869 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
2023年から2025年にかけての3回のオープンコールと3回のパブリックチャレンジの実施を通じて、AI4Lifeイニシアチブは22件のバイオイメージ解析プロジェクトを支援し、FAIRなディープラーニングの採用には重大な実装上の障害がある一方で、生物学における科学的AIの主要なボトルネックは手法の開発ではなく、データ、アノテーション、および共有インフラストラクチャの可用性にあることを明らかにした。
Spectronaut-nfは、大規模なDIAプロテオミクスデータセットの効率的かつ並列化された処理を可能にするスケーラブルなNextflowパイプラインであり、単一のワークステーションや単一ノードの構成と比較して、一貫した同定結果を維持しながら解析時間を大幅に短縮し、ハイパフォーマンスコンピューティング環境における処理を実現します。
本論文は、被験者適応型の教師なし候補生成と、最小限のヒューマン・イン・ザ・ループによるラベルを用いて訓練された2つの軽量な3D ResNet分類器を組み合わせることで、血管性および非血管性の模倣像による偽陽性を大幅に減少させつつ、磁化率強調MRIにおける脳微小出血の高精度な検出を実現する、完全自動化された3段階の幾何学的・ニューラル・カスケード・パイプラインを提示する。
この原稿は、基礎となる「偏差誤差（Deviation Error）」指標が、機械学習の予測を評価するための適切なスコアリング・ルールとして確立される前に、大幅な数学的定式化と理論的検証を必要とするため、撤回されました。
Spacelandは、希薄な空間トランスクリプトミクスと連続的なH&E染色組織切片を統合することで、臓器全体の連続的かつ高解像度な3次元分子アトラスを再構築する形態学ガイド型の計算フレームワークであり、それによって徹底的な実験的サンプリングを必要としないスケーラブルな仮想組織モデリングを可能にする。
本研究は、343名の被験者を対象に、心拍変動データから生物学的年齢を推定するための重回帰分析（MLR）、バイアス補正済みMLR、およびクレメラ・ドゥバル法（KDM）を比較し、KDMが最も低い推定誤差をもたらす一方で、バイアス補正済みMLRは補正なしのMLRよりも精度は向上しているものの、実年齢への依存という制限があることを明らかにしている。
本論文は、生物学的画像解析を大域的最適整数計画問題として定式化することで、検出、追跡、およびイベント推論を統合し、特に低信号の撮像シナリオにおいて標準的な局所決定パイプラインを大幅に凌駕する離散逆レンダリングフレームワークを導入するものである。
GPSNormは、階層的ガウス過程アプローチを用いて技術的変動、空間構造、および生物学的信号を統合的にモデル化することで、正規化の不確実性をダウンストリームの差分的発現解析へと伝播させ、それによって空間トランスクリプトミクスデータの堅牢性と解釈性を向上させる、新しいベイズ空間正規化フレームワークである。
本論文では、ローカルソフトウェアやサーバーインフラを必要とせず、標準的な比較ゲノミクス用ファイル形式を用いて、対となるゲノムのシンテニーのインタラクティブな可視化と探索を可能にする、軽量でインストール不要のブラウザベースのツールであるSyntenyPair Explorerを紹介する。
本論文では、デバイスへのアクセスやストレージといった共通コンポーネントを標準化しつつ、アプリケーション固有の解釈および標的化ロジックを分離することで、ハイスループットスクリーニングや長期的なライブセル・トラッキングといった多様な生物学的シナリオにおける、解析ループ内での自律的なイメージングを可能にするモジュール式顕微鏡取得スタック「deepthought」を提示する。