेंस कारकों, एंटीमाइक्रोबियल रेजिस्टेंस जीन और मोबाइल जेनेटिक एलीमेंट्स के एनोटेशन के साथ व्यापक रूप से प्रदर्शित करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, जिससे नैदानिक और पर्यावरणीय सेटिंग्स में बैक्टीरिया रोगजनकों के प्रसार की समग्र निगरानी को सुगम बनाया जा सके।

Tsuda, Y., Tanizawa, Y., Vu, T. M. H., Nishimura, Y., Shintani, M., Abe, H., Hasebe, F., Kasuga, I., Nagao, M., Suzuki (…)2026-04-01

💻 bioinformatics

Baktfold: Sensitive protein functional annotation across the microbial tree of life using structural information

Baktfold एक नया, अत्यंत संवेदनशील और टैक्सॉन-स्वतंत्र कमांड-लाइन टूल है जो मौजूदा तरीकों जैसे कि Bakta और Prokka की तुलना में, Foldseek और ProstT5 के माध्यम से प्रोटीन संरचना की जानकारी का लाभ उठाकर माइक्रोबियल ट्री ऑफ लाइफ के काल्पनिक प्रोटीनों के कार्यात्मक एनोटेशन में महत्वपूर्ण सुधार करता है।

Bouras, G., Lim, S. w., Durr, L., Vreugde, S., Goesmann, A., Edwards, R. A., Schwengers, O.2026-04-01

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