Differential co-localisation analysis of multi-sample and multi-condition experiments with spatialFDA
空間オミクスデータにおける細胞の共局在パターンを複数の条件間で比較・解析するための新しいフレームワーク「spatialFDA」が開発され、シミュレーションおよび実データ（1 型糖尿病）を用いた検証によりその有効性が示されました。
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bioinformatics
766 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
Predicting Antibody Self-Association with Sequence Structure Fusion Models: The Central Role of CSI-BLI in Early Developability Screening
本論文では、抗体の自己会合を予測するために配列と構造情報を融合した深層学習モデルと解釈可能な物理化学的モデルを開発し、これらが CSI-BLI assay を用いた早期開発性スクリーニングにおいて、高粘度や体内クリアランスの予測に有効であることを示しました。
Testing and Estimating Causal Treatment Effect Heterogeneity in Observational Studies via Revised Deep Semiparametric Regression: A Lung Transplant Case Study
この論文は、深層半パラメトリック回帰に基づく「deepHTL」という分析枠組みを開発し、大規模な肺移植レジストリデータを用いて、患者の特性に応じた片肺移植と両肺移植の因果効果の異質性を統計的に検証・推定することで、臓器配分における患者選択の科学的根拠を提供するものである。
From Movement to METs: A Validation of ActTrust(R) for Energy Expenditure Estimation and Physical Activity Classification in Young Adults
本論文は、若年成人を対象とした実験により、アクティブトラスト（ActTrust）デバイスが間接熱量測定法に基づく代謝当量（METs）と高い相関を示し、身体活動強度の分類やエネルギー消費量の推定において、既存のアクチグラフ（ActiGraph）と同等に有効な低コストなツールであることを実証したものである。
Beyond Single Algorithms: A Framework for Validating and Aggregating Active Modules in Genetic Interaction Networks
この論文は、単一のアルゴリズムでは遺伝子相互作用ネットワークの活性モジュールを網羅的に特定できないことを示し、複数のアルゴリズムの出力を比較・統合する新しいフレームワーク（スペクトラルクラスタリングと貪欲導通性ベースの結合）を提案することで、隠れた遺伝子の発見や生物学的メカニズムの解明を支援する手法を開発したことを述べています。
GRASP: Gene-relation adaptive soft prompt for scalable and generalizable gene network inference with large language models
本研究は、大規模言語モデルを用いた遺伝子ネットワーク推論において、各遺伝子対の生物学的文脈を 3 つの仮想トークンで効率的に条件付けし、既存のデータベースを超えた生物学的に意味のある相互作用の特定を可能にするパラメータ効率の高いフレームワーク「GRASP」を提案し、その汎用性とスケーラビリティを実証したものである。
A correlational study of ABCA3 and SCN4B as exercise-related biomarkers of patients with Stanford type A aortic dissection
本研究は、統合的なバイオインフォマティクス解析により、スタンフォードA型大動脈解離の進行に関与し、診断および治療の新たな標的となり得る運動関連バイオマーカーとしてABCA3とSCN4Bを同定したことを報告しています。
Identification of the novel inhibitors against M. tuberculosis ESX-1 secretion system EccA1 enzyme using virtual screening, docking and dynamics simulation techniques
本論文では、結核菌の ESX-1 分泌系に不可欠な EccA1 酵素の C 末端 ATP 結合ポケットを標的とした仮想スクリーニング、ドッキング、および分子動力学シミュレーションを通じて、ADP や既知の阻害剤と比較して高い結合エネルギーと薬物動態特性を示す 5 つの ZINC 化合物（Z1-Z5）を新規抗ウィルランス阻害剤として同定しました。
MAJEC: unified gene, isoform, and locus-level transposable element quantification from RNA-seq
MAJEC は、RNA-seq データから遺伝子、アイソフォーム、および転移因子（TE）のロカスを統一的かつ高精度に定量化する新しい EM フレームワークであり、既存ツールが抱える遺伝子と TE の重なりによる誤判定を大幅に低減し、より迅速な解析を実現します。
A Hierarchy-aware Gene Exploration Platform for Multi-layered Toxicogenomic Analysis: A Case Study on Acetaminophen-induced Hepatotoxicity
この論文は、HUGO 遺伝子命名委員会（HGNC）の階層構造情報を組み込んだ類似度カーネルを用いた階層認識型遺伝子探索プラットフォームを開発し、アセトアミノフェン誘発性肝毒性のトキシコゲノミクス解析において、従来の発現プロファイルのみの手法に比べて機能的な一貫性を 33.8 倍向上させ、毒性メカニズムの解釈可能性を大幅に高めたことを報告しています。