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La genomica esplora il codice segreto della vita, decifrando come l'informazione genetica plasmi ogni organismo, dalla semplice cellula all'essere umano. Questo campo in rapida evoluzione studia non solo la struttura del DNA, ma anche come le sue variazioni influenzino la salute, le malattie e l'evoluzione stessa, rendendo la biologia moderna più comprensibile e applicabile alla nostra vita quotidiana.
Su Gist.Science, raccogliamo e analizziamo sistematicamente ogni nuovo preprint pubblicato su bioRxiv in questa categoria. Per ogni articolo, offriamo una spiegazione accessibile ai non esperti affiancata a un'analisi tecnica dettagliata, garantendo che le scoperte più recenti siano chiare e disponibili per tutti. Di seguito trovate l'elenco aggiornato dei lavori più recenti in genomica, pronti per essere esplorati.
Gli autori introducono KAS-CUT&Tag, un nuovo metodo che combina la marcatura con N3-ketossalato con CUT&Tag per mappare direttamente le bolle di trascrizione dell'RNA Polimerasi II in vivo, rivelando la loro distinta distribuzione tra i geni e un arricchimento specifico nei geni degli istoni dipendenti dalla replicazione.
Questo articolo presenta SelHap, una pipeline basata sugli aplotipi che seleziona i genomi per l'espansione iterativa del pangenoma mirando esplicitamente a contenuti di sequenza nuovi rispetto a uno sfondo esistente, massimizzando così l'aggiunta di informazioni genetiche non ridondanti in modo più efficace rispetto alle attuali strategie basate sulla diversità.
Questo studio dimostra che affidarsi esclusivamente alla similarità di sequenza per l'identificazione delle famiglie geniche del pangenoma introduce significativi bias nelle inferenze evolutive e raccomanda una strategia in due fasi che combina l'ortologia basata su grafi con il raffinamento della sequenza per garantire risultati accurati.
Questo studio dimostra che il modello di intelligenza artificiale Evo 2 raggiunge un'alta accuratezza nella previsione della patogenicità delle varianti associate alla cardiomiopatia e ne chiarisce i meccanismi molecolari sottostanti identificando caratteristiche strutturali chiave e motivi di legame dei fattori di trascrizione, offrendo uno strumento promettente per la risoluzione delle varianti di significato incerto nella genetica cardiovascolare.
Questo studio utilizza VAST-TOOLS per rivelare che lo splicing disregolato dei microesoni nei tessuti periferici umani (fegato, polmone, rene e colon) funge da firma di un collasso più ampio dell'omeostasi dello splicing cellulare piuttosto che da un driver primario della malattia, compromettendo infine le reti di interazione proteica e contribuendo ai fenotipi delle malattie croniche.
Questo articolo presenta un modello genico per l'ortologo di *Lst8* in *Drosophila yakuba*, caratterizzato nell'ambito di un progetto del Genomics Education Partnership volto a studiare l'evoluzione della via di segnalazione dell'insulina/fattore di crescita insulino-simile nel genere *Drosophila*.
Questa revisione esamina l'evoluzione della genomica dei funghi negli ultimi trent'anni, evidenziando come il sequenziamento a letture lunghe abbia migliorato la qualità dell'assemblaggio, identificando al contempo lacune tassonomiche persistenti e delineando le priorità chiave per realizzare risorse genomiche complete e di alta qualità in tutto il regno fungino.
Questo studio utilizza la profilazione trascrittomica e del microbioma mucosale accoppiata da tessuti intestinali non infiammati di pazienti con malattia di Crohn per rivelare che, sebbene le vie immunitarie e di barriera guidino le associazioni ospite-microbioma a livello intestinale diffuso, l'ileo terminale presenta interazioni distinte e specifiche della regione che coinvolgono vie metaboliche e di mantenimento della barriera non osservate nel colon.
Questo studio genera un atlante trascrittomico isogenico a singola cellula di quattordici mutazioni familiari della malattia di Parkinson per rivelare come difetti genetici diversi convergano su vie mitocondriali, endolisosomiali e di ferroptosi per guidare la degenerazione selettiva dei neuroni dopaminergici, colmando così il divario tra i meccanismi della malattia monogenica e quella sporadica.
Questo studio utilizza una meta-analisi di 13 coorti con deconvoluzione dei tipi cellulari per rivelare firme distintive di metilazione del DNA gliale, identificando cambiamenti legati all'età principalmente negli astrociti prefrontali e alterazioni specifiche della malattia di Alzheimer negli oligodendrociti entorinali.