SwiftNJ: Fast Exact Neighbour Joining via Correctness-Gated Coding Agents
本論文は、参照基準に対する完全な正しさを維持しつつ、幾何平均実行時間比で0.565を達成する最適化された近隣結合実装であるSwiftNJを生成する正しさゲート付きコーディングエージェントが、計算系統学において確立されたRapidNJ基準を大幅に凌駕することを示す。
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bioinformatics
763 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
Leviathan: A fast, memory-efficient, and scalable taxonomic and pathway profiler for (pan)genome-resolved metagenomics and metatranscriptomics
Leviathan は、配列非依存の分類学的手法と DNA 空間の疑似アライメントを組み合わせ、計算集約的な翻訳検索ステップを回避することで、ゲノムおよびパンゲノム解像度においてメタゲノムおよびメタトランスクリプトームの超高速かつメモリ効率が高く正確な分類学的および機能的プロファイリングを可能にするオープンソースソフトウェアパッケージである。
Minimal Computational Framework for Systematic Identification of Antimicrobial Targets
本論文は、タンパク質の動態と反復的な破壊メカニズムを活用して合理的な多剤併用療法のための抗菌ターゲットを体系的に同定し優先順位付けする最小限のマルチスケール計算フレームワークを提示するものであり、毒性や変異による逃避を最小化しつつ治療効果を高めることを目的としている。
gTranslate: rapid and accurate translation table prediction for prokaryotic genomes
本論文は、事前の分類群分類なしに原核生物ゲノムの翻訳表を高精度（99.99% 超）で予測する計算効率に優れた機械学習ツール「gTranslate」を導入し、特定の細菌系統における新たな遺伝子コード変異の発見を可能にするものである。
Sequence-Based Prioritization of Promoter Regulatory Variants in Colorectal Cancer Using a DNA Foundation Model
本研究は、Evo2 DNA ファウンデーションモデルを活用して、プロモーター配列への影響を定量化することで大腸がんにおける非コード調節変異を優先順位付けする計算フレームワークを提示し、教師あり学習や事前定義された注釈に依存することなく、がん関連経路や GWAS 遺伝子座に富む高影響候補を成功裏に同定した。
SQANTI-browser: visualization and curation of SQANTI3-classified long-read transcriptomes within the UCSC Genome Browser
SQANTI-browser は、SQANTI3 によって分類されたロングリード転写体データを UCSC ゲノムブラウザに統合する新規可視化フレームワークであり、多様なデータセットにわたって実行可能な新規アイソフォームを救出するために、対話型フィルタリング、証拠に基づくキュレーション、およびアライメントアーティファクトの解決を可能にします。
CARIBOU: Computational AI Research Interface for Bioinformatics, Omics, and Unifying Agents
CARIBOU は、大規模なシングルセルおよび空間オミクスデータセットの処理における静的コード生成の限界を克服するために、研究者が編集可能な青写真と永続的な実行可能状態を活用し、機関内の高性能コンピューティング環境内で自律的、反復的、かつ再現性のあるバイオインフォマティクス分析を設計したマルチエージェント AI フレームワークである。
VaxjoOnto: A Vaccine Ontology-driven Framework for Adjuvant Selection
VaxjoOnto は、既知および新規の疾患に対するアジュバントの優先順位付けを効果的に行うための新たなフレームワークであり、ワクチンオントロジー駆動の異種知識グラフとグラフニューラルネットワークを活用して、抗原発見からアジュバント選択への焦点の転換を通じてワクチン開発における重要なボトルネックに対処する。
Signal, Bounds, and Baselines: Principles for Evaluating Virtual Cell Perturbation Models
本論文は、仮想細胞擾乱モデルを厳密に評価するためのSBB（シグナル、バウンズ、およびベースライン）フレームワークを導入し、複雑な深層学習手法がしばしば単純な線形ベースラインを意味ある形で上回れないことを明らかにするとともに、統計的アーティファクトから真の生物学的シグナルを区別するための標準化された指標の必要性を強調する。
There and back again: a multi-omics tale of thyroid co-expression network rewiring
本研究は、齧歯類モデルにおける甲状腺毒性と回復を解析するための同時マルチオミクス重み付け遺伝子共発現ネットワーク構築のベストプラクティス枠組みを確立し、スケーリングされていないオミクス層を連結することが、相補的なモジュール保存性と差異的結合性解析を通じて広範な分子擾乱と部分的な回復を明らかにしつつ生物学的構造を保持することを示している。