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HiFi-ST: High-Fidelity Reconstruction of Continuous Spatial Transcriptomic Expression Fields via Conditional Neural Fields

HiFi-ST introduce un framework di campo neurale condizionale che ricostruisce campi di espressione trascrittomica spaziale continui modellando gli spot come osservazioni regionali e integrando caratteristiche tissutali multiscala, superando così significativamente i metodi esistenti in termini di accuratezza e consentendo analisi a valle avanzate come la caratterizzazione del microambiente tumorale.

Lei Tang, Wenshuai Han, Xiao Yang, Xiaozhou Chen, Huamei Li2026-07-16

🧬 biology

MaEIN2 links ethylene signaling to chlorogenic acid accumulation in mulberry leaves in response to silkworm-feeding

Questo studio dimostra che il componente della segnalazione dell'etilene MaEIN2 media l'accumulo di acido clorogenico indotto dall'erbivoria nelle foglie di gelso, collegando così gli stimoli alimentari del baco da seta al potenziamento della difesa della pianta e supportando potenzialmente lo sviluppo del baco da seta.

Peihong Liu, Qingxin Yao, Guang Yang, Nan Chao, Mengqi Li, Hongyan Lin, Rongjun Fang, Li Liu2026-07-16

🧬 biology

Optimized Gradient Boosting Decision Tree Ensembles for Honeybee Toxicity Prediction Using the ApisTox Dataset

Questo studio dimostra che un insieme di alberi decisionali di boosting del gradiente ottimizzato, arricchito con meta-caratteristiche specifiche del dominio e rappresentazioni molecolari, migliora significativamente l'accuratezza della previsione della tossicità per le api sul dataset ApisTox rispetto ai benchmark esistenti.

Sedat GOLGİYAZ2026-07-16

🧬 biology

Global evolutionary pattern and distinct metabolic strategies of sulfur-cycling microorganisms across ecosystems

Questo studio introduce DiSuCy, una base di conoscenza curata dei geni del metabolismo dello zolfo, per rivelare la dinamica evolutiva e le distinte strategie metaboliche dei microorganismi che cicla lo zolfo attraverso diversi ecosistemi, inclusa l'identificazione di nuovi taxa e percorsi non canonici nell'oceano e nell'intestino umano.

Song-Can Chen, Tomohisa Tanabe, Chengliang Sun, Jing-Ling Yan, Xin-Yue Ren, Alexander Loy2026-07-16

🧬 biology

Seasonal Dynamics of Microbial Communities, Co-occurrence Networks, and Grazing-Mediated Carbon Flow Characteristics

Questo studio rivela che le fluttuazioni ambientali stagionali nella Baia di Dinghai guidano spostamenti paralleli nella composizione della comunità microbica, nei processi di assemblaggio e nella struttura della rete, alterando simultaneamente l'efficienza del flusso di carbonio mediato dal pascolo da parte di fitoplancton e batterioplancton, con il fitoplancton che funge costantemente da fonte primaria di carbonio.

Guoqiang Shen, Qianqian Liu, Peng Xiao, Lianming Zheng, Chengxu Zhou, Zhongzhou Lin, Zhuoyi Zhu, Wenjing Zhang2026-07-16

🧬 biology

WATER: A Framework for Reconstructing Temporal Gene Expression Trajectories and Detecting Molecular Heterochrony Across Development and Disease

Il documento introduce WATER, un framework computazionale che ricostruisce traiettorie indipendenti di espressione genica temporale per rilevare l'eterocronia molecolare (disallineamento temporale dell'espressione genica) in contesti di sviluppo e di malattia, rivelando una riorganizzazione trascrizionale diffusa che i confronti tradizionali basati sull'appaiamento degli stadi trascurano.

Rahul Kanadia, Saren Springer, Kevon Afriyie, Abigail Boria, Isabella Stevens, Katarina Micin, Vanessa Aguiar-Pulido2026-07-16

🧬 biology

The organizing unit of GPCR activation-switch architecture: a phylogenetic-scale census

Questo studio rivela che l'architettura dello switch di attivazione dei GPCR non è organizzata dall'identità del ligando, bensì da una rete strutturale coevoluta che coinvolge il blocco ionico, la Tyr5.58 e i residui della tasca del sodio, la quale utilizza meccanismi diversi e specifici per lignaggio per stabilizzare l'arginina DRY conservata.

Huazhang Shen2026-07-16

🧬 biology

Integrated carrying capacity: A holistic approach towards population target setting for conflict-prone threatened wildlife

Questo studio propone un quadro integrato della capacità di carico che combina dimensioni ecologiche, biologiche e sociali per stabilire obiettivi di popolazione basati su prove e specifici per il contesto per le specie minacciate soggette a conflitti, utilizzando gli elefanti asiatici selvatici della Cina nello Yunnan come caso di studio per sostenere la priorità della tolleranza umana e l'allineamento delle politiche di uso del suolo con gli obiettivi di conservazione.

Hao Gu2026-07-16

🧬 biology

A multi-tissue transcriptome and expression atlas of Astacus leptodactylus: assembly and annotation

Questo studio presenta un atlante del trascrittoma e dell'espressione multi-tessutale di alta qualità per il gambero a chela stretta *Astacus leptodactylus*, assemblato da 37 campioni di RNA-seq e validato per completezza funzionale, stabilendo così una risorsa fondamentale per la ricerca sui canali ionici e la genomica funzionale nei crostacei non modello.

Berk Sağlam, Mehmet Akgun, Bora Ergin, Nuhan Purali2026-07-16

🧬 biology

A mechanistic framework for interspecific variation in vertebrate developmental radiosensitivity under chronic ionizing radiation

Questo studio propone un quadro meccanicistico unificato che spiega la variazione interspecifica nella radiosensibilità dello sviluppo dei vertebrati sotto radiazioni ionizzanti croniche, integrando fattori quali il bioaccumulo di radionuclidi, il tasso metabolico, la schermatura anatomica e la dinamica proliferativa, basandosi su una sintesi strutturata di 20 studi sperimentali e 9 articoli.

Bogdan Dmirtievitch2026-07-16

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