💻 バイオインフォマティクス
Reference-guided pseudotime inference across species and biological contexts
本論文は、信頼できる時間的ラベルを欠くクエリのコンテキストにおいて、擬似時間を正確に推論し、生物学的老化または疾患の進行をマッピングするために、ある種または条件からの参照scRNA-seq時系列データを活用する機械学習フレームワークであるCavebearを紹介するものである。
💻 Category
bioinformatics
1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
Scaling Quantum Optimisation Beyond Hardware Limits for Real-World Scientific Workloads: Genome Assembly on Current Quantum Hardware
本研究は、Hamiltonian Auto Decomposition Optimisation Framework (HADOF) が現在のNISQハードウェアの限界を克服し、実機量子ハードウェア上で710万塩基対の緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）ゲノムの構築に成功して99.348%のゲノムフラクションを達成したことを示しており、大規模な科学的ワークロードに対するスケーラブルな量子最適化の実現可能性を証明している。
💻 バイオインフォマティクス
Predicted and experimental protein-ligand coordinates with distance labels and evaluation splits
本論文は、予測されたタンパク質-リガンド構造と実験的な構造を、較正された精度ラベルおよび厳格な評価分割と統合した包括的なデータセットであるPLI-Parallaxを紹介するものであり、これにより、実験的な真値が存在しない場合であっても、手法間の合意を通じて予測の信頼性を推定することを可能にする。
💻 バイオインフォマティクス
Atlas-scale single-cell analysis beyond in-memory paradigm with scAtlasPy
scAtlasPyは、標準的なワークステーションのメモリ制限を克服し、既存の最先端プラットフォームと比較して大幅に低いメモリ使用量と高い処理速度で、大規模なシングルセル・アトラス（例：1億個の細胞）のフル解像度解析を可能にする、新しいディスク常駐型コンピューティングフレームワークです。
💻 バイオインフォマティクス
A shared functional organisation underlies vascular disease remodelling
本研究は、個々の遺伝子や経路の変異を超越した、血管疾患における再現可能な高次的な「機能的組織化」を特定しており、多様な病態や細胞型にわたる心血管系のリモデリングが、6つの保存された生物学的機能による協調的かつ動的な再均衡化によって駆動されていることを明らかにしている。
💻 バイオインフォマティクス
AnnoAudit: a marker-based protocol for auditing single-cell atlas annotations reveals systematic, state-dependent annotation failure in a widely used traumatic brain injury resource
本論文は、CEREBRI外傷性脳損傷リソースのように、グルタミン酸作動性ニューロンとラベル付けされた細胞の大部分が実際には非ニューロン細胞であり、再アノテーションによって修正される重大な生物学的アーティファクトを引き起こしているような、広く利用されているシングルセル・アトラスにおける系統的なアノテーションエラーを明らかにする、マーカーベースのプロトコルであるAnnoAuditを紹介するものである。
💻 バイオインフォマティクス
bioq: a unified, agent-native command-line interface to a fleet of AI drug-discovery methods
bioqは、サーバーレスゲートウェイを介して38種類以上のコンテナ化されたAI創薬ツール群へのアクセスを統合する、オープンソースの軽量なコマンドラインインターフェースであり、ローカルのハードウェアや競合するソフトウェアの依存関係を管理することなく、研究者や自動エージェントがノートパソコンから複雑なワークフローを実行することを可能にします。
💻 バイオインフォマティクス
End-to-end plaque counting and virus titration from laboratory plate images with deep learning
本論文は、ウェルの検出からプラークのセグメンテーション、そしてPFU/mLの推定に至るまで、ウイルス力価測定の全工程を自動化するエンドツーエンドのディープラーニング・ワークフローであるTitraを紹介するものであり、多様なウイルス種やプレート形式において手動によるアノテーションと高い一致を示すことを実証している。
💻 バイオインフォマティクス
How do Co-Folding Models Organize Structural Information?
本論文は、Boltz-1の共折り畳みモデルを解剖し、構造情報が単一、鎖内、および鎖間表現という3つの異なるストリームにわたって整理されており、それらが「混合・圧縮・洗練（Mix-Compress-Refine）」の軌跡に従い、鎖内の幾何学的構造は大部分が事前条件付けされている一方で、鎖間の配置は拡散モジュールによって漸進的に構築・調整されることを明らかにしている。
💻 バイオインフォマティクス
Keloid transcriptomics reveal heterogeneity in fibroblast subtype enrichment, gene expression, and immune cell responses
本研究は、ケロイドおよびそれに対応する正常皮膚組織のバルクRNA-Seq解析を利用することで、細胞型の不均一性を考慮に入れることが、線維芽細胞と免疫細胞の濃縮、それらの特異的な相互作用、およびケロイド疾患の根底にある主要な遺伝子発現シグネチャーにおける明確な差異を明らかにすることを実証している。