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bioinformatics

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La bioinformatica è l'incontro vitale tra biologia e informatica, un campo che trasforma i dati biologici complessi in conoscenza comprensibile. Qui esploriamo come algoritmi e software aiutino gli scienziati a decifrare il codice della vita, dall'analisi del DNA alla scoperta di nuovi farmaci, rendendo accessibili scoperte che altrimenti rimarrebbero confinate in database tecnici.

Su Gist.Science, monitoriamo ogni nuovo preprint inviato da bioRxiv in questa categoria. Per ogni articolo, offriamo una doppia prospettiva: una spiegazione semplice per chiunque sia curioso e un riassunto tecnico dettagliato per i ricercatori. Questo approccio garantisce che le ultime novità scientifiche siano chiare, accurate e immediatamente disponibili.

Di seguito trovate i documenti più recenti pubblicati da bioRxiv nel settore della bioinformatica, pronti per essere esplorati nelle vostre forme più accessibili.

Personalized Morphology, Replication Timing, and RNA based Gene Expression Networks for Basal-like and Classical subtyping genes in Pancreatic Adenocarcinoma

Questo studio presenta la prima integrazione di proxy di tempistica di replicazione e morfologia nelle reti geniche individualizzate LIONESS per il sottotipizzazione del adenocarcinoma pancreatico, dimostrando che tali fattori epigenetici e strutturali migliorano la robustezza della rete e permettono una classificazione accurata dei sottotipi basale e classico con un AUC dell'80%.

Leyva, A., Niazi, M. K. K.2026-03-16💻 bioinformatics

Stoic: Fast and accurate protein stoichiometry prediction

Il paper presenta Stoic, un metodo rapido e accurato che utilizza embedding di modelli linguistici proteici e reti neurali a grafo per prevedere la stechiometria dei complessi proteici identificando direttamente i residui interfacciali, superando così i limiti computazionali degli approcci attuali.

Litvinov, D., Pantolini, L., Skrinjar, P., Tauriello, G., McCafferty, C. L., Engel, B. D., Schwede, T., Durairaj, J.2026-03-16💻 bioinformatics

Introducing non-enzymatic crosslinks into atomistic simulations of collagen fibrils

Gli autori estendono il framework ColBuilder per generare modelli atomistici di fibrille di collagene che incorporano sia legami incrociati enzimatici che non enzimatici (AGE), fornendo parametri compatibili con Amber99 e dimostrando, tramite simulazioni di dinamica molecolare, come i legami AGE influenzino diversamente la risposta meccanica rispetto a quelli enzimatici.

Giannetti, G., Pils, J., Graeter, F., Monego, D., Dellago, C.2026-03-16💻 bioinformatics

Scaling the PBWT for Long-Range Shared Ancestry Detection in Large Haplotype Panels

Il paper introduce PBML, un nuovo algoritmo basato sul PBWT compresso che identifica in modo efficiente e scalabile solo i segmenti di discendenza condivisa biologicamente significativi (SMEMs lunghi e frequenti) in grandi pannelli di aplotipi, superando in velocità e riducendo il rumore computazionale rispetto agli strumenti esistenti.

Islam, U. I., Cozzi, D., Gagie, T., Varki, R., Colonna, V., Garrison, E., Bonizzoni, P., Boucher, C.2026-03-15💻 bioinformatics

Bayesian AMMI-Based Simulation of Genotype x Environment Interactions

Il paper propone un framework di simulazione basato sul modello AMMI bayesiano che, integrando matrici di covarianza ambientale ad alta produttività, genera effetti di interazione genotipo-ambiente con struttura direzionale interpretabile, migliorando così le strategie di selezione genomica in condizioni ambientali complesse.

Lee, H., Segae, V. S., Garcia-Abadillo, J., de Oliveira Bussiman, F., Trujano Chavez, M. Z., Hidalgo, J., Jarquin, D.2026-03-15💻 bioinformatics

Efficient protein structure prediction fromcompact computers to datacenters withOpenFold-TRT

Il documento presenta OpenFold-TRT, un sistema che accelera l'inferenza della struttura proteica fino a 131 volte rispetto ad AlphaFold2 su diverse architetture hardware, mantenendo la stessa accuratezza e consentendo l'uso di strumenti familiari su computer compatti e datacenter.

Didi, K., Sohani, P., Berressem, F., Nesterovskiy, A., Fomitchev, B., Ohannessian, R., Elbalkini, M., Cogan, J., Costa, A. B., Vahdat, A., Kallenborn, F., Schmidt, B., Mirdita, M., Steinegger, M., Dal (…)2026-03-15💻 bioinformatics

Resistance to Pyrethroids in Aedes aegypti: Insights into Transcriptomic Response to Different Insecticide Concentrations Transcriptomic responses of Aedes aegypti to insecticide concentrations

Questo studio rivela che la resistenza di *Aedes aegypti* ai piretroidi è un processo complesso e dipendente dalla concentrazione, in cui permetrina e lambda-cialotrina attivano meccanismi di difesa molecolare distinti che vanno oltre le classiche mutazioni kdr e la detossificazione enzimatica.

Munoz, A. M., Mejia-Jaramillo, A. M., Lowenberger, C., Rodriguez, K. S., Triana-Chavez, O.2026-03-15💻 bioinformatics

stMCP: Spatial Transcriptomics with a Model Context Protocol Server

Il paper presenta stMCP, un framework basato sul protocollo Model Context Protocol che abilita l'analisi di trascrittomica spaziale tramite comandi in linguaggio naturale, garantendo privacy, riducendo i costi e migliorando la riproducibilità senza richiedere l'upload di grandi dataset su modelli linguistici.

Smith, J. J., Wang, X., McPheeters, M., Widjaja-Adhi, M. A., Littleton, S., Saban, D., Golczak, M., Jenkins, M. W.2026-03-14💻 bioinformatics