💻 バイオインフォマティクス
De novo Design of Macrocyclic Molecular Glues
本論文は、タンパク質配列のみから近接性を誘導し標的タンパク質分解を促進するマクロ環状分子接着剤のデノボ設計を可能にするディープラーニングフレームワークであるEvoBind-multimerを紹介するとともに、これらの接着剤の機能的結果が異なる患者由来モデル間で文脈依存的に変化し得ることを明らかにしている。
💻 Category
bioinformatics
1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
A novel benchmark dataset for enzyme function prediction reveals the limitations of state-of-the-art models
本論文は、現在の最先端の酵素機能予測モデルが系統発生学的なショートカットに大きく依存しており、触媒能を失った変異体と機能的な酵素を区別できていないことを示すために、構造的に破壊された酵素デコイの新しいベンチマークデータセットであるEnzymARCを導入し、それによってモデルの学習および評価における構造を考慮した負例の極めて重要な必要性を浮き彫りにしている。
💻 バイオインフォマティクス
antigen-prime: Simulating coupled genetic and antigenic evolution of influenza virus
本論文は、インフルエンザ変異株の割り当ておよび増殖率推定手法のベンチマーク用として、遺伝子配列を宿主による選択下での抗原表現型へと結びつけ、グラウンドトゥルース・データ（正解データ）を生成する前方時間エピデミックシミュレータであるantigen-primeを紹介し、それらの手法の正確性と特有の失敗モードの両方を明らかにしている。
💻 バイオインフォマティクス
Degree-ranked gene lists omit the cross-module connectors, and a partition-free centrality recovers them
本研究は、標準的な次数に基づく遺伝子優先順位付けが、生物学的プロセスを調整するために不可欠な非ハブ・コネクター遺伝子を系統的に見落としていることを明らかにし、機能注釈やコミュニティ検出に依存することなく、これらの見落とされた遺伝子を正常に回収することに成功した、分割フリーの情報理論的中心性尺度であるEDVSを提案するものである。
💻 バイオインフォマティクス
SVlog: a logic programming framework for understanding structural variation in genomic disease
SVlogは、ゲノムデータをリレーショナルな事実へと変換し、構成可能な論理規則を適用することで、臨床疾患のキュレーションに向けた構造変異の高速かつ決定論的で説明可能な解析、アノテーション、および優先順位付けを可能にする、Souffle上に構築された透明性の高い宣言型論理プログラミングフレームワークである。
💻 バイオインフォマティクス
From Plants to Patients: Mitochondrial Stress Signaling as a Systems Framework for Human Disease Vulnerability
本論文は、植物とヒトのミトコンドリア・ストレス・シグナル伝達ネットワークは複雑さにおいて分岐しているものの、それらは共通の基礎的な組織原理を共有していることを示す比較的な*in silico*フレームワークを提案しており、より単純でレジリエンス志向の植物システムが、ヒトのミトコンドリア疾患の脆弱性に関する検証可能な仮説を生成するための概念モデルとして機能し得ることを示唆している。
💻 バイオインフォマティクス
Beyond the Default: Optimizing Molecular Networking with arteMIS
本論文は、デフォルト設定の限界を克服するために、多指標評価とラテン超立方体サンプリングを通じて分子ネットワークのパラメータを最適化する体系的なフレームワークであるarteMISを紹介しており、それによって、多様なデータセットやスコアリング手法にわたって、より堅牢で化学的に意味のある、安定したネットワークを生成することを可能にする。
💻 バイオインフォマティクス
PyMOL plugin for Protein Circuit Topology
本論文は、構造化されたタンパク質および無秩序なタンパク質の両方のトポロジーを解析するために、様々な回路トポロジー手法をユーザーフレンドリーなインターフェースと再現可能な環境と統合した、新しいPyMOLプラグインを紹介するものである。
💻 バイオインフォマティクス
Sparse Autoencoders Reveal Structural and Family-level Features in BiRNA-BERT
本論文は、BiRNA-BERT RNA言語モデルの隠れ状態を、二次構造やRNAファミリーの型を表す解釈可能な塩基配列アラインメント特徴量へと解読することに成功したスパースオートエンコーダ・フレームワークであるSPIRALを紹介し、これによりバイトペア・トークナイゼーションの課題にもかかわらず、ダウンストリームの予測性能を向上させるものである。
💻 バイオインフォマティクス
scDblFinder in Python with GPU support
本論文は、R言語ベースのダブルット検出ツールであるscDblFinderの高性能を再現しつつ、大規模なシングルセルシーケンシングデータの処理を加速させるためのオプションとしてのGPUサポートを追加した、Python実装であるscDblFinderPyを紹介するものである。