💻 バイオインフォマティクス
CryoDiff: An uncertainty-aware diffusion model for Cryo-EM map enhancement
本論文は、構造解像度の向上とボクセル単位の信頼度推定を共同で行うことで、クライオ電子顕微鏡（cryo-EM）マップの解釈性とダウンストリームのモデル構築を大幅に向上させる、既存の手法を凌駕する不確実性を考慮した拡散モデルであるCryoDiffを導入するものである。
💻 Category
bioinformatics
1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
Cellpin enables reference-based imputation and denoising of spatial transcriptomes
本論文は、教師・生徒間の潜在空間蒸留とノイズシミュレーションを利用することで、クロスモダリティの整列を必要とせずに未測定遺伝子の補完および空間トランスクリプトームプロファイルのデノイジングを効果的に行う、単一細胞RNAシーケンシングデータのみで学習されたスケーラブルな変分オートエンコーダであるcellpinを導入する。
💻 バイオインフォマティクス
OmniGene-4: A Unified Bio-Language MoE Model with Router-Level Interpretability
OmniGene-4は、継続的な事前学習がいかにタスク横断的な専門化を促進し、エキスパート計算がいかに配列に基づいた生物学的推論を処理するかを示す、ルーター解釈可能な統合されたMixture-of-Experts基盤モデルを導入しており、マルチモーダル入力へと拡張された場合でも、タンパク質のホモロジーおよび一般的な生物学的知識において、大幅に削減された計算コストで最先端の性能を達成している。
💻 バイオインフォマティクス
UnBlender: validating individual analyses in respiratory bulk RNA-seq cell type deconvolution
本論文は、呼吸器科学者がバルクRNA-seqデータに対してカスタマイズ可能な細胞型デコンボリューションを実行することを可能にし、かつ再現可能で信頼できる結論を保証するために、推定された細胞型の割合の正確性を日常的に検証するように設計されたパイプラインであるUnBlenderを紹介するものである。
💻 バイオインフォマティクス
An interpretable machine learning framework for dog breed inference and ancestry decomposition
本論文は、次元削減とマルチアウトプット・ランダムフォレスト・モデルを組み合わせた解釈可能な機械学習フレームワークを提示し、ゲノムワイドなSNPデータから犬の品種および血統を正確に推論することで、Dog Aging Projectのデータセットにおいて91.7%の精度を達成するとともに、品種特有の形質に関連する生物学的に重要な遺伝子座を特定している。
💻 バイオインフォマティクス
ROTS 2.0: A reproducibility-driven framework for robust statistical modeling across diverse high-throughput omics study designs
本論文は、再現性を最適化した統計量を、多群比較や生存解析を含む多様なハイスループット・オミクス研究デザインへと拡張し、複雑な実験設定における特徴量選択の信頼性を向上させるために、RおよびPythonで利用可能な強化されたオープンソースフレームワークであるROTS 2.0を紹介するものである。
💻 バイオインフォマティクス
SwiftNJ: Fast Exact Neighbour Joining via Correctness-Gated Coding Agents
本論文は、参照基準に対する完全な正しさを維持しつつ、幾何平均実行時間比で0.565を達成する最適化された近隣結合実装であるSwiftNJを生成する正しさゲート付きコーディングエージェントが、計算系統学において確立されたRapidNJ基準を大幅に凌駕することを示す。
💻 バイオインフォマティクス
Leviathan: A fast, memory-efficient, and scalable taxