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Identifying endogenous substrates of the 26S proteasome through site-specific photocrosslinking
本研究では、遺伝暗号拡張法を用いて、酵母の26Sプロテアソームに光架橋可能な非天然アミノ酸を導入することで、多様なATP依存性タンパク質基質の生体内での捕捉および質量分析による同定を可能にし、小胞体ストレス下でそれらのランドスケープがどのように変化するかを明らかにしている。
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biochemistry
338 件の論文
生命の仕組みを分子レベルで解き明かすのが生化学です。DNA やタンパク質といった目に見えない小さな分子が、どのように互いに働き合い、私たちが呼吸したり考えたりする生命活動を支えているのか。この分野は、そのような生命の根源的なメカニズムを研究する領域です。
Gist.Science では、生化学に関連する最新の論文を bioRxiv から収集し、専門家の目を通じて整理しています。掲載されている全てのプレプリントに対し、専門用語を噛み砕いた平易な要約と、技術的な詳細を網羅した解説の両方を提供し、誰でも最新の知見にアクセスできるようにしています。
以下に、生化学の分野で bioRxiv から公開された最新の論文リストを掲載します。
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Isolation and Lipidomic Profiling of Neuronal Lipid Droplets: Unveiling the Lipid Landscape of Neurodegenerative Disorders
本論文は、トリグリセリドリパーゼを阻害することで希少な神経細胞内の脂質滴を肥大化させ、スクロース密度勾配遠心分離による精製を可能にすることで、神経変性疾患におけるそれらの役割の理解を深めるための詳細なリピドミクス解析を実現する、新たなプロトコルを提示するものである。
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Isolation and In vitro Characterization of BchE, the Cobalamin-Dependent Anaerobic Magnesium Protoporphyrin IX Monomethylester Cyclase Involved in Bacteriochlorophyll Biosynthesis
本研究は、コバラミン依存性ラジカルSAM酵素であるBchEの分離およびin vitroでの再構成に成功したことを報告するものであり、これにより、バクテリオクロロフィルの嫌気的生合成におけるその触媒メカニズムの詳細な解明が初めて可能となった。
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UniFlow: Unifying protein conformational ensemble generation and machine-learned force fields with a scalable normalizing Flow
UniFlowは、タンパク質のコンフォメーション・アンサンブル生成と機械学習による粗視化力場を統合するスケーラブルなノーマライジング・フロー・フレームワークであり、単一の微分可能なモデル内で、平衡分布の迅速なサンプリングと安定した長時間の分子動力学シミュレーションの両方を可能にする。
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Functional Mapping of the Trypanosoma cruzi Serinome by Fluorophosphonate Activity-Based Protein Profiling
本研究は、フルオロホスホネートプローブを用いた活性部位に基づくタンパク質プロファイリングを活用して、クルーズトリパノソーマのセリンヒドロラーゼ・プロテオームの包括的な化学プロファイリングマップを作成し、脂質代謝および宿主・病原体相互作用に関与する37種類の活性セリンヒドロラーゼを特定することで、将来的な抗寄生虫薬探索を促進するものである。
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The mechanism of biofilm degradation by a detachable tailspike of gene transfer agents
本研究は、*Rhodobacter capsulatus*の遺伝子転移エージェントにおける脱着可能なテイルスパイクタンパク質TspAが、複雑な微生物細胞外マトリックス内での移動を可能にすることで水平伝播を促進する、強力なバイオフィルム分解酵素として機能することを明らかにしている。
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Stepwise DNA unwinding gates TnpB genome-editing activity
本研究は、TnpBの限定的なゲノム編集活性が、安定したオープン状態への非効率なDNA巻き戻しに起因することを明らかにし、最適化された変異体（Ymu1-WFR）が、特定の巻き戻し中間体を安定化させることで、in vitroでの切断能および植物ゲノム編集能の両方を向上させることを実証している。
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Covalent remodeling of CRBN creates a non-canonical neosubstrate interface with NTAQ1
本研究は、分子接着型分解薬EM12-FSがセレブロン（CRBN）のHis353において共有結合的に再構築を行い、ネオ基質であるNTAQ1の選択的なリクルートと分解を可能にする新規かつ非標準的なインターフェースを形成することで、部位特異的な合成修飾を通じた誘導近接薬理学の範囲を拡大することを実証している。
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Structural basis for the unexpected activity of rifamycin B against rifampicin-resistant RNA polymerase
本研究は、リファマイシンBがリファンピシン耐性RNAポリメラーゼを阻害する構造的基盤を明らかにし、その特異的なC-4 O-カルボキシメチル基が、一般的な耐性変異を回避する形で酵素との安定的な塩橋を形成することを示しており、それによって合理的な抗生物質設計のための新たな標的を特定している。
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From biofilms to birth: Quantitative murburn rationale for hydrated polymer-centred biological transduction, coherence, and evolution of complex life
本論文は、murburnフレームワークと定量的モデリングを用い、バイオフィルムから誕生に至るまでの水和した細胞外ポリマー相が、酸素利用を可能にしながら生物学的コヒーレンスを維持し、複雑な生命プロセスを促進するために、確率的な拡散性反応種を制御する、進化的に保存された相分離マトリックスとして機能することを実証するものである。