💻 バイオインフォマティクス
Pop-Corn: Predicting Perturbation Phenotype Effects Across Single-Cell and Spatial Contexts
Pop-Cornは、遺伝学的摂動が単一細胞および空間的コンテキストの両方において細胞型および細胞状態の組成をどのように再形成するかを直接予測する新しい計算手法であり、従来の遺伝子発現に基づくアプローチを凌駕し、実験的な追跡調査のための摂動の優先順位付けを可能にするものである。
💻 Category
bioinformatics
1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
Spatially resolved contrastive analysis of perturbation-driven microenvironmental heterogeneity across tissues and conditions
本論文は、多様な空間オミクスプラットフォームおよび疾患コンテキストにわたる摂動駆動型の不均一性を体系的に解析するために、条件特異的な微小環境の変化を共通の組織構造から解きほぐす、空間を意識した対照学習フレームワークであるHarukaを導入する。
💻 バイオインフォマティクス
seqsizzle: decoding complex barcode and adapter architectures in long-read sequencing data
本論文では、ファジープライマーマッチング、カスタマイズ可能なハイライト機能、および組み込みのk-mer濃縮解析を可能にすることで、ロングリードシーケンシングデータの可視化、品質管理、およびトラブルシューティングを容易にする、Rustで記述されたオープンソースのクロスプラットフォーム・コマンドラインツールであるseqsizzleを紹介する。
💻 バイオインフォマティクス
Pruning the Search, Not the Signal: Adaptive-Banding Needleman-Wunsch Sequence Alignment via Protein Language Model Confidence
本論文は、タンパク質言語モデルの信頼性を活用して動的計画法によるアライメントの探索空間を動的に枝刈りすることで、ほぼ正確な精度を維持しつつ計算量を大幅に削減し、大規模で困難なタンパク質配列の高スループット処理を可能にする手法であるAdaptive-Banding Needleman-Wunsch（AB-NW）を導入するものである。
💻 バイオインフォマティクス
EISCA and EISTA: Full-Spectrum Pipelines for Single-Cell and Spatial Transcriptomics Analysis
本論文は、再現可能な生物学的発見を加速させるため、シングルセルおよび高解像度空間トランスクリプトームデータの解析に対して包括的なエンドツーエンドのソリューションを提供する、nf-coreフレームワークに基づいた標準化され、モジュール式かつスケーラブルなNextflowパイプラインであるEISCAおよびEISTAを紹介するものである。
💻 バイオインフォマティクス
A learned fungal ITS embedding does not outperform correctly configured alignment in open-world evaluation
本研究は、目的特化型訓練された真菌ITS埋め込み表現が、オープンワールド評価において正しく構成されたアライメントベースの手法を凌駕することはないことを実証しており、これまで報告されていた学習済み埋め込み表現の優位性は、表現そのものではなく、ヒューリスティックなデフォルト設定、カバレッジフィルタの欠如、およびデータリークといった手法上の欠陥に起因していたことを明らかにしている。
💻 バイオインフォマティクス
Learning Environment-Associated Marker Rankings with Attention-Based Graph Neural Networks
本研究は、多環境における作物試験データを利用して収量を予測すると同時に、解釈可能な環境特異的なマーカーランキングを生成することで、文脈依存的なゲノム信号や天候に起因する遺伝的相互作用を明らかにする、アテンションベースのグラフニューラルネットワークフレームワークを提案するものである。
💻 バイオインフォマティクス
An interpretable open platform for sequence-based antibody developability prediction
本論文は、厳密な交差検証を用いることで、独自のトレーニングデータへのアクセスを必要とすることなく、独自のデータセットおよび公開データセットの両方において高い性能を達成し、配列ベースの抗体デベロッパビリティ予測モデルの学習、評価、および解釈を研究室に可能にするオープンソースプラットフォームであるDELPHIを紹介するものである。
💻 バイオインフォマティクス
FedEdgeR: federated and privacy-preserving edgeR for differential gene expression analysis
本論文は、edgeRを用いたプライバシー保護型の差分的遺伝子発現解析を可能にする、セキュアなマルチパーティ計算に基づく連合学習フレームワークであるFedEdgeRを紹介しており、多様なRNA-seqデータセットにおいて、中央集権的な解析と同等の性能、および従来のメタ解析手法を上回る性能を実証している。
💻 バイオインフォマティクス
Phylogenetic parallelograms: visual comparison of discordant phylogenetic trees
本論文では、従来のタングルグラムよりもトポロジー的な類似性と相違をより明確に明らかにするために、共通のネットワーク・スキャフォールド内で任意の数の不一致な系統樹を可視化し比較するオープンソースのインタラクティブ・ツールである「フィロジェネティック・パラレログラム（phylogenetic parallelograms）」を紹介する。