biophysics पेपर

Benchmarking AI-generated structural ensembles of membrane proteins against physics-based modelling

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि AI-आधारित टूल BioEmu, GlpG जैसे मेम्ब्रेन प्रोटीन के लिए संभावित कन्फर्मेशनल एन्सेम्बल्स को कुशलतापूर्वक उत्पन्न कर सकता है, जो पारंपरिक मॉलिक्यूलर डायनेमिक्स सिमुलेशन की तुलना में बहुत कम कम्प्यूटेशनल लागत पर दुर्लभ अवस्थाओं और लचीले डोमेन को कैप्चर करता है, हालांकि यह भौतिकी-आधारित मॉडलिंग में देखे गए संपूर्ण परिदृश्य को पूरी तरह से प्रतिरूपित नहीं करता है।

Clifton, B. R., Grieve, A. G., Corey, R. A.2026-08-09

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Propagation electrodynamics and differential conduction of action potentials in geometrically branched squid giant axons

यह अध्ययन एक युग्मित मैक्सवेल-विद्युत चुम्बकीय केबल ढांचे को प्रस्तुत करता है जो यह प्रदर्शित करने के लिए FDTD समाधानों को विस्तारित झिल्ली गतिकी के साथ एकीकृत करता है कि शास्त्रीय अर्ध-स्थैतिक मॉडल विद्युत चुम्बकीय प्रभावों को काफी कम करके आंकते हैं, जिससे यह प्रकट होता है कि चुंबकीय प्रेरण और विस्थापन धाराएं ज्यामितीय रूप से शाखित न्यूरोनल संरचनाओं में एक्शन पोटेंशियलल प्रसार की गति, द्विभाजन संचरण निष्ठा और प्रतिबाधा मिलान को महत्वपूर्ण रूप से परिवर्तित करती हैं।

Liu, X., Fang, W., Perlin, K.2026-08-07

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Incidental conformational switching in an allosteric enzyme

यह अध्ययन यह प्रदर्शित करके शास्त्रीय दो-अवस्था वाले एलोस्टेरिक प्रतिमान को चुनौती देता है कि यीस्ट कोरिज़मेट म्यूटेज (yeast chorismate mutase) में, T और R अवस्थाओं के बीच वैश्विक विन्यास परिवर्तन (global conformational switching) उत्प्रेरक गतिविधि के लिए आकस्मिक है, जो इसके बजाय ग्राउंड-स्टेट एन्सेम्बल (ground-state ensemble) की स्थानीय विशेषताओं द्वारा शासित होता है।

Sapienza, P. J., Vera-Rodriguez, D. J., Mileur, T. R., Lee, A. L.2026-08-07

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Conservation and divergence in the allosteric architectures of five human protein kinases

पाँच मानव काइनेज (kinases) के माध्यम से 160,000 वेरिएंट्स का मानचित्रण करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि जबकि कुछ एलोस्टेरिक साइट्स संरक्षित हैं, प्रत्येक काइनेज में विशिष्ट कार्यात्मक माध्यमिक साइटों के साथ एक अद्वितीय और विविध ऊर्जात्मक संरचना (energetic architecture) होती है, जो विशिष्ट चिकित्सीय अवरोधकों (inhibitors) और सक्रियकर्ताओं (activators) को विकसित करने के नए अवसर प्रदान करती है।

Folgado, C., Beltran, A., Lehner, B.2026-08-07

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Transient interdomain interactions shape the conformational ensemble governing RNA recognition by the tandem RRMs of Sex-lethal

यह अध्ययन प्रकट करता है कि सेक्स-लेथल प्रोटीन के टैंडम RRMs द्वारा RNA की पहचान एक सूक्ष्म रूप से संतुलित, गतिशील संरचनात्मक समूह (कन्फॉर्मेशनल एनसेम्बल) द्वारा नियंत्रित होती है जो क्षणिक अंतर-डोमेन अंतःक्रियाओं द्वारा आकार लेती है, जहाँ इस संतुलन को किसी भी दिशा में विचलित करने वाले व्यवधान बाइंडिंग आत्मीयता और अनुक्रम चयनात्मकता दोनों से समझौता करते हैं।

Meyer, J., Schweimer, K., Matzner, P., Yoshida, S., Lomoschitz, A., Augsten, S., Simon, B., Chen, P.-c., Hennig, J.2026-08-07

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Valency-Limited Molecular Dynamics Simulations of Stickers-and-Spacers Polymers Reveal a Tradeoff Between Condensation and Organization

यह अध्ययन एक वैलेंसी-लिमिटेड स्टिकर्स-एंड-स्पेसर्स मॉडल के जीपीयू-त्वरित आणविक गतिकी सिमुलेशन का उपयोग करके यह प्रदर्शित करता है कि जबकि विषम गैर-विशिष्ट स्पैसर इंटरैक्शन बायोमॉलिकुलर कंडेंसेशन को बढ़ावा देते हैं, वे साथ ही बनने वाले कंडेंसेट्स के आंतरिक संगठन और संरचनात्मक सुदृढ़ता को बाधित करते हैं, जो चरण पृथक्करण (फेज सेपरेशन) और संरचनात्मक व्यवस्था के बीच एक मौलिक ट्रेड-ऑफ को प्रकट करता है।

Zhang, Y., Sood, A., Athreya, A., Zhang, B.2026-08-06

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Thermodynamic Profiling of Glucose Translocation in POPC embedded GLUT-4 protein models

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि जहाँ एक ओर AlphaFold-पूर्वानुमानित GLUT4 मॉडल ग्लूकोज ट्रांसलोकेशन के सटीक ऊष्मप्रवैगिकी प्रोफाइलिंग के लिए आवश्यक संरचनात्मक लचीलेपन और जलयोजन गतिकी को पकड़ने में विफल रहते हैं, वहीं मूल Cryo-EM संरचनाएं एक कार्यात्मक प्रोलाइन हिंज तंत्र को प्रकट करती हैं जो एलोस्टेरिक गेटिंग के लिए आवश्यक है और जो कठोर AI-जनित आर्किटेक्चर में बाधित हो जाता है।

S, G., Das, S., Lobo, A., Rahul, C. N., Gideon, D. A.2026-08-06

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Structural divergence in protein evolution of a photoreceptor family undetected by AlphaFold is observed by high sensitivity FT-IR spectroscopy

यह अध्ययन प्रकट करता है कि उच्च-संवेदनशीलता वाला FT-IR स्पेक्ट्रोस्कोपी फोटोएक्टिव येलो प्रोटीन परिवार के सदस्यों और उनके पुनर्जीवित पूर्वजों में महत्वपूर्ण माध्यमिक संरचनात्मक विचलन का पता लगाता है जिसे अल्फाफोल्ड (AlphaFold) अनुमान लगाने में विफल रहा, जो उच्च अनुक्रम समानता के बावजूद विकासवादी संरचनात्मक परिवर्तनों को पकड़ने में एआई (AI) मॉडल की एक गंभीर सीमा को रेखांकित करता है।

Dohmen, R. L., Hoogerwerf, G., Xie, A., Hoff, W. D.2026-08-06

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Conformational changes underlying electromechanical transduction in prestin resemble a transport transition in pendrin

यह अध्ययन यह प्रकट करने के लिए कि प्रेस्टिन का इलेक्ट्रोमैकेनिकल ट्रांसडक्शन उन संरचनात्मक परिवर्तनों और आयन-बाइंडिंग तंत्रों में शामिल है जो आयन सुलभता और संक्रमण गति में अंतर के बावजूद, संबंधित SLC26 परिवार के सदस्य पेंड्रिन के परिवहन चक्र के समानांतर चलते हैं, मल्टी-माइक्रोसेकंड आणविक गतिशीलता सिमुलेशन और क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी को जोड़ता है।

Zhang, C., Mariadasse, R., Yang, J., Bai, J.-P., Santos-Sacchi, J., Navaratnam, D. S., Beckstein, O.2026-08-05

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Blind Recognition Reveals Early Multiphase IL-1ra Aggregation

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि एक ब्लाइंड, थ्री-गेट पदानुक्रमित गोम्पर्ट्ज़ प्रक्रिया (three-gate hierarchical Gompertz procedure) मानव IL-1ra टर्बिडिटी ट्रेस में 5 मिलीग्राम/मिलीलीटर जितने कम प्रोटीन सांद्रता पर भी प्रारंभिक बहु-चरणीय एकत्रीकरण (multiphase aggregation) का पता लगा सकती है, जो किसी भी दर या एग्रीगेट-मास डेटा के परिचय से पूर्व ही विशिष्ट गतिज घटनाओं (kinetic events) को प्रकट करती है।

Raibekas, A.2026-08-04

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