💻 bioinformatics
De novo protein discovery in non-model organisms
著者らは、1KP RNA-seq データを用いた*Selaginella*属種に関する分析を通じて実証されたように、参照ゲノムを必要とせず非モデル生物の転写産物におけるタンパク質ドメインの比較、注釈付け、および定量を可能にするクロマトグラフィーに類似した新規計算手法「plant」を開発した。
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bioinformatics
1012 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 bioinformatics
An improved generic schema for high fidelity data linkage and sample tracing across complex multi-assay medical entomology studies
本論文は、タンザニアにおける複雑で多チーム・多段階のハマダラ媒介研究において、改良された汎用データスキーマが、野外収集から昆虫室での飼育および実験室分析に至るまでのほぼ完全なデータ統合を達成し、高忠実度なリンクと堅牢なサンプル追跡性を確実にすることを示している。
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Phylogenomic coupling of F1 chemosensory and archaellum systems across archaea and monoderm bacteria
本研究は、アーキアからクロロフレクソータ門細菌へ水平遺伝子移転を介して、アーキア鞭毛に基づく運動性とF1型化学受容システムが両者とも転移され、これら異なるドメイン間で共有された進化の軌跡が確立されたことを明らかにする。
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CardioSafe: Multi-task prediction of cardiac ion channel activity with reverse-leak audited benchmarking
CardioSafe は、化学的およびトランスクリプトミクス特徴を統合して心臓イオンチャネル活性を予測するマルチタスクニューラルネットワークであり、Nav1.5 および Cav1.2 チャネルのベンチマーク結果を過大評価していた訓練データの汚染が逆リーク監査によって発見・除去された後、既存の手法を上回る性能を示しました。
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Amino Acid Insertion Energetics in a POPC Bilayer from Unbiased Molecular Dynamics
本研究は、偏りのない分子動力学シミュレーションを用いて、POPC 二重層における 28 種類のアミノ酸アナログの挿入エネルギーを定量化し、実験的な疎水性スケールを成功裡に再現するとともに、プロトン化状態および芳香族配向の熱力学的役割を解明する、深さ依存性の平均力ポテンシャルを生成した。
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CausalKnowledgeTrace: A Novel Computational Framework for Automated Literature-Based Causal Graph Construction and Evidence-Based Variable Selection in Biomedical Research
CausalKnowledgeTrace は、観察研究における因果推論の改善のために交絡因子とバイアス構造を体系的に特定するよう、生物医学文献から証拠に基づく因果グラフの構築を自動化する、スケーラブルな Python ベースの計算フレームワークである。
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MucOneUp: A Simulation Framework for MUC1-VNTR Variant Benchmarking
本論文は、複数のシーケンシングプラットフォームにわたって MUC1-VNTR フレームシフト変異を検出するバリアントコールツールの性能を評価するためのベンチマークデータセットを生成するように設計された、特殊なシミュレーションフレームワークである MucOneUp を紹介する。
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The elusive resistome: a global comparison reveals large discrepancies among detection pipelines
本研究は、抗生物質耐性遺伝子の検出における標準化された手法の欠如がパイプライン間で甚大な不一致を引き起こし、同一のメタゲノムデータが矛盾する生物学的解釈をもたらすことを示しており、研究者が選択した解析手法を慎重に正当化し伝達する必要性を浮き彫りにしている。
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Zero-shot biological reasoning with open-weights large language models reproduces CRISPR screen based prediction of synthetic lethal interactions.
本研究は、Qwen2.5-32B-Instruct を含むオープンウェイトの大規模言語モデルが、事前学習された生物学的知識を活用することで、ランダムな確率や非 LLM 手法を上回る精度で合成致死相互作用を効果的に予測でき、がんにおける新規治療標的の優先順位付けのためのスケーラブルかつ解釈可能な代替手段を提供することを示している。
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Deep Computational Anatomy via Latent-Aligned Multiview Normalizing Flows
本論文は、異種マルチモーダルデータセットにわたって共有潜在部分空間を学習し、正確な尤度モデリング、閉形式のクロスビュー補完、および集団テンプレートと測地線補間の計算解剖学的解釈を可能にする深層学習フレームワークである潜在整合多視点正規化（LAMNr）フローを導入し、ANTsXエコシステムと統合された包括的なオープンソースの PyTorch 実装によって支援されるものである。