💻 जैव सूचना विज्ञान

Non-consensus flanking sequence of hundreds of base pairs around in vivo binding sites: statistical beacons for transcription factor scanning

यह अध्ययन प्रकट करता है कि इन विवो (in vivo) ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर बाइंडिंग साइट्स लगातार एक विस्तृत (1000–1500 bp) उच्च GC सामग्री और विशिष्ट अनुक्रम विकृतियों वाले क्षेत्र से घिरी होती हैं, जो यह सुझाव देती हैं कि ये गैर-सहमति वाले पार्श्व अनुक्रम (non-consensus flanking sequences) लक्ष्य पहचान के लिए एक मोटे स्कैनिंग तंत्र (coarse scanning mechanism) को सुगम बनाने हेतु सांख्यिकीय संकेतों (statistical beacons) के रूप में कार्य करते हैं।

Faltejskova, K., Sulc, J., Vondrasek, J.2026-03-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

Generating Hybrid Proteins with the MSA-Transformer

यह शोध पत्र एक स्टोकेस्टिक, पुनरावृत्ति ढांचे (iterative framework) को प्रस्तुत करता है जो MSA-Transformer, बीम सर्च और स्पार्स ऑटोएनकोडर का लाभ उठाते हुए जैविक रूप से प्रशंसनीय हाइब्रिड प्रोटीन उत्पन्न करता है जो अलग-अलग स्रोत और लक्ष्य अनुक्रमों से कार्यात्मक और संरचनात्मक विशेषताओं को सफलतापूर्वक एकीकृत करते हैं।

Tule, S., Davis, S., Koludarov, I., Mora, A., Boden, M.2026-03-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

Bridging the gap between genome-wide association studies and network medicine with GNExT

यह शोध पत्र GNExT को प्रस्तुत करता है, जो एक स्केलेबल वेब-आधारित प्लेटफॉर्म है जो MAGMA और Drugst.One जैसे उपकरणों को एकीकृत करके जीनोम-वाइड एसोसिएशन स्टडीज और नेटवर्क मेडिसिन के बीच के अंतर को पाटता है ताकि जेनेटिक वेरिएंट डेटा को रोग तंत्र खनन (disease mechanism mining) और ड्रग रिपर्पजिंग के लिए सुसंगत नेटवर्क मॉड्यूल में परिवर्तित किया जा सके।

Arend, L., Woller, F., Rehor, B., Emmert, D., Frasnelli, J., Fuchsberger, C., Blumenthal, D. B., List, M.2026-03-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

scProfiterole: Clustering of Single-Cell Proteomic DataUsing Graph Contrastive Learning via Spectral Filters

यह शोध पत्र scProfiterole प्रस्तुत करता है, जो एक कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क है जो शोर वाले सिंगल-सेल प्रोटिओमिक डेटा में सेल प्रकार की पहचान की मजबूती और सटीकता को बढ़ाने के लिए ग्राफ कंट्रास्टिव लर्निंग प्रतिमान के भीतर स्पेक्ट्रल ग्राफ फिल्टर के बहुपद इंटरपोलेशन (polynomial interpolations) को लागू करने हेतु अर्नोल्डी ऑर्थोनॉर्मलाइजेशन (Arnoldi orthonormalization) का लाभ उठाता है।

Coskun, M., Lopes, F. B., Kubilay Tolunay, P., Chance, M. R., Koyuturk, M.2026-03-10
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AQuA2-Cloud: a web platform for fluorescence bioimaging activity analysis

AQuA2-Cloud एक क्लाउड-नेटिव वेब प्लेटफॉर्म है जो मूल AQuA2 सॉफ्टवेयर की कम्प्यूटेशनल और लाइसेंसिंग सीमाओं को दूर करते हुए, बिना MATLAB की आवश्यकता के मानक वेब ब्राउज़र के माध्यम से सुलभ, मल्टी-यूज़र और उच्च-सटीक स्पैटियोटेम्पोरल फ्लोरोसेंस बायोइमेजिंग विश्लेषण को सक्षम बनाता है।

Bright, M., Mi, X., Duarte, D., Carey, E., Lyu, B., Wang, Y., Nimmerjahn, A., Yu, G.2026-03-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

Measuring Amorphous Motion: Application of Optical Flow to Three-Dimensional Fluorescence Microscopy Images

यह शोध पत्र OpticalFlow3D को प्रस्तुत करता है, जो एक सुलभ पायथन (Python) और मैटलैब (MATLAB) टूल है जो ऑब्जेक्ट सेगमेंटेशन की आवश्यकता के बिना जटिल, अमोर्फस जैविक गति का मात्रात्मक विश्लेषण करने के लिए 3D फ्लोरोसेंस माइक्रोस्कोपी छवियों पर ऑप्टिकल फ्लो लागू करता है, जिससे विभिन्न पैमानों पर नए जैविक अंतर्दृष्टि की सुविधा मिलती है।

Lee, R. M., Eisenman, L. R., Hobson, C., Aaron, J. S., Chew, T.-L.2026-03-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

Automatic Generation of Model Sequences for Complex Regions in Assembly Graphs

यह शोधपत्र ट्रिवियल टेंगल ट्रैवर्सर (TTT) को प्रस्तुत करता है, जो एक स्वचालित एल्गोरिदम है जो कवरेज की गहराई और रीड अलाइनमेंट डेटा को संयोजित करके अनुकूलित, साक्ष्य-आधारित अनुक्रम ट्रैवर्सल उत्पन्न करता है, जिससे जीनोम अनुक्रमण में जटिल असेंबली ग्राफ टेंगल (tangles) का समाधान होता है, और इस प्रकार श्रम-साध्य मैनुअल क्यूरेशन की आवश्यकता को समाप्त किया जाता है।

Antipov, D., Chen, Y., Sollitto, M., Phillippy, A. M., Formenti, G., Koren, S.2026-03-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

In silico analysis of the human titin protein (Immunoglobulin-like, fibronectin type III, and Protein kinase domains) as a potential forensic marker for postmortem interval (PMI) estimation

यह अध्ययन मानव टिटिन के इम्युनोग्लोबुलिन-लाइक, फाइब्रोनेक्टिन टाइप III, और प्रोटीन काइनेज डोमेन का पहला इन सिलिको विश्लेषण प्रस्तुत करता है, जो उनकी विभेदी स्थिरता को प्रकट करता है और उन्हें मृत्यु उपरांत अंतराल अनुमान के लिए संभावित बहु-डोमेन बायोमार्कर के रूप में प्रस्तावित करता है।

Gill, M. U., Akhtar, M.2026-03-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

DIA-NN EasyFilter workflow for the fast and user-friendly critical assessment and visualization of DIA-NN proteomics analysis outcome

प्रोग्रामिंग कौशल के बिना DIA-NN के संकुचित (compressed) PARQUET आउटपुट की जांच करने की कठिनाई को दूर करने के लिए, लेखकों ने DIA-NN EasyFilter (DEF) विकसित किया है, जो एक तेज़ और उपयोगकर्ता के अनुकूल KNIME-आधारित वर्कफ़्लो है जो गैर-कोडरों के लिए व्यापक प्रोटीन फ़िल्टरिंग, गुणवत्ता मूल्यांकन और इंटरैक्टिव विज़ुअलाइज़ेशन को सक्षम बनाता है।

Moagi, M. G., Thatiana, F. F., Kristof, E. K., Arda, A. G., Arianti, R., Horvatovich, P., Csosz, E.2026-03-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

NanoVI: a Bayesian variational inference Nextflow pipelinefor species-level taxonomic classification from full-length16S rRNA Nanopore reads

NanoVI एक ओपन-सोर्स Nextflow पाइपलाइन है जो फुल-लेंथ 16S rRNA नैनोपोर रीड्स के सटीक, अनिश्चितता-मात्रांकित प्रजाति-स्तरीय टैक्सोनोमिक वर्गीकरण को करने के लिए बेयसियन वेरिएशनल इन्फरेंस का उपयोग करती है, जो मौजूदा EM-आधारित टूल्स की तुलना में तेज़ निष्पादन और कम फाल्स पॉजिटिव प्रदान करती है।

Curiqueo, C., Fuentes-Santander, F., Ugalde, J. A.2026-03-10