414 पेपर
यह शोध पत्र वेरिएंट स्थितियों को मास्क करके एटलस-स्केल सिंगल-सेल डीएनए मिथिलोम प्रोफाइलिंग में जीनोटाइप-संचालित पूर्वाग्रह को कम करने की एक रणनीति प्रस्तुत करता है, जो प्रभावी रूप से डोनर-संबंधित कन्फाउंडिंग प्रभावों को कम करता है और पूल्ड प्रयोगात्मक डिजाइनों में डाउनस्ट्रीम विश्लेषणों की सटीकता में सुधार करता है।
यह शोध पत्र cit_gsa को प्रस्तुत करता है, जो सिंगल-सेल आरएनए-सीक्वेंसिंग (scRNA-seq) के लिए एक नवीन एक-चरणीय स्व-निहित जीन सेट विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण विधि है जो जटिल बहु-स्थिति तुलनाओं और सहचर समायोजन (covariate adjustment) का समर्थन करती है, और मौजूदा दो-चरणीय दृष्टिकोणों की तुलना में बेहतर प्रदर्शन और बेहतर जैविक व्याख्या प्रदर्शित करती है।
यह अध्ययन उच्च-गुणवत्ता वाले ट्रुथ सेट्स के विरुद्ध शॉर्ट-रीड होल जीनोम सीक्वेंसिंग स्ट्रक्चरल वेरिएंट कॉलर्स का बेंचमार्किंग करता है, जो यह प्रकट करता है कि व्यक्तिगत उपकरण अक्सर एन्सेम्बल पाइपलाइनों से बेहतर प्रदर्शन करते हैं और यह प्रदर्शित करता है कि एक नवीन इंट्रा-सैंपल मर्जिंग रणनीति सटीकता में महत्वपूर्ण सुधार करती है, जिससे एसवी (SV) विश्लेषण और डेटाबेस निर्माण में सुदृढ़ मानकों के लिए एक आधार स्थापित होता है।
प्रजाति-विशिष्ट विश्लेषण से पता चलता है कि स्प्लिसियोसोमल snRNA जीन में असामान्य रूप से उच्च जर्मलाइन उत्परिवर्तन दर मुख्य रूप से केवल R-लूप गठन के बजाय वंश-विशिष्ट APOBEC3 गतिविधि द्वारा संचालित होती है, जैसा कि प्राइमेट्स में मजबूत उत्परिवर्तन हस्ताक्षरों और बाइंडिंग संकेतों द्वारा प्रमाणित होता है लेकिन कृंतियों या मुर्गों में नहीं।
यह अध्ययन *RBFOX1* प्रमोटर में एक मानव-विशिष्ट CCG-रिपीट इंसर्शन की पहचान करता है जो EGR1-रिस्पॉन्सिव गतिविधि को बढ़ाता है और कॉर्टिकल न्यूरॉन्स में विभेदक अभिव्यक्ति को संचालित करता है, जो यह सुझाव देता है कि इस प्रकार के छोटे नियामक वेरिएंट भाषण और ऑटिज्म की संवेदनशीलता जैसे मानव-विशिष्ट गुणों में योगदान करते हैं।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि केराटोकोनस (keratoconus) एक ऐसी आनुवंशिक संवेदनशीलता द्वारा संचालित होता है जो कॉर्नियल मोटाई और प्रतिरोध के साथ साझा की जाती है और विशेष रूप से बाह्यकोशिकीय मैट्रिक्स (extracellular matrix) यांत्रिकी को लक्षित करती है, जिसके परिणामस्वरूप एक विशिष्ट कॉर्नियल अवस्था उत्पन्न होती है जो कम सूजन संबंधी और तत्काल-प्रारंभिक जीन अभिव्यक्ति (immediate-early gene expression) द्वारा लक्षित होती है।
यह अध्ययन आक्रामक मिर्च थ्रिप्स, *Scirtothrips dorsalis* का पहला गुणसूत्र-स्तर का जीनोम असेंबली प्रस्तुत करता है, जो 16 स्कैफोल्ड्स, 20,557 जीन और एक हल किए गए प्रजाति वृक्ष के साथ 266.5 Mb का संदर्भ प्रदान करता है जो इसके फाइलोजेनेटिक संबंधों और माइटोकॉन्ड्रियल जीनोम संरचना को स्पष्ट करता है।
यह अध्ययन व्यायाम के प्रति अक्षमता से जुड़े विशिष्ट कोशिकीय और आणविक पुनर्निर्माण हस्ताक्षरों की पहचान करने के लिए हार्ट फेलियर विद प्रिजर्व्ड इजेक्शन फ्रैक्शन (HFpEF) के रोगियों के कंकाल की मांसपेशियों के बायोप्सी पर सिंगल-न्यूक्लियस मल्टी-ओमिक्स का उपयोग करता है और प्रदर्शित करता है कि ये रोग संबंधी परिवर्तन पर्यवेक्षित आहार और व्यायाम हस्तक्षेपों के माध्यम से आंशिक रूप से उत्क्रमणीय हैं।
ऑक्सफोर्ड नैनोपोर लॉन्ग-रीड सीक्वेंसिंग को 'एपिफ्लेयर' (EpiFLAIR) नामक एक नवीन कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क के साथ एकीकृत करके, यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि संपूर्ण क्रोमैटिन तंतुओं (chromatin fibers) में न्यूक्लियोसोम की स्थिति यीस्ट (yeast) में ट्रांसक्रिप्शनल फिडेलिटी और वैकल्पिक आइसोफॉर्म अभिव्यक्ति को समन्वित करती है, जो यह प्रकट करता है कि कैसे क्रोमैटिन रिमॉडलर्स ISW1 और CHD1 की हानि, प्रमोटर और जीन-बॉडी एक्सेसिबिलिटी के बीच एंटीकोरिलेशन को बाधित कर ट्रांसक्रिप्शन इनीशिएशन, एलोंगेशन और स्प्लिसिंग को बदल देती है।
यह अध्ययन जीनोमिक अनुक्रमण (genomic sequencing) का उपयोग यह प्रकट करने के लिए करता है कि उत्तरी ऑस्ट्रेलिया और न्यू कैलेडोनिया में सह-अस्तित्व वाली तीन समुद्री सांप प्रजातियां प्रमुख व्यापक स्तर के आनुवंशिक अवरोधों और ऐतिहासिक जुड़ाव के पैटर्न को साझा करती हैं, जबकि वे अलग-थलग पड़े रीफ और विच्छिन्न आबादी में प्रजाति-विशिष्ट अलगाव-दूरी (isolation-by-distance) और विशिष्ट आनुवंशिक प्रोफाइल भी प्रदर्शित करती हैं, जिससे साझा फाइलोजियोग्राफिक इकाइयों के साथ-साथ सूक्ष्म-स्तरीय जनसंख्या संबंधी विचारों पर आधारित एक संरक्षण रणनीति को समर्थन मिलता है।