💻 バイオインフォマティクス
Antibody-Antigen Affinity Prediction with Chain-Aware Protein Language Modeling
本論文は、構造データが利用不可能なシナリオにおいて、重鎖、軽鎖、および抗原の個別の表現を保持することで既存の手法を凌駕する、連鎖認識型3ストリームアーキテクチャを用いた軽量な配列のみのディープラーニングモデルであるAbAffinityを紹介するものである。
💻 Category
bioinformatics
1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
The recount3 Python package for programmatic access to uniformly processed RNA-seq data
recount3 Pythonパッケージは、数万もの一律に処理されたヒトおよびマウスのRNA-seqサンプルへの効率的なプログラム的アクセス、キャッシュ、および解析準備が整ったデータフォーマットを可能にする堅牢なAPIとCLIを提供しており、それによって大規模な公開トランスクリプトームデータと現代的なPythonベースの機械学習エコシステムとの間の溝を埋めるものである。
💻 バイオインフォマティクス
Ribosomes are covered by a coat of flexible protein fragments
この研究は、あらゆる生命のドメインにおけるリボソームが、標準的な構造モデルでは不可視である、機能的に重要な柔軟なタンパク質断片（FPFs）による、これまで見過ごされてきた被膜を有しており、その特定の組成と長さが、異なる膜および構築環境に適応するためにリボソームのクラスごとに変化することを明らかにしている。
💻 バイオインフォマティクス
Tox21mer, A transformer foundation model for Tox21 high-throughput concentration-response curves data
本論文は、マスクされた応答の再構成を通じて250万件のTox21濃度反応曲線を用いて事前学習された、4,350万個のパラメータを持つトランスフォーマー・ファウンデーションモデルであるTox21merを紹介しており、これはアッセイ結果やAC50値の予測において最先端の性能を達成するとともに、未テストの化合物への外挿を可能にする高品質な768次元の埋め込みを生成する。
💻 バイオインフォマティクス
Children's DNA Methylation and Family Dynamics in a Congo Basin Subsistence Community: Links with Parental Conflict and Fathers' Caregiving
本研究は、コンゴ盆地の自給自足コミュニティにおいて、子供のDNAメチル化パターンが親の葛藤および父親の養育と有意に関連していることを示しており、これにより、これらの家族力学がストレス、免疫、および発達に関与する遺伝子と結びついていることを明らかにし、家族環境の生物学的組み込みが多様な社会生態学的文脈にわたる普遍的な現象であることを示唆している。
💻 バイオインフォマティクス
MorphoStat: A Statistics-Aware Pipeline for Morphological Profiling Analysis
MorphoStatは、堅牢な形態学的プロファイリング解析を促進するために、高コンテンツイメージングデータの正規化、分布を考慮した統計検定、および多重検定補正を自動化するオープンソースのPythonパイプラインです。
💻 バイオインフォマティクス
Predicting optimal growth temperatures of bacteria using learned structural information from a single protein
本論文は、遍在的なタンパク質であるアデニル酸キナーゼからMSA Transformer由来の構造的シグネチャーを活用することで、細菌の最適生育温度を正確に予測し、多様な環境における堅牢で系統発生的に汎用可能なコミュニティレベルの熱推論を可能にする新しいフレームワークであるROSEATEを紹介するものである。
💻 バイオインフォマティクス
MetaHarmonizer: robust biomedical metadata harmonization and a contamination control for inflated LLM performance on public benchmarks
MetaHarmonizerは、ハルシネーションやベンチマーク性能の過大評価を防ぐために、制御された語彙集とマルチステージのカスケードを組み合わせた、堅牢で完全ローカルかつ決定論的なバイオメディカル・メタデータ・ハーモナイゼーションのための自動化システムであり、スキーマおよびオントロジーのマッピングにおいて最先端の精度を実現すると同時に、原理に基づいたヒューマン・イン・ザ・ループによるトリアージを可能にする。
💻 バイオインフォマティクス
VLab4Mic: prediction of structural resolvability in super-resolution microscopy
VLab4Micは、プローブの配置と立体障害をモデル化することにより、様々な超解像顕微鏡モダリティにおけるタンパク質複合体の構造分解能を予測するシミュレーションプラットフォームであり、それによって研究者が物理的な実験を行う前に実験の実現可能性を評価することを可能にします。
💻 バイオインフォマティクス
THEOBROMA: an aggregated open database of 1.13 million natural products with per-compound license auditing, three-tier classification, and stereochemistry-aware deduplication
THEOBROMAは、29のソースから113万件以上の天然物を集約したオープンデータベースであり、ライセンスに準拠したバーチャルスクリーニングと異性体特異的な生物活性解析を可能にするため、化合物ごとのライセンス監査、3段階の分類システム、および立体化学を考慮した重複排除を通じて差別化を図っています。