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212 व्यक्तियों के लॉन्ग-रीड सीक्वेंसिंग के साथ लगभग पूर्ण द्विगुणित जीनोम असेंबली को एकीकृत करके, यह अध्ययन एक व्यापक एटलस का निर्माण करता है जो यह प्रकट करता है कि गुणसूत्रों के सिरों पर अद्वितीय, वंशानुगत टेलोमेर वेरिएंट रिपीट (TVR) कोड क्रोमैटिन संगठन को प्रभावित करते हैं और मानव जर्मलाइन में दुर्लभ टेलोमेरेज-स्वतंत्र टेलोमेर विस्तार तंत्रों को सुगम बनाते हैं।
यह शोध पत्र GENERator-v2 को प्रस्तुत करता है, जो ऑटोरेग्रेसिव जीनोमिक फाउंडेशन मॉडल्स का एक परिवार है, जो फैक्टरइज़्ड न्यूक्लियोटाइड सुपरविज़न और जीन-केंद्रित जीनोम कम्प्रेशन प्रीट्रेनिंग के माध्यम से कुशल k-mer टोकनाइज़ेशन को सटीक पर्यवेक्षण के साथ सामंजस्य बिठाकर 98k बेस पेयर संदर्भों पर स्केलेबल, सिंगल-न्यूक्लियोटाइड रिज़ॉल्यूशन प्राप्त करता है।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि हिस्टोन H3K27 मिथाइलेशन पैटर्न डीएनए प्रतिकृति के बाद एक क्रमिक, चरणबद्ध मिथाइलेशन प्रक्रिया के माध्यम से चक्रण करने वाली कोशिकाओं में निष्ठापूर्वक बनाए रखे जाते हैं, जो एक ऐसा तंत्र है जो विशेष रूप से प्रारंभिक S-फेज के दौरान विकासात्मक रूप से शांत किए गए जीनों की प्लास्टिसिटी को संरक्षित करने के लिए अत्यंत महत्वपूर्ण है।
यह अध्ययन जीनोम-व्यापी ट्रांसक्रिप्शन आरंभ (transcription initiation) को मैप करके एस्ट्रोसाइट सूजन संबंधी प्रतिक्रियाओं के कोशिका-विशिष्ट नियामक तर्क (cell type-specific regulatory logic) को परिभाषित करता है, जिससे यह प्रकट होता है कि कैसे वंश-प्रतिबंधित (lineage-restricted) और सूजन संबंधी ट्रांसक्रिप्शन कारक विशिष्ट एन्हांसर परिदृश्यों पर सहयोग करते हैं ताकि उद्दीपन-निर्भर जीन अभिव्यक्ति को संचालित किया जा सके, जो इन तंत्रों को मानव तंत्रिका संबंधी रोग संवेदनशीलता से जोड़ता है।
यह अध्ययन अनकल्टिवेटेड एसिडिमिक्रोबायल्स (Acidimicrobiales) बैक्टीरिया के एक विशिष्ट क्लैड में एक नवीन सेंस-टू-सेंस (sense-to-sense) कोडन पुनर्रचना की पहचान और सत्यापन करता है, जहाँ ACA कोडन, जो आमतौर पर थ्रोनिन को एनकोड करता है, को एस्पार्टेट को एनकोड करने के लिए पुनरुद्देश्यित किया गया है।
यह शोध पत्र एक डेटा-संचालित बायोफिजिकल फ्रेमवर्क प्रस्तावित करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि एक विशिष्ट जीन एंसेम्बल एक जीनोमिक मैक्सवेल के डेमन और स्व-संगठित क्रिटिकैलिटी कंट्रोलर के रूप में कार्य करता है, जो एंट्रॉपी-सूचना प्रवाह को यांत्रिक कार्य के साथ जोड़कर कैंसर कोशिका नियति प्रतिबद्धता को संचालित करता है और महत्वपूर्ण संक्रमणों को चलाने तथा हस्तक्षेप के लिए समय-गेटेड नियम स्थापित करने के लिए कार्य करता है।
यह अध्ययन 1,00,000 से अधिक GWAS का व्यवस्थित रूप से विश्लेषण करता है ताकि यह प्रदर्शित किया जा सके कि जहाँ प्रोटीन-परिवर्तित वेरिएंट चिकित्सीय सफलता की दृढ़ता से भविष्यवाणी करते हैं, वहीं इस साक्ष्य को जीन प्लीओट्रॉपी (2-5 लक्षणों को प्रभावित करने वाले) के मध्यम स्तरों के साथ संयोजित करना प्रभावकारिता और जीव-स्तरीय सुरक्षा के बीच संतुलन बनाकर औषधि खोज को अनुकूलित करता है, जिससे एक उच्च-संभावना वाली प्रोफ़ाइल की पहचान होती है जो पहले से ही अनेक स्वीकृत उपचारों द्वारा प्रमाणित है।
यह अध्ययन स्थापित करता है कि मानव एंडोजेनस रेट्रोवायरस (HERVs), विशिष्ट आरएनए-बाइंडिंग प्रोटीन मोटिफ्स को समाहित करके, हजारों लॉन्ग नॉन-कोडिंग आरएनए में योगदान देकर और अद्वितीय एंटीसेंस कॉन्फ़िगरेशन बनाकर, आरएनए नियामक आर्किटेक्चर के व्यापक, परिवार-विशिष्ट निर्माण खंडों के रूप में कार्य करते हैं जो पोस्ट-ट्रांसक्रिप्शनल जीन विनियमन और प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं को प्रभावित करते हैं।
MethylBench, GIAB और मानव नमूनों का उपयोग करके छह डीएनए मिथाइलेशन प्रोफाइलिंग प्रौद्योगिकियों का एक व्यापक क्रॉस-प्लेटफ़ॉर्म बेंचमार्क प्रदान करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि जबकि अनुक्रमण-आधारित (sequencing-based) विधियाँ बेहतर जीनोम-व्यापी कवरेज प्रदान करती हैं और लॉन्ग-रीड प्लेटफ़ॉर्म फेज़िंग (phasing) को सक्षम करते हैं, सभी विधियाँ कवरेज और एनोटेशन की अतिरेकता (redundancies) को उचित रूप से संबोधित करने पर प्रमोटरों और इंट्रॉन्स में सुदृढ़ एपिजेनेटिक हॉटस्पॉट को लगातार पहचानती हैं।
लेखक CoCUT&Tag पेश करते हैं, जो लिंक्ड क्रोमैटिन अवस्थाओं को मैप करने के लिए एक सिंगल-मॉलिक्यूल, सिंगल-सेल विधि है, और इसे मानव हेमेटोपोइसिस (hematopoiesis) में बाइवेलेंट क्रोमैटिन यह प्रदर्शित करने के लिए लागू करते हैं कि यह एक विशिष्ट नियामक वर्ग को परिभाषित करता है जो एन्हांसर डिमांड में वृद्धि और अधिमान्य डीरेप्रेशन (derepression) के माध्यम से जीन अभिव्यक्ति को बढ़ाता है।