309 पेपर
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि स्तनधारी प्लेसेंटा फेनोटाइप (placental phenotypes) माइक्रोआरएनए (microRNA) repertoires से अत्यधिक पूर्वानुमेय हैं, जो यह प्रकट करता है कि जटिल प्लेसेंटा संरचनाओं का अभिसारी विकास (convergent evolution) संरक्षित miRNA नियामक नेटवर्क द्वारा मध्यस्थ विशिष्ट, प्रतिलिपि योग्य आनुवंशिक पथों तक सीमित है।
यह अध्ययन ऑक्सफोर्ड नैनोपोर सीक्वेंसिंग के माध्यम से निर्मित, गंभीर रूप से लुप्तप्राय गैलापागोस स्थानिक *स्केलेसिया गोर्डिलोई* (*Scalesia gordilloi*) के लिए पहले उच्च-गुणवत्ता वाले, अत्यधिक निरंतर संदर्भ जीनोम को प्रस्तुत करता है, ताकि *स्केलेसिया* रेडिएशन के भीतर संरक्षण जीनोमिक्स और तुलनात्मक विकासवादी अध्ययनों के लिए एक आधारभूत संसाधन स्थापित किया जा सके।
यह शोध पत्र ग्राफ-सैद्धांतिक मेट्रिक्स, विशेष रूप से उत्कृष्ट C4 डिस्क्रिप्टर का उपयोग करने वाले एक नेटवर्क-आधारित ढांचे को प्रस्तुत करता है, जो Hi-C डेटा से सब-मेगाबेस इंटरक्रोमोसोमल इंटरैक्शन को विज़ुअलाइज़ और विश्लेषित करता है, जिससे साझा इंटरैक्शन हॉटस्पॉट और विशिष्ट नियामक पैच का पता चलता है जो क्रोमोसोमों को परमाणु आवरण (न्यूक्लियर एनवेलप) के सापेक्ष व्यवस्थित करते हैं।
यह शोध पत्र *Drosophila eugracilis* में डेंसिटी रेगुलेटेड प्रोटीन (DENR) ऑर्थोलॉग के लिए एक जीन मॉडल प्रस्तुत करता है, जिसे *Drosophila* वंश में इंसुलिन/इंसुलिन जैसा ग्रोथ फैक्टर सिग्नलिंग पाथवे के विकास का अध्ययन करने के लिए जीनोमिक्स एजुकेशन पार्टनरशिप प्रोजेक्ट के हिस्से के रूप में अभिलक्षित किया गया था।
यह शोध पत्र विकासवादी नवीनता (evolutionary novelty) और डिज़ाइन दक्षता (design efficiency) के बीच अंतर करके जनरेटिव जीनोम डिज़ाइन में जैव-सुरक्षा जोखिमों का आकलन करने के लिए एक रूपरेखा प्रस्तावित करता है, जिसमें यह पाया गया है कि हालांकि Evo 2 मॉडल सक्षम बैक्टीरियोफेज जीनोम के निर्माण में महत्वपूर्ण सुधार करता है, इसके आउटपुट प्राकृतिक अनुक्रमों के काफी करीब बने रहते हैं, जो 'डी नोवो' (de novo) खतरे के निर्माण के लिए केवल कम से मध्यम जैव-सुरक्षा संबंधी चिंताओं का सुझाव देते हैं।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि राइस की व्हेल, जो दुनिया की सबसे लुप्तप्राय बेलिन व्हेलों में से एक है, मेक्सिको की खाड़ी में दसियों हज़ार वर्षों से एक छोटी, अलग आबादी के रूप में टिकी हुई है, जिसमें ब्रूड्स व्हेल से एक हालिया अंतःप्रवेश (इंट्रोग्रेशन) की घटना हुई है, फिर भी जब तक तत्काल प्रबंधन संबंधी कार्रवाई जनसंख्या वृद्धि को बढ़ावा नहीं देती, तब तक इसे इनब्रीडिंग और जीनोमिक क्षरण के कारण भविष्य में विलुप्ति के उच्च जोखिम का सामना करना पड़ रहा है।
यह शोध पत्र फिलामेंटस फंगस (तंतुमय कवक) *Podospora anserina* के लिए पहले Hi-C डेटासेट और संबंधित बहु-रिज़ॉल्यूशन 3D मॉडल प्रस्तुत करता है, जो इसके गुणसूत्र स्थानिक संगठन को देखने और मौजूदा ओमिक्स डेटा के साथ एकीकृत करने के लिए एक महत्वपूर्ण संसाधन प्रदान करता है।
यह अध्ययन एस्ट्रस चक्र (estrous cycle) के दौरान 1,00,000 से अधिक माउस पिट्यूटरी नाभिकों (mouse pituitary nuclei) के सिंगल-न्यूक्लियस मल्टीओमिक विश्लेषण का उपयोग करता है ताकि चरण-विशिष्ट ट्रांसक्रिप्शनल और एपिजेनेटिक रीमॉडलिंग को मैप किया जा सके, जो गतिशील जीन नियामक सर्किट—विशेष रूप से गोनाडोट्रोप्स में एक ETS2-संचालित तंत्र—को प्रकट करता है जो सेलुलर अवस्था संक्रमण और हार्मोन जीन अभिव्यक्ति को नियंत्रित करते हैं।
यह शोध पत्र पदानुक्रमित विश्वास प्रसार (Hierarchical Belief Propagation - HBP) और ग्राफ-संवर्धित फाइन-मैपिंग (Graph-Augmented Fine-Mapping - GAFM) को प्रस्तुत करता है, जो संदेश पासिंग (message passing) के माध्यम से संबंधपरक जैविक संरचनाओं का लाभ उठाते हैं ताकि सटीकता और गति में मौजूदा बेयसियन फाइन-मैपिंग उपकरणों को महत्वपूर्ण रूप से पीछे छोड़ सकें, विशेष रूप से कमजोर संकेतों के तहत और विविध प्रजातियों में कारण वेरिएंट्स (causal variants) को हल करने के लिए।
यह अध्ययन lrSAGA को प्रस्तुत करता है, जो एक विशिष्ट असेंबली टूल है जो एकल कोशिकाओं के मल्टीपल डिस्प्लेसमेंट एम्प्लीफिकेशन (MDA) में अंतर्निहित उच्च काइमेरा दरों और कवरेज पूर्वाग्रहों को प्रभावी ढंग से कम करता है, जिससे विविध अनकल्टिवेटेड सूक्ष्मजीव यूकेरियोट्स के लिए सटीक, उच्च-गुणवत्ता वाले लॉन्ग-रीड जीनोम असेंबली का निर्माण सक्षम होता है।