329 पेपर
यह शोध पत्र ValDX को प्रस्तुत करता है, जो एक कठोर सत्यापन ढांचा (validation framework) है जो अनिश्चितता परिमाणीकरण (uncertainty quantification) और "वर्क डन" (Work Done) मेट्रिक्स का उपयोग करके संरचनात्मक परिकल्पनाओं का मजबूती से परीक्षण करने और प्रोटीन गतिशीलता का अनुमान लगाने के माध्यम से वर्तमान HDX-MS एन्सेम्बल-फिटिंग विधियों की सीमाओं को दूर करता है।
यह शोध पत्र प्रोटीनों को अनस्ट्रक्चर करने (unstructuring) के लिए एक कम्प्यूटेशनल कार्यप्रणाली प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि अनस्ट्रक्चरिंग के प्रति संवेदनशीलता फोल्ड टोपोलॉजी के अनुसार भिन्न होती है, जिसमें अल्फा-हेलिकल संरचनाएं अधिक सुदृढ़ सिद्ध होती हैं और यह प्रक्रिया आमतौर पर उजागर श्रृंखला टर्मिनी (exposed chain termini) से शुरू होती है।
प्रायोगिक मापों को एक पतली-फिल्म विस्तार-प्रवाह (extensional-flow) गणितीय मॉडल के साथ संयोजित करके, यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि अगर (agar) घनत्व में वृद्धि पोषक तत्वों के अवशोषण को बाधित करती है और बायोफिल्म-सबस्ट्रेट आसंजन (biofilm-substratum adhesion) को बढ़ाती है, जिसमें बाद वाले को *Saccharomyces cerevisiae* कॉलोनी बायोफिल्म विकास में परिवर्तनों को संचालित करने वाले सबसे सुसंगत कारक के रूप में पहचाना गया है।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि मानव श्वसन मार्ग में म्यूकोसिलियरी क्लीयरेंस (mucociliary clearance) की दक्षता श्लेष्म (mucus) के बल्क रियोलॉजिकल गुणों द्वारा नहीं, बल्कि सिलिया-म्यूकस इंटरफेस पर एक पतली तरल परत के जलयोजन (hydration) द्वारा नियंत्रित होती है, जो परिवहन विफलता को समझने और चिकित्सीय एजेंटों के परीक्षण के लिए एक नया ढांचा प्रदान करती है।
यह शोध पत्र SURFER को प्रस्तुत करता है, जो UCSF ChimeraX के लिए एक हल्का, GPU-त्वरित विस्तार (extension) है जो मेम्ब्रेन प्रोटीन संरचनाओं के स्पष्ट विश्लेषण और रिपोर्टिंग को सुगम बनाने के लिए क्रायो-ईएम (cryo-EM) मैप्स से मेम्ब्रेन या मेम्ब्रेन मिमिक डेंसिटीज़ के तीव्र, संवादात्मक विभाजन (segmentation) और चयनात्मक घटाव (subtraction) को सक्षम बनाता है।
ऑप्टिकल ट्वीज़र्स और संरचनात्मक विश्लेषण का उपयोग करते हुए, यह अध्ययन प्रकट करता है कि XPD हेलिकेज़ क्षति-विशिष्ट गतिकी प्रदर्शित करता है और डीएनए संशोधनों के प्रति संवेदनशील दो संरचनात्मक क्षेत्रों की पहचान करता है, जिससे यह स्पष्ट होता है कि यह एंजाइम न्यूक्लियोटाइड एक्सिशन रिपेयर के दौरान साइक्लोब्यूटेन पाइरिमिडीन डाइमर जैसे घावों को कैसे महसूस करता है और उन पर प्रतिक्रिया करता है।
फास्ट MAS NMR स्पेक्ट्रोस्कोपी से पता चलता है कि ALS और FTD से जुड़े GGGGCC RNA रिपीट जेल जैसे एग्रीगेट्स (aggregates) बनाते हैं जिनमें G-क्वाड्रुप्लेक्स और डबल-स्ट्रैंडेड संरचनाएं दोनों मौजूद होती हैं, और उनकी सापेक्ष प्रचुरता डाइवैलेंट केशन या न्यूक्लियर एक्सट्रैक्ट की उपस्थिति के आधार पर गतिशील रूप से बदलती रहती है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि 34 THz पर अति-सूक्ष्म, आवृत्ति-विशिष्ट मध्य-अवरक्त प्रकाश के संपर्क में आने से न्यूक्लिक एसिड और माइटोकॉन्ड्रियल फॉस्फोलिपिड्स में अनुनादी अवशोषण के माध्यम से कोशिकीय दक्षता बढ़ाकर *Caenorhabditis elegans* की जीवन अवधि महत्वपूर्ण रूप से बढ़ जाती है, जिससे एक गैर-जैव रासायनिक, भौतिक रणनीति के रूप में प्रणालीगत एंटी-एजिंग (वृद्धावस्था-रोधी) स्थापित होती है।
मॉलिक्यूलर डायनेमिक्स सिमुलेशन, सिंगल-मॉलिक्यूल FRET और सेल सिग्नलिंग एसेज़ को एकीकृत करते हुए, यह अध्ययन प्रकट करता है कि एंडो-मेम्ब्रेन-लोकललाइज्ड GTPase Rheb की मेम्ब्रेन ओरिएंटेशन डायनेमिक्स mTORC1 सक्रियण को विनियमित करने के लिए महत्वपूर्ण है, जो यह प्रदर्शित करता है कि ओरिएंटेशनल ट्रांजिशन लिपिड-मॉडिफाइड स्मॉल GTPases के लिए एक कार्यात्मक नियंत्रण तंत्र के रूप में कार्य करते हैं।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि जहाँ एन्सेम्बल प्रयोगों में RNA i-motifs तटस्थ pH पर वैश्विक रूप से अनफोल्डेड (unfolded) होते हैं, वहीं सिंगल-मॉलिक्यूल तकनीकें फोल्डेड संरचनाओं की एक छोटी लेकिन संभावित रूप से जैविक रूप से महत्वपूर्ण आबादी का पता लगाती हैं, जो कोशिकीय वातावरण में उनकी संभावित प्रासंगिकता का सुझाव देती हैं।