398 articoli
La genomica esplora il codice segreto della vita, decifrando come l'informazione genetica plasmi ogni organismo, dalla semplice cellula all'essere umano. Questo campo in rapida evoluzione studia non solo la struttura del DNA, ma anche come le sue variazioni influenzino la salute, le malattie e l'evoluzione stessa, rendendo la biologia moderna più comprensibile e applicabile alla nostra vita quotidiana.
Su Gist.Science, raccogliamo e analizziamo sistematicamente ogni nuovo preprint pubblicato su bioRxiv in questa categoria. Per ogni articolo, offriamo una spiegazione accessibile ai non esperti affiancata a un'analisi tecnica dettagliata, garantendo che le scoperte più recenti siano chiare e disponibili per tutti. Di seguito trovate l'elenco aggiornato dei lavori più recenti in genomica, pronti per essere esplorati.
Gli autori hanno sviluppato il metodo Nascent CUT&Tag per dimostrare che, dopo la replicazione del DNA, il fattore di trascrizione GAF si ricompre rapidamente sui nuovi cromosomi in modo dipendente dal rimodellamento della cromatina da parte del complesso BAF, mentre il fattore PHO richiede tempi più lunghi per ristabilire il legame.
Questo studio analizza il sequenziamento genomico completo di 440 tumori endometriali per definire come i meccanismi mutazionali endogeni, l'attività di retrotrasposizione e lo stato metabolico dell'ospite plasmino l'architettura genomica e l'evoluzione del carcinoma, rivelando nuove caratteristiche specifiche per sottotipo con implicazioni per la stratificazione del rischio e le terapie.
Questo studio introduce il framework pVEP, che dimostra come il contesto genetico individuale moduli sistematicamente le previsioni degli effetti delle varianti cliniche, rivelando che la stessa mutazione può essere considerata patogena o benigna a seconda del background genetico e sottolineando l'importanza di considerare la diversità genetica per una corretta interpretazione medica.
Questo studio presenta un'assemblaggio genomico cromosomico pseudo-fasato del patogeno della ruggine del caffè *Hemileia vastatrix*, rivelando una trisomia specifica dell'isolato sul cromosoma 17 che potrebbe spiegare i cambiamenti nella virulenza.
Questo studio presenta il primo assemblaggio genomico di alta qualità di *Chaetoceros muelleri*, ottenuto integrando l'ecologia della resurrezione con tecnologie di sequenziamento a lettura lunga, rivelando un'ampia duplicazione genica, una diversificazione funzionale e una significativa plasticità genomica guidata dagli elementi trasponibili.
Lo studio dimostra che il modello linguistico del DNA GROVER, integrando sequenze genomiche e caratteristiche della cromatina, può prevedere con precisione i siti di rottura del doppio filamento di DNA, rivelando che gran parte dei pattern di stabilità genomica è già codificato nella sequenza stessa, sebbene i dati epigenetici siano cruciali per la specificità cellulare.
Questo studio rivela come hub di enhancer, identificati attraverso screening funzionali e mappatura 3D del cromatina, governino la topologia cromatinica e l'identità delle cellule Th17, dimostrando il ruolo cruciale degli elementi non codificanti nel determinare il destino e la funzione delle cellule immunitarie.
Questo studio dimostra che, sebbene il cromosoma X mostri una conservazione evolutiva, le regioni autosomiche a bassa ricombinazione nei mammiferi placentari sono soggette a una forte selezione purificante e conservano i loro "coldspot" ancestrali, mentre le regioni ad alta ricombinazione evolvono più liberamente, rivelando come la selezione naturale influenzi diversamente l'organizzazione cromosomica in relazione all'evoluzione del cariotipo.
Il paper presenta NanoPlasmiQC, un flusso di lavoro automatizzato ed economico basato su letture lunghe Oxford Nanopore che permette il sequenziamento completo e l'analisi dei plasmidi in un giorno, superando i limiti di lunghezza della sequenziazione Sanger.
Lo studio dimostra che la dispersione dell'espressione genica, distinta dalla sua media, è una caratteristica regolata geneticamente che riflette la fedeltà della regolazione e rappresenta un nuovo asse fondamentale per comprendere lo sviluppo, le malattie e i fenotipi cellulari.