genomics पेपर | Gist.Science

A Highly Contiguous Reference Genome for Scalesia gordilloi (Asteraceae), a Critically Endangered Plant Endemic to the Galapagos Islands

यह अध्ययन ऑक्सफोर्ड नैनोपोर सीक्वेंसिंग के माध्यम से निर्मित, गंभीर रूप से लुप्तप्राय गैलापागोस स्थानिक *स्केलेसिया गोर्डिलोई* (*Scalesia gordilloi*) के लिए पहले उच्च-गुणवत्ता वाले, अत्यधिक निरंतर संदर्भ जीनोम को प्रस्तुत करता है, ताकि *स्केलेसिया* रेडिएशन के भीतर संरक्षण जीनोमिक्स और तुलनात्मक विकासवादी अध्ययनों के लिए एक आधारभूत संसाधन स्थापित किया जा सके।

Pozo, G., Rivas-Torres, G., Velez-Darquea, E., Barragan-Orbe, D., Torres, M. d. L.2026-06-29

🧬 genomics

Visualizing Interchromosomal Interactions at Sub-Megabase Resolution Using Network Clustering Coefficients

यह शोध पत्र ग्राफ-सैद्धांतिक मेट्रिक्स, विशेष रूप से उत्कृष्ट $\Delta$ C4 डिस्क्रिप्टर का उपयोग करने वाले एक नेटवर्क-आधारित ढांचे को प्रस्तुत करता है, जो Hi-C डेटा से सब-मेगाबेस इंटरक्रोमोसोमल इंटरैक्शन को विज़ुअलाइज़ और विश्लेषित करता है, जिससे साझा इंटरैक्शन हॉटस्पॉट और विशिष्ट नियामक पैच का पता चलता है जो क्रोमोसोमों को परमाणु आवरण (न्यूक्लियर एनवेलप) के सापेक्ष व्यवस्थित करते हैं।

Xu, Y., Anderson, I. J., McCord, R. P., Shen, T.2026-06-26

🧬 genomics

Gene model for the ortholog of DENR in Drosophila eugracilis

यह शोध पत्र *Drosophila eugracilis* में डेंसिटी रेगुलेटेड प्रोटीन (DENR) ऑर्थोलॉग के लिए एक जीन मॉडल प्रस्तुत करता है, जिसे *Drosophila* वंश में इंसुलिन/इंसुलिन जैसा ग्रोथ फैक्टर सिग्नलिंग पाथवे के विकास का अध्ययन करने के लिए जीनोमिक्स एजुकेशन पार्टनरशिप प्रोजेक्ट के हिस्से के रूप में अभिलक्षित किया गया था।

Lawson, M. E., Sanow, K. A., Martinand, I., Fratian, M., Matura, M., Rele, C. P., Reed, L. K., Thompson, J. S., O'Rourke (…)2026-06-26

🧬 genomics

Quantifying evolutionary novelty and design efficiency in generative genome design

यह शोध पत्र विकासवादी नवीनता (evolutionary novelty) और डिज़ाइन दक्षता (design efficiency) के बीच अंतर करके जनरेटिव जीनोम डिज़ाइन में जैव-सुरक्षा जोखिमों का आकलन करने के लिए एक रूपरेखा प्रस्तावित करता है, जिसमें यह पाया गया है कि हालांकि Evo 2 मॉडल सक्षम बैक्टीरियोफेज जीनोम के निर्माण में महत्वपूर्ण सुधार करता है, इसके आउटपुट प्राकृतिक अनुक्रमों के काफी करीब बने रहते हैं, जो 'डी नोवो' (de novo) खतरे के निर्माण के लिए केवल कम से मध्यम जैव-सुरक्षा संबंधी चिंताओं का सुझाव देते हैं।

Black, J. R., Maiwald, A., Pannu, J., Crook, O.2026-06-19

🧬 genomics

Long-term isolation and introgression shape the genomic distinctiveness of Rice's Whale

यह अध्ययन प्रकट करता है कि राइस की व्हेल, जो दुनिया की सबसे लुप्तप्राय बेलिन व्हेलों में से एक है, मेक्सिको की खाड़ी में दसियों हज़ार वर्षों से एक छोटी, अलग आबादी के रूप में टिकी हुई है, जिसमें ब्रूड्स व्हेल से एक हालिया अंतःप्रवेश (इंट्रोग्रेशन) की घटना हुई है, फिर भी जब तक तत्काल प्रबंधन संबंधी कार्रवाई जनसंख्या वृद्धि को बढ़ावा नहीं देती, तब तक इसे इनब्रीडिंग और जीनोमिक क्षरण के कारण भविष्य में विलुप्ति के उच्च जोखिम का सामना करना पड़ रहा है।

