💻 バイオインフォマティクス
labapi: a Python object model for the LabArchives electronic lab notebook
labapiは、そのフラットなAPIを直感的なオブジェクトモデルへと変換することで、計算ワークフローとLabArchives電子実験ノートとの架け橋となり、手動によるアップロードを排除するために実験データのシームレスな読み書きを自動化するPythonライブラリです。
💻 Category
bioinformatics
1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
PharmCast: rapid generation of three-dimensional pharmacophore fingerprints from two-dimensional structure without conformer generation
PharmCastは、コンフォーマー生成を行うことなく、2DのSMILES文字列から3Dファーマコフォア・フィンガープリントを迅速かつ正確に予測するフィードフォワードニューラルネットワークであり、従来の計算手法と比較して極めて低い計算コストで、効率的なバーチャルスクリーニングやスキャフォールドホッピングを可能にします。
💻 バイオインフォマティクス
Trustworthy ML/AI for Aging Clocks: Preventing Systematic Prediction Bias in Biological Age Estimation
本論文は、機械学習ベースのエイジングクロックにおける系統的な予測バイアスが、下流の関連解析を歪める可能性があるという極めて重要な課題を特定し、妥当な生物学的年齢の推定と推論を保証するための制約付き最適化フレームワークを提案することで、この問題に対処するものである。
💻 バイオインフォマティクス
RevPert: predicting candidate drivers of transcriptomic state transitions via gallery-native reverse perturbation
RevPertは、符号付きピアソン連結性と学習された残差を組み合わせることで、トランスクリプトームの状態遷移の候補となる遺伝的ドライバーを優先的に特定する、ギャラリーネイティブな逆摂動モデルであり、既存のベースラインと比較して、保持された介入の復元および疾患に関連するアンカーの特定において優れた性能を示す。
💻 バイオインフォマティクス
Coarse composition suffices: tabular in-context learning for multi-activity antimicrobial peptide profiling
本論文は、330個の解釈可能な記述子とTabPFN基盤モデルを組み合わせた単純な配列のみのパイプラインが、ESCAPEベンチマークにおけるマルチラベル抗菌ペプチドプロファイリングにおいて、勾配ベースの学習や構造データを必要とすることなく、複雑な構造条件付きディープラーニング手法を凌駕し、最先端の精度を達成することを実証するものである。
💻 バイオインフォマティクス
Covariance Nonstationarity is Evident in Spatial Transcriptomics and Provides a New Categorization of Spatially Varying Genes
本研究は、共分散の非定常性が空間トランスクリプトミクスにおいて一般的かつ生物学的に重要な特徴であり、一般的なガウス過程の仮定に抵触することを示しており、それゆえに、空間的に変動する遺伝子がどのように特徴付けられ分類されるかについての再評価を必要としている。
💻 バイオインフォマティクス
Comparing phenotypic manifolds with Kompot: Cluster-free differential expression at single-cell resolution
本論文は、細胞密度と遺伝子発現を連続関数としてモデル化することで、定義済みの細胞型に依存することなく、細胞数の差（differential abundance）と局所的かつ不均一な転写変化の両方を検出することを可能にする、マルチコンディション・データの単一細胞解像度での比較解析を実現するクラスターフリーの統計的フレームワークであるKompotを紹介している。
💻 バイオインフォマティクス
Probing the transcriptome response to shivering in skeletal muscle using a multilayered bioinformatics approach
本研究は、多層的なバイオインフォマティクス・アプローチを用いて、繰り返される震えに対するヒト骨格筋の強固で性差のある転写シグネチャーを特徴付け、これらの分子適応が寒冷順化に伴いどのように減退するかを明らかにするとともに、改善された代謝健康への新たなメカニズム的洞察を提供するものである。
💻 バイオインフォマティクス
Experimental and In Silico Analysis of the Structural Dynamics of Dengue NS2B-NS3 Protease
本研究は、実験的な生物物理学的解析と計算シミュレーションを統合することで、デングウイルスNS2B-NS3プロテアーゼのpH依存的な構造力学および構造的可塑性を特性化し、pH特異的な抗ウイルス阻害剤の合理的設計に向けた重要な知見を提供するものである。
💻 バイオインフォマティクス
CoTRA: an integrated R/Shiny framework for transparent bulk and single-cell RNA-seq analysis
CoTRAは、バルクおよびシングルセルRNA-seq解析の両方に対して透明かつ再現可能なワークフローを統合する、オープンソースのモジュール式R/Shinyフレームワークであり、広範な機能、クロスプラットフォームの互換性、および既存のツールと同等またはそれを上回る検証済みの性能を提供します。