💻 バイオインフォマティクス
Function-guided design of active enzymes
本論文は、機能的な記述を、複数のタンパク質ファミリーにわたって定量的な触媒活性を持つ実験的に検証済みの酵素へと変換することに成功し、野生型や市販の参照標準に匹かに及ぶ、あるいはそれを上回る性能を達成した、機能条件付き生成フレームワークであるEnzymeArtを紹介するものである。
💻 Category
bioinformatics
1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
Homology-aware cross-validation strategies for generalization assessment in RNA structure prediction
本論文は、古典的な手法およびディープラーニングを用いたRNA二次構造予測手法の両方において、データリークに対処し公平な汎化性能評価を確保するために、ホモロジーを考慮した交差検証戦略を批判的に検討し、提案するものである。
💻 バイオインフォマティクス
Bamsnap-LRS: an automated batch visualization tool for long-read sequencing alignments
Bamsnap-LRSは、既存の可視化ソフトウェアの拡張性と最適化の限界を克服するために設計された自動コマンドラインツールであり、ロングリード特有の機能、フェーズ化されたSNP検査、および多様なゲノム解析をサポートしながら、ロングリードシーケンシングアライメントの高スループットかつ出版可能なバッチ可視化を可能にします。
💻 バイオインフォマティクス
Development of Deep-Learning Models that Predict Quantitative Protein-Ligand Interac-tions in Glycobiology as a part of a Capstone Course
アルバータ大学のキャップストーン・コースの一環として、本論文は、糖鎖とタンパク質の定量的結合強度を予測するために約100万組のタンパク質-リガンド対からなるハイブリッドデータセットで学習された3つのディープラーニングモデル（ProMax、APEX、およびUltraMax）を紹介するとともに、ロングテールなデータ分布および不十分なキラル特徴量の活用がもたらす課題を強調している。
💻 バイオインフォマティクス
ComplexDesign: sequence-hallucination design of protein binders bridging multiple proteins
ComplexDesignは、構造予測ガイド型の配列最適化と特殊なマスキングメカニズムを利用することで、多鎖タンパク質複合体および複数の標的を橋渡しする柔軟なバインダーの設計に成功し、無条件のマルチマー設計と三元複合体生成の両方において既存の手法を凌駕する、ハルシネーションに基づくアプローチである。
💻 バイオインフォマティクス
fastQpick: scalable bootstrap and subsampling of FASTQ reads
fastQpickは、生のシーケンシングデータの不確実性を定量化するために、FASTQリードの効率的かつスケーラブルなブートストラップ再サンプリングを可能にするオープンソースのコマンドラインツールおよびPythonライブラリであり、大規模なライブラリを扱うための複数のメモリ最適化モードを提供します。
💻 バイオインフォマティクス
HoloCell: A Generative Foundation Model for Holistic Cellular Modeling
HoloCellは、階層的トークン化と反復的な拡散を通じてエピゲノム、トランスクリプトーム、およびプロテオームのデータを統合し、包括的な細胞表現学習と柔軟なクロスモーダル生成を可能にするために、膨大なマルチオミクスコーパスを用いて事前学習された8億6,000万パラメータの生成基盤モデルである。
💻 バイオインフォマティクス
Comorbidity structure as an inductive bias: Comparing output-head designs for multi-label prediction of diabetes and myocardial infarction complications
本論文は、マルチラベル予測のための出力ヘッド設計は、タイプ2糖尿病の微小血管系に関連する合併症においては対称条件付き確率場が複雑な代替手法を凌駕した一方で、心筋梗塞の不均一な電気生理学的合併症においては単一のアーキテクチャが安定しているとは証明されなかったことから、併存疾患の潜在的な生物学的構造を反映するように明示的に選択されるべきであることを示している。
💻 バイオインフォマティクス
Drug-Prot: A query system for statistical inference of drug effects and interactions in dynamic proteomic networks
Drug-Protは、乳がん細胞株からの大規模な摂動プロテオミクスデータを活用して、単剤および併用療法に対するタンパク質レベルの応答の標的解析を可能にするために、因果的な薬物効果、薬物相互作用、および動的なタンパク質依存性ネットワークを統計的に推論する、公開されている計算フレームワークおよびウェブアプリケーションである。
💻 バイオインフォマティクス
Hierarchical classification of immune cell transcriptomes at population-scale
本論文は、独立した専門家によるアノテーションのリソースであるSucoと、階層型分類器であるCompocyteを導入することで、約4,000人の患者にわたる1,560万個の免疫細胞を正常に分類する堅牢なフレームワークを確立し、新たな免疫表現型の解明および集団規模の免疫学研究の進展を実現した。