Aguilar-Gomez, D., Robinson, J. A., Kyriazis, C. C., Kenfield, M., Nigenda-Morales, S., Vollmer, N. L., Wilcox Talbot, L (…)2026-06-19

🧬 genomics

Hi-C data from the filamentous fungus Podospora anserina and associated 3D models to visualize the spatial organization of its chromosomes

यह शोध पत्र फिलामेंटस फंगस (तंतुमय कवक) *Podospora anserina* के लिए पहले Hi-C डेटासेट और संबंधित बहु-रिज़ॉल्यूशन 3D मॉडल प्रस्तुत करता है, जो इसके गुणसूत्र स्थानिक संगठन को देखने और मौजूदा ओमिक्स डेटा के साथ एकीकृत करने के लिए एक महत्वपूर्ण संसाधन प्रदान करता है।

Royer, G., Gualdoni, A., Poulain, P., Dumetz, F., Ponts, N., Grognet, P., Malagnac, F., Lelandais, G.2026-06-18

🧬 genomics

Single-nucleus multiomic analysis reveals modulation of the gene regulatory circuit landscape in pituitary cell types during mouse estrous cycle.

यह अध्ययन एस्ट्रस चक्र (estrous cycle) के दौरान 1,00,000 से अधिक माउस पिट्यूटरी नाभिकों (mouse pituitary nuclei) के सिंगल-न्यूक्लियस मल्टीओमिक विश्लेषण का उपयोग करता है ताकि चरण-विशिष्ट ट्रांसक्रिप्शनल और एपिजेनेटिक रीमॉडलिंग को मैप किया जा सके, जो गतिशील जीन नियामक सर्किट—विशेष रूप से गोनाडोट्रोप्स में एक ETS2-संचालित तंत्र—को प्रकट करता है जो सेलुलर अवस्था संक्रमण और हार्मोन जीन अभिव्यक्ति को नियंत्रित करते हैं।

Zhang, Z., Cheng, W. S., Jin, Y., Ongaro, L., Smith, G. R., Pincas, H., Mendelev, N., Strupinsky, G., Alonso, C. A. I. (…)2026-06-17

🧬 genomics

Relational biological structure improves fine-mapping of causal GWAS variants under weak signal

यह शोध पत्र पदानुक्रमित विश्वास प्रसार (Hierarchical Belief Propagation - HBP) और ग्राफ-संवर्धित फाइन-मैपिंग (Graph-Augmented Fine-Mapping - GAFM) को प्रस्तुत करता है, जो संदेश पासिंग (message passing) के माध्यम से संबंधपरक जैविक संरचनाओं का लाभ उठाते हैं ताकि सटीकता और गति में मौजूदा बेयसियन फाइन-मैपिंग उपकरणों को महत्वपूर्ण रूप से पीछे छोड़ सकें, विशेष रूप से कमजोर संकेतों के तहत और विविध प्रजातियों में कारण वेरिएंट्स (causal variants) को हल करने के लिए।

Estaji, E., Zhao, S.-W., Chen, Z.-Y., Nie, S., Mao, J.-F.2026-06-15

🧬 genomics

Long-read single-cell genomics: resolving chimeras in multiple displacement amplification

यह अध्ययन lrSAGA को प्रस्तुत करता है, जो एक विशिष्ट असेंबली टूल है जो एकल कोशिकाओं के मल्टीपल डिस्प्लेसमेंट एम्प्लीफिकेशन (MDA) में अंतर्निहित उच्च काइमेरा दरों और कवरेज पूर्वाग्रहों को प्रभावी ढंग से कम करता है, जिससे विविध अनकल्टिवेटेड सूक्ष्मजीव यूकेरियोट्स के लिए सटीक, उच्च-गुणवत्ता वाले लॉन्ग-रीड जीनोम असेंबली का निर्माण सक्षम होता है।

McGowan, J., Lipscombe, J., Kilias, E. S., Barker, T., Catchpole, L., Durrant, A., Irish, N., McTaggart, S., Warring, S. (…)2026-06-15

🧬 genomics

A novel High-Throughput Ligase-Independent Mapping method to detect Viral Integration Sites

यह शोध पत्र टर्मिनल मैपिंग (Terminal Mapping) को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन उच्च-थ्रूपुट, लाइगेज-स्वतंत्र विधि है जो वायरल एकीकरण स्थलों (viral integration sites) का पता लगाने में पारंपरिक तकनीकों से बेहतर प्रदर्शन करती है, क्योंकि यह होस्ट-इन्सर्ट जंक्शनों को प्रोफाइल करने के लिए लीनियर एम्प्लीफिकेशन और पॉली-ए टेलिंग को जोड़ती है जिससे बेहतर मजबूती और कम पूर्वाग्रह प्राप्त होता है।

Kabi, M., Anreiter, I., Filion, G. J.2026-06-15

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