1243 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
本論文は、組織の形態と空間トランスクリプトームデータを統合的に可視化・解析することを可能にする軽量オープンソース Python フレームワーク「CosMxScope」を提案し、CosMx 空間分子イメージャーの出力をデジタル病理ツール（QuPath など）と互換性のある形式に変換することで、臨床転換研究における空間オミクス解析ワークフローを支援するものである。
この論文は、UCSC ゲノムブラウザと統合ゲノムブラウザ（IGB）間で、それぞれ固有のトラックハブおよびクイックロードデータ形式を相互変換する Web アプリケーション「Track Hub Quickload Translator」を開発し、研究者が初めて数万のゲノムアセンブリを両方のブラウザで利用可能にしたことを報告しています。
この論文は、既知の分子との「連関による推測（guilt by association）」の原理を用いて多オミクスデータのばらつきを解析し、タンパク質の未知の機能を解明するための Python パッケージ「VaLPAS」を開発し、酵母のデータセットを用いてその有効性を示したものである。
この論文は、Nextflow とコンテナ技術を活用して MNase 定義シストローム占有（MOA-seq）データ解析パイプラインを再設計した「MOAflow」を開発し、その移植性、再現性、および計算効率の向上を実証したものである。
この論文は、機械学習を用いて EEG データから高精度に脳年齢を推定する「BrainYears」を開発し、その介入への有効性を示すことで、非侵襲的かつ低コストな脳老化バイオマーカーの実用化を実現したことを報告しています。
AI によるタンパク質構造予測を用いた本研究は、脊椎動物の TLR2 におけるリガンド結合ポケットの保存性と進化、および無脊椎動物における同様の構造が収斂進化によって独立して生じたことを明らかにしました。
本論文は、不要なフラグメントを戦略的にフィルタリングし局所ドッキングモードを導入することで、高コストなペプチドドッキング手法「PatchMAN」の計算効率を大幅に向上させつつ精度を維持した新バージョン「PatchMAN2」を提案するものである。
本論文は、複数の構造目的をスカラー化報酬で単一モデルが最適化する既存手法の限界を克服し、個別の報酬信号を持つ複数の選好モデルを共有サンプリングプールを通じて対話させる「対称的自己遊戯選好最適化（SSP）」フレームワークを提案し、タンパク質逆折り問題における設計の自己整合性と多様性の向上を実証したものである。
本論文は、構造化された生物学的記述（細胞種、組織、マーカー遺伝子など）から単細胞遺伝子発現プロファイルを生成する新しいパイプライン「CLOP-DiT」を提案し、テキストと細胞データの対照的アライメントと拡散トランスフォーマーを用いた条件付き生成の可行性を実証したものである。
本研究は、抗 NMDA 受容体脳炎の原因となる自己抗体を中和するデコイとして機能する合成ペプチド Mimetic の設計と、AlphaFold2 や HADDOCK などの計算手法を用いた結合親和性の評価を行い、その有効性を示唆したものです。