💻 bioinformatics
GPSNorm: Gaussian Process Spatial Normalization for Spatial Transcriptomics
GPSNormは、階層的ガウス過程アプローチを用いて技術的変動、空間構造、および生物学的信号を統合的にモデル化することで、正規化の不確実性をダウンストリームの差分的発現解析へと伝播させ、それによって空間トランスクリプトミクスデータの堅牢性と解釈性を向上させる、新しいベイズ空間正規化フレームワークである。
💻 Category
bioinformatics
1012 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 bioinformatics
SyntenyPair Explorer: an installation-free, browser-based tool for interactive pairwise genome synteny visualization
本論文では、ローカルソフトウェアやサーバーインフラを必要とせず、標準的な比較ゲノミクス用ファイル形式を用いて、対となるゲノムのシンテニーのインタラクティブな可視化と探索を可能にする、軽量でインストール不要のブラウザベースのツールであるSyntenyPair Explorerを紹介する。
💻 bioinformatics
deepthought: the microscopy acquisition stack as an object of study
本論文では、デバイスへのアクセスやストレージといった共通コンポーネントを標準化しつつ、アプリケーション固有の解釈および標的化ロジックを分離することで、ハイスループットスクリーニングや長期的なライブセル・トラッキングといった多様な生物学的シナリオにおける、解析ループ内での自律的なイメージングを可能にするモジュール式顕微鏡取得スタック「deepthought」を提示する。
💻 bioinformatics
Glycine molecule radical: Predicted properties and dipeptide formation
密度汎関数理論計算を用いて、本研究は、低い電子エネルギー障壁によって特徴付けられ、中間体ラジカルの性質の詳細な解析によって裏付けられた、生命誕生前の条件下におけるグリシンジペプチド形成のための、新規な触媒を用いないラジカル化学経路を提案する。
💻 bioinformatics
Phenotype-driven de novo molecular design from gene expression signatures
本論文は、遺伝子発現シグネチャーを化学的に妥当かつ生物学的に関連性のある新規分子へと変換するトランスクリプトーム誘導型フレームワークであるTx2Molを紹介し、バルク、シングルセル、および患者由来の疾患コンテキストにわたる表現型応答を維持する上で、既存のベースラインに対して優れた性能を示すものである。
💻 bioinformatics
pyfraglib: An integrated cfDNA fragmentomics platform
本論文は、cfDNA断片の抽出、統計モデリング、コホートレベルの比較解析、およびイン・シリコ・シミュレーションを統合し、エンドツーエンドのフラグメントミクス・ワークフローを可能にする包括的なPythonベースのプラットフォームであるpyfraglibを紹介するものであり、これはシミュレーションデータと実世界の中枢神経系リンパ腫検体の両方で検証され、予後サブグループの特定に成功した。
💻 bioinformatics
A new automated pipeline for whole genome shotgun sequencing analysis and hazard characterization of microbial pesticides
本論文は、全ゲノム配列解析データと包括的な有害性特性評価ツールを統合し、微生物農薬に対して透明かつ再現可能でルールに基づいたリスク評価ワークフローを提供することで、既存の規制手法よりも大幅な改善をもたらす、公開されたウェブベースの自動化パイプラインを提示するものである。
💻 bioinformatics
Statistical tests for bivariate spatial association across multi-omics data with disjoint coordinates
本論文は、空間的自己相関および高次元の計算上の課題を適切に考慮しつつ、座標が一致しないマルチオミクス・モダリティ間の二変量空間相関を厳密に評価するための、修正された統計検定および分散推定器のスイートを提供するRパッケージ「sbivar」を紹介するものである。
💻 bioinformatics
Convergent Cysteine Enrichment in Diverse Gut Phage Capsids Suggests Gut-Associated Structural Adaptation
この研究は、多様な腸内バクテリオファージが、埋没した高度に保存された残基を持つシステインに富んだ主要カプシドタンパク質へと収斂進化してきたことを明らかにしており、これは過酷な腸内環境に対してカプシドを安定化させる構造的適応を示唆している。
💻 bioinformatics
An openly licensed benchmark and per-gene calibration map for missense pathogenicity predictors on activating cancer drivers
本研究は、主に機能喪失型変異に基づいて学習された現在のミスセンス病原性予測器が、その独特な構造的および進化的特徴により、活性化型の癌ドライバーを系統的に過小評価していることを明らかにしており、これを受けて著者らは、体細胞変異の解釈を改善するために、オープンライセンスのベンチマーク、遺伝子ごとの校正マップ、および再校正されたフレームワーク（OncoCal）を提供している。