Gene-First Identity Construction for Robust Cell Identification in Single-Cell Transcriptomics
この論文は、単一細胞トランスクリプトミクスにおける細胞タイプの階層的整合性を確保し、従来の手法の限界を克服するために、遺伝子発現プログラムに基づく厳密な階層構造を構築する新しい手法「GeCCo」を提案し、その有効性を免疫アトラスや膵臓前駆細胞のデータで実証したものである。
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bioinformatics
1250 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
Exploring differences across pangenome-graph representations using Escherichia coli O157:H7 as a model
本論文は、大腸菌 O157:H7 をモデルに、異なる構築手法とアセンブリの完全性がパンゲノムグラフの構造、スケーラビリティ、および精度に劇的な影響を与えることを示し、手法と入力データの品質を慎重に選択する必要性を説いています。
A pocket-centric framework for selective targeting of amyloid fibril polymorphs
アミロイド線維の多型構造を網羅的に解析した本研究は、結合ポケットの構造的類似性がリガンド選択性の欠如の根本原因であることを示し、少数の孤立したポケットを標的とすることで選択的ターゲティングを可能にする新たな枠組みを提案しています。
Identification of different sequence properties between HIV-1 DNA and RNA across subtypes using the k-mer-based approach
本研究では、k-mer ベースの手法 PORT-EK-v2 を用いて HIV-1 の各サブタイプ間で DNA と RNA の配列特性に明確な差異が存在することを示し、この特性の識別が将来の新たなサブタイプの同定に重要な役割を果たすことを提案しています。
CellPace: A temporal diffusion-forcing framework for simulation, interpolation and forecasting of single-cell dynamics
CellPace は、トランスフォーマーベースの時間的拡散モデルを用いて単一細胞オミクスデータの連続的な時間的ダイナミクスを学習・生成し、欠損や不規則なサンプリングに対処しながら、シミュレーション、補間、予測において最先端の性能を発揮するフレームワークである。
Integration of single-cell multi-omic data with graph-based topic modelling
本論文は、単一細胞マルチオミクスデータの複雑さを解きほぐすため、グラフベースのトピックモデリング手法「bionSBM」を提案し、既存の最先端手法を上回るクラスタリング精度と生物学的解釈性を示したものである。
ITSxRust: ITS region extraction with partial-chain recovery and structured diagnostics for long-read amplicon sequencing
長読長アンプリコンシーケンシングにおける真菌 ITS 領域の抽出効率と頑健性を向上させるため、Rust 製ツール「ITSxRust」を開発し、従来のツールよりも高速かつ高精度な抽出と、部分鎖回復戦略による未抽出リードの再回収を実現したことを報告しています。
POTTR: Identifying Recurrent Trajectories in Evolutionary and Developmental Processes using Posets
この論文は、腫瘍系統樹の不確実性を不完全な部分順序集合（Posets）の枠組みで定式化し、NP 困難な最大 k-共通誘導不完全部分 Poset 問題を解決する組み合わせアルゴリズム「POTTR」を提案することで、がん進化や発生過程における反復的な遺伝子変異の軌跡を同定する手法を確立したことを述べています。
Modeling Microbiome Modulation of Tumor Metabolic Networks to Predict Synergistic Therapies
この論文は、機械学習とゲノム規模代謝モデルを統合した汎用的な枠組みを開発し、大腸癌における Fusobacterium nucleatum などの微生物叢の影響を考慮して相乗的な併用療法を予測・検証し、リン酸化イノシトール代謝やシステイン輸送が Fn 依存性の相乗効果の鍵であることを明らかにしたものである。
Dysregulation of "Don't Eat Me" Signaling-Related Genes in Sepsis: A Targeted Transcriptomic Analysis
本論文は、敗血症患者における「食べてはいけない」シグナル関連遺伝子の転写解析を行い、CD47 の低下と PRTN3 の上昇など免疫調節の異常を明らかにし、6 遺伝子シグネチャーによる高精度な診断と CD47-SIRP 軸を新たな治療ターゲットとして提示したものである。