1211 पेपर
यह शोध पत्र evedesign को प्रस्तुत करता है, जो एक एकीकृत ओपन-सोर्स फ्रेमवर्क और वेब इंटरफेस है जो लचीले, विधि-निरपेक्ष और पुनरावृत्ति वाले बहु-उद्देश्यीय बायो-सीक्वेंस डिजाइन वर्कफ़्लो को सक्षम करके प्रोटीन इंजीनियरिंग में वर्तमान सीमाओं को दूर करता है, जो विशेषज्ञों और गैर-विशेषज्ञों दोनों के लिए सुलभ है।
StrucTTY एक स्व-निहित, टर्मिनल-नेटिव टूल है जो केवल टेक्स्ट-आधारित वातावरण के भीतर प्रोटीन संरचनाओं के वास्तविक समय में, संवादात्मक विज़ुअलाइज़ेशन और तुलनात्मक विश्लेषण को सक्षम बनाता है, जो टर्मिनल-आधारित संरचनात्मक जीव विज्ञान वर्कफ़्लो में एक महत्वपूर्ण अंतर को संबोधित करता है।
यह अध्ययन एक संरचना-निर्देशित कार्यप्रवाह प्रस्तुत करता है जिसने प्रोटीन डेटा बैंक में 1,513 साइटोक्रोम P450 जमा (deposits) की सफलतापूर्वक पहचान, वर्गीकरण और नामकरण का मानकीकरण किया है, जिसके परिणामस्वरूप इन एंजाइमों की पहली कठोरता से क्यूरेट की गई, संरचना-लिंक्ड रजिस्ट्री प्राप्त हुई है।
यह शोध पत्र SELFormerMM को प्रस्तुत करता है, जो एक मल्टीमॉडल फ्रेमवर्क है जो ड्रग डिस्कवरी के लिए बेहतर आणविक प्रतिनिधित्व (molecular representations) उत्पन्न करने हेतु SELFIES, स्ट्रक्चरल ग्राफ्स, टेक्स्टुअल विवरण और नॉलेज ग्राफ डेटा को एकीकृत करता है, जो विभिन्न प्रॉपर्टी प्रेडिक्शन कार्यों में मौजूदा यूनिमोडल मॉडल्स से बेहतर प्रदर्शन करता है।
यह शोध पत्र सुपर ब्लूम फ़िल्टर (Super Bloom Filter) को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन संस्करण है जो बायोइन्फॉर्मेटिक्स अनुप्रयोगों में स्ट्रीमिंग k-mer प्रश्नों के लिए कैश लोकैलिटी (cache locality) में सुधार करने, मेमोरी ट्रांसफर को कम करने और फॉल्स पॉजिटिव्स (false positives) को न्यूनतम करने के लिए मिनीमाइज़र-आधारित सुपर-k-mer ग्रुपिंग को फाइंड-रे (findere) योजना के साथ जोड़ता है।
PhyloRNA एक क्यूरेटेड मेटा-डेटाबेस है जो RNA द्वितीयक संरचनाओं को व्यापक फाइलोजेनेटिक एनोटेशन और संरचनात्मक डिस्क्रिप्टर्स के साथ जोड़ता है, जिससे RNA अणुओं के बड़े पैमाने पर तुलनात्मक और विकासवादी विश्लेषण सक्षम होते हैं।
RiboBA एक नवीन बायस-अवेयर (bias-aware) संभाव्य ढांचा है जो प्रोटोकॉल-प्रेरित आर्टिफैक्ट्स को स्पष्ट रूप से मॉडल और ठीक करके विभिन्न राइबोसोम प्रोफाइलिंग प्रोटोकॉल में गैर-कैनोनिकल ओपन रीडिंग फ्रेम्स की सुदृढ़ पहचान में सुधार करता है, जिससे मौजूदा तरीकों की तुलना में बेहतर सटीकता और संवेदनशीलता प्राप्त होती है।
यह अध्ययन एक एआई-संचालित निर्णय-सहायता उपकरण प्रस्तुत करता है जो गंभीर परिणामों से जुड़े डिस्बायोटिक माइक्रोबियल हस्ताक्षरों की पहचान करके कोविड-19 रोगियों को सटीक रूप से ट्राइएज करने के लिए श्वसन माइक्रोबायोम प्रोफाइल और मशीन लर्निंग, विशेष रूप से एक्सजीबूस्ट (XGBoost) का उपयोग करता है।
यह शोधपत्र DOTSeq प्रस्तुत करता है, जो एक व्यापक सांख्यिकीय ढांचा है जो बल्क और सिंगल-सेल राइबोसोम प्रोफाइलिंग प्रयोगों में विभेदक ORF उपयोग और अनुवाद दक्षता (ट्रांसलेशन एफिशिएंसी) का जीनोम-व्यापी पता लगाने में सक्षम बनाता है, जो ORF स्तर पर ट्रांसलेशनल कंट्रोल घटनाओं को उजागर करने के लिए जीन-स्तरीय विश्लेषण की सीमाओं को दूर करता है।
यह शोध पत्र हितधारक समीक्षा और एक बड़े डेटासेट पर परीक्षण के माध्यम से एक विज्ञान-आधारित रूब्रिक विकसित और मान्य करके न्यूक्लिक एसिड संश्लेषण में "चिंताजनक अनुक्रमों" (sequences of concern) की एक मानकीकृत परिभाषा की कमी को संबोधित करता है, जो वर्गीकरण संबंधी विवादों को काफी कम करता है और भविष्य के जैव-सुरक्षा स्क्रीनिंग मानकों के लिए एक ठोस आधार प्रदान करता है।