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🧬 biology

A permutation-null artifact drives a conservation–divergence spectrum's signature trend, and phylogeny dominates a protein language model's per-position coupling signal

Questo articolo dimostra che la tipica tendenza negativa nello spettro conservazione–divergenza è in gran parte un artefatto del suo modello nullo di permutazione e che i segnali di accoppiamento per posizione dei modelli linguistici proteici sono guidati prevalentemente dalla filogenesi piuttosto che dal meccanismo funzionale, stabilendo un quadro rigoroso per l'esame incrociato di modelli black-box contro prove evolutive indipendenti.

Huazhang Shen2026-09-01
🧬 biology

An Auditable Complexity Ladder for Mechanism-Level Experiments in Artificial Life

Questo articolo introduce un protocollo di scala della complessità a undici livelli e verificabile per esperimenti sui meccanismi di vita artificiale che garantisce affermazioni rigorose e riproducibili attraverso criteri di congelamento prospettici, ritenzione dei fallimenti, isolamento RNG byte-safe ed esplicitazione della gradazione delle prove, dimostrato tramite un modello di cellula minima pur divulgando in modo trasparente i limiti metodologici e gli errori analitici passati.

Huazhang Shen2026-09-01
🧬 biology

Emergence of collective criticality from future-anticipation maximisation

Questo articolo propone che il principio della Massimizzazione dell'Anticipazione Futura (FAM), secondo cui gli individui massimizzano localmente la diversità degli stati percettivi futuri attraverso l'anticipazione reciproca, generi e mantenga spontaneamente dinamiche collettive di tipo critico e transizioni morfologiche nei gruppi animali senza richiedere una regolazione fine o regole di allineamento esplicite.

Takayuki Niizato2026-09-01
🧬 biology

Basal expression predicts context-specific drug responses only where they are reproducible: a leakage-safe 47-line LOCO benchmark on Tahoe-100M

Questo benchmark pre-registrato e protetto da perdite di dati dimostra che la capacità dell'espressione del trascritto basale di predire le risposte ai farmaci specifiche per il contesto è fondamentalmente limitata dalla bassa riproducibilità del segnale target, con una predizione significativa che emerge solo per un piccolo sottoinsieme di farmaci in cui la risposta residua è sufficientemente affidabile.

Huazhang Shen2026-09-01
🧬 biology

HADIA-KB: Evidence-Preserving Digital Knowledge Infrastructure for Jharkhand’s Traditional Rice Beer

HADIA-KB è un'infrastruttura di conoscenza digitale che preserva le evidenze, la quale aggrega e mappa i dati scientifici e culturali frammentati sulla birra di riso tradizionale del Jharkhand in un grafo riproducibile e con fonti documentate, evidenziando esplicitamente le lacune nella documentazione e le variazioni regionali piuttosto che consolidare tradizioni diverse in un unico racconto.

Mohammad Amir Khusru Amir2026-09-01✓ Author reviewed ⓘ
🧬 biology

GRP: A Representation-Aware Effective Geometry of Protein State Space

Questo articolo introduce GRP, un framework ispirato alla relatività generale che modella gli spazi di stato proteico come varietà geometriche sensibili alle coordinate per identificare invarianti stabili che collegano le rappresentazioni dell'IA ai vincoli biologici, dimostrando che pochi modi dominanti catturano la maggior parte della varianza conformazionale e che i percorsi biologici strutturati esibiscono proprietà di trasporto distinte rispetto ai modelli nulli.

Chuanyang Liu2026-09-01
🧬 biology

Chromosome-level genome of the white jade snail reveals conserved genomic architecture and functional divergence from wild Achatina fulica

Questo studio presenta la prima assemblaggio del genoma a livello cromosomico della chiocciola bianca di giada allevata, rivelando la sua stretta relazione filogenetica e la sintenia conservata con la chiocciola gigante africana selvatica (*Achatina fulica*), evidenziando al contempo le divergenze funzionali nei percorsi metabolici e di risposta allo stress associati alla domesticazione.

Hai Liu2026-09-01
🧬 biology

Illiosentis furcatus (Acanthocephala: Leptorhynchoididae): Morphological study, molecular characterization, and phylogenetic analysis justify reinstatement of Tegorhynchus cetratus

Questo studio combina l'esame morfologico e l'analisi filogenetica molecolare per dimostrare che *Illiosentis cetratus* è geneticamente distinto da altre specie di *Illiosentis*, giustificando così il ripristino del genere *Tegorhynchus* per questa specie.

Kaitlynn M. Stewart, Kristina M. Hill-Spanik, Eric J. McElroy, Isaure de Buron2026-09-01
🧬 biology

Dopaminergic Degeneration and GBA Mutation Status Predict Prior–Sensory Arbitration Disruption in Parkinson's Disease: A Multimodal Computational Framework

Questo studio computazionale multimodale del dataset PPMI suggerisce che le allucinazioni nella malattia di Parkinson derivino da una progressiva interruzione nell'arbitrato tra l'evidenza sensoriale e le aspettative pregresse, caratterizzata da una ridotta sensibilità sensoriale e da un aumento di falsi allarmi guidati dal rumore che sono fortemente predetti dalla degenerazione dopaminergica e dallo stato di mutazione del gene GBA, nonostante significative limitazioni nel stimare con precisione il parametro di arbitrato centrale dai dati comportamentali di una singola visita.

Khanh-Dung Tran2026-09-01
🧬 biology

Intracavity Nuclear Elastography

Questo articolo introduce l'elastografia nucleare intracavitaria, una piattaforma di rilevamento non lineare che integra cellule viventi in un laser a microcavità per amplificare le minime deformazioni nucleari indotte da ultrasuoni tramite la dinamica di biforcazione, raggiungendo una sensibilità oltre 120 volte superiore rispetto ai metodi convenzionali per la mappatura quantitativa e non invasiva della meccanica nucleare e del fenotipizzazione cellulare multidimensionale.

Chaoyang Gong, Zhonghao Li, Zhihan Cai, Guifeng Li, Guoquan Wang, Yue Zhao, Xi Yang, Yuan Gong, Hong Zhang, Yang Luo, Ta (…)2026-09-01