309 पेपर
यह शोध पत्र HERVarium को प्रस्तुत करता है, जो एक व्यापक संवादात्मक डेटाबेस है जो 4,00,000 से अधिक मानव एंडोजेनस रेट्रोवायरस LTRs की प्रोटीन-डोमेन संरचना और नियामक परिदृश्य को व्यवस्थित रूप से एनोटेट करता है, जो मानव जीनोम में विशिष्ट कार्यात्मक विशेषज्ञता और संरचनात्मक संरक्षण पैटर्न को प्रकट करता है।
यह अध्ययन स्वस्थ वयस्क और बाल चिकित्सा मानव यकृत में जीन अभिव्यक्ति का एक विस्तृत, उप-कोशिकीय रिज़ॉल्यूशन वाला मानचित्र उत्पन्न करने के लिए विज़ियम एचडी (Visium HD) उच्च-रिज़ॉल्यूशन स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स का उपयोग करता है, जो स्थानिक रूप से विशिष्ट कोशिकीय विषमता को प्रकट करता है और रोग संबंधी हस्ताक्षरों एवं चिकित्सीय लक्ष्यों की पहचान करने के लिए एक मूल्यवान संसाधन प्रदान करता है।
पूर्णतः फेज़्ड टेलोमेयर-टू-टेलोमेयर वंशावली असेंबली और सेल-फेट ट्रांजिशन के दौरान मेल खाते लॉन्ग-रीड एपिजीनोम्स का लाभ उठाते हुए, यह अध्ययन प्रकट करता है कि जबकि मानव सेंट्रोमेरिक डिप क्षेत्र पीढ़ियों और विभेदन (डिफरेंशिएशन) के दौरान स्थितिगत स्थिरता बनाए रखते हैं, उनका एपिजेनेटिक आर्किटेक्चर उल्लेखनीय प्लास्टिसिटी प्रदर्शित करता है, जो पुनर्गठन (रीप्रोग्रामिंग) और विभेदन के दौरान गतिशील मिथाइलेशन परिवर्तनों, एक्स-क्रोमोसोम की स्थिति से अलगाव, और डी नोव म्यूटेशन के एक विशिष्ट पैटर्न द्वारा अभिलक्षित है जो सेंट्रोमेरिक क्षेत्रों में समृद्ध हैं लेकिन कार्यात्मक कोर के भीतर कम हैं।
यह अध्ययन 19 लीशमानिया प्रजातियों में आरएनए-बाइंडिंग प्रोटीन का एक व्यापक तुलनात्मक एटलस स्थापित करता है, जो एक संरक्षित नियामक कोर, वंश-विशिष्ट अनुकूलन और विशिष्ट आरएनए संशोधन तंत्र को प्रकट करता है, जबकि विशेष रूप से इन प्रोटीनों को जीवन-चरण संक्रमणों, तनाव प्रतिक्रियाओं और एल. ब्राजीलिएन्सिस में एंटीमनी दवा प्रतिरोध तंत्र से जोड़ता है।
यह अध्ययन *डिजिटालिस पर्पुरिया* (*Digitalis purpurea*) के एक उच्च-गुणवत्ता वाले लॉन्ग-रीड जीनोम अनुक्रम को प्रस्तुत करता है जो इसके फूल के रंग की भिन्नता के अंतर्निहित आणविक तंत्रों को स्पष्ट करता है, जो एंथोसायनिडिन सिंथेज़ जीन में एक विच्छेदात्मक प्रविष्टि (disruptive insertion) के कारण होता है, और इसकी टर्मिनल पुष्प आकृति विज्ञान को स्पष्ट करता है, जो *DpTFL1/CEN* जीन में एक बड़ी प्रविष्टि द्वारा संचालित होता है।
यह अध्ययन यह प्रकट करता है कि एलील-विशिष्ट अल्टरनेटिव पॉलीएडेनाइलेशन (asAPA), नॉनकोडिंग जेनेटिक वेरिएंट और अल्जाइमर रोग के जोखिम के बीच एक महत्वपूर्ण यांत्रिक कड़ी के रूप में कार्य करता है, यह प्रदर्शित करते हुए कि कैसे FMRP जैसे आरएनए-बाइंडिंग प्रोटीन 3' UTR के उपयोग को नियंत्रित करते हैं, जिसमें विशिष्ट asAPA घटनाएँ अल्जाइमर के मस्तिष्क में स्थिति-विशिष्ट बदलाव दिखाती हैं और कई न्यूरोडेवलपमेंटल एवं न्यूरोडीजेनेरेटिव विकारों के लिए जेनेटिक रिस्क लोकी के साथ महत्वपूर्ण ओवरलैप प्रदर्शित करती हैं।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि HP1 की कमी और TGFβ सक्रियण मानव स्तन उपकला कोशिकाओं (human mammary epithelial cells) के 3D जीनोम संगठन पर विरोधी प्रभाव डालते हैं, जहाँ HP1 की हानि सक्रिय क्रोमैटिन कंपार्टमेंट की ओर बदलाव और ऑन्कोजेनिक जीन के अपरेगुलेशन (upregulation) को प्रेरित करती है, जबकि TGFβ क्रोमैटिन संकुचन और निष्क्रिय कंपार्टमेंट को बढ़ावा देता है, जो सामूहिक रूप से यह उजागर करता है कि कैसे ये विपरीत संरचनात्मक परिवर्तन स्तन कैंसर के विकास में योगदान करते हैं।
ARSENAL एक शॉर्ट-कॉन्टेक्स्ट डीएनए लैंग्वेज मॉडल है जिसे एक नवीन मोटिफ-डिस्कवरी रेगुलराइज़र के साथ समृद्ध नियामक डेटा पर प्रशिक्षित किया गया है जो मोटिफ रिकवरी, ज़ीरो-शॉट रेगुलेटरी वेरिएंट प्रेडिक्शन और क्रोमैटिन एक्सेसिबिलिटी मॉडलिंग में मौजूदा मॉडलों से बेहतर प्रदर्शन करता है।
शॉटगन मेटाजीनोमिक्स और सिंगल-सेल सीक्वेंसिंग को संयोजित करते हुए, यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि सेफ्टियोफर प्रशासन और ई. कोलाई (E. coli) इनोक्यूलेशन बछड़े के मल के माइक्रोबायोम को महत्वपूर्ण रूप से पुनर्गठित करते हैं, जो सूक्ष्मजीव विविधता, पोषण संबंधी टैक्स और एंटीमाइक्रोबियल प्रतिरोध जीन के प्रसार में बदलाव लाते हैं।
शोधकर्ताओं ने मौजूदा जीनोमिक डेटा अंतराल को दूर करने और इस पारिस्थितिक और आर्थिक रूप से महत्वपूर्ण प्रजाति के अध्ययन में सहायता करने के लिए बेरिंग सागर पैसिफिक हेरिंग (*Clupea pallasii*) के लिए एक उच्च-गुणवत्ता वाला, गुणसूत्र-स्तरीय संदर्भ जीनोम तैयार किया है।