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La genomica esplora il codice segreto della vita, decifrando come l'informazione genetica plasmi ogni organismo, dalla semplice cellula all'essere umano. Questo campo in rapida evoluzione studia non solo la struttura del DNA, ma anche come le sue variazioni influenzino la salute, le malattie e l'evoluzione stessa, rendendo la biologia moderna più comprensibile e applicabile alla nostra vita quotidiana.
Su Gist.Science, raccogliamo e analizziamo sistematicamente ogni nuovo preprint pubblicato su bioRxiv in questa categoria. Per ogni articolo, offriamo una spiegazione accessibile ai non esperti affiancata a un'analisi tecnica dettagliata, garantendo che le scoperte più recenti siano chiare e disponibili per tutti. Di seguito trovate l'elenco aggiornato dei lavori più recenti in genomica, pronti per essere esplorati.
Gli autori hanno ottimizzato la piattaforma CRISPR iMAP per eliminare i pregiudizi di ricombinazione, permettendo una mappatura sistematica e ad alta risoluzione delle funzioni specifiche dei fattori di modifica dell'RNA in 46 tessuti murini e identificando nuovi bersagli terapeutici per l'immunoterapia tumorale.
Lo studio rivela che l'esposizione acuta all'etanolo induce risposte di poliadenilazione alternativa (APA) altamente dipendenti dal genotipo e dalla popolazione in *Drosophila melanogaster*, con le popolazioni francesi che mostrano prevalentemente un accorciamento dei 3' UTR e quelle zambiane un allungamento, suggerendo che questa plasticità regolatoria specifica della popolazione costituisca un substrato molecolare per l'adattamento genetico.
Questo studio presenta un assemblaggio genomico di livello cromosomico per l'idrozoo coloniale *Podocoryna americana*, ottenuto combinando tecnologie di sequenziamento a lettura lunga e corta, che fornisce una risorsa fondamentale per lo studio dell'evoluzione dello sviluppo, della rigenerazione e dell'allorecognizione nei cnidari.
Questo studio integra dati di ribosoma profiling e sequenziamento RNA diretto da dieci specie di *Saccharomyces* per dimostrare che, sebbene la traduzione degli uORF sia pervasiva, solo un sottoinsieme conservato evoluzionisticamente produce microproteine funzionali sotto selezione purificante, spesso attraverso l'isolamento di isoforme trascrizionali alternative.
Questo articolo presenta il catalogo TRExplorer v1.0, una risorsa completa di 4,86 milioni di ripetizioni tandem e 25.000 cluster di variazione definiti tramite dati di sequenziamento a lettura lunga, progettata per standardizzare le analisi genomiche su larga scala e superare le incompatibilità dei cataloghi precedenti.
Questo studio presenta un atlante completo dei non-canonical ORF (ncORF) nei mammiferi, rivelando attraverso l'analisi di centinaia di librerie di ribosoma che migliaia di questi elementi sono soggetti a vincoli evolutivi, altamente tradotti e funzionalmente integrati nel proteoma.
Il paper introduce GALA, un framework unificato e senza punti di riferimento che utilizza un algoritmo genetico per allineare dati di trascrittomica spaziale di diverse risoluzioni e modalità, superando le distorsioni geometriche e garantendo una maggiore accuratezza ed efficienza rispetto ai metodi esistenti.
Questo studio utilizza il sequenziamento metagenomico a lettura lunga su 11 specie di Peltigerales per rivelare come gli elementi trasponibili, che costituiscono la maggior parte dei loro genomi, abbiano guidato la diversificazione e l'evoluzione della simbiosi lichenaica.
Il documento presenta iCLIP3, un protocollo ottimizzato, non radioattivo e ad alta risoluzione nucleotidica per la mappatura delle interazioni proteina-RNA a partire da piccole quantità di materiale cellulare, che integra miglioramenti come la visualizzazione infrarossa, l'isolamento dell'RNA su colonna di silice e l'indicizzazione duale unica per un flusso di lavoro più rapido e multiplexabile.
Questo studio presenta un framework di apprendimento contrastivo che allinea i profili di espressione genica e le variazioni del numero di copie (CNV) nei dati di RNA-seq a singola cellula per identificare geni cancerosi "discordanti" che mantengono un'espressione stabile nonostante le alterazioni genomiche, rivelando così nuovi bersagli terapeutici e biomarcatori per comportamenti tumorali indipendenti dal dosaggio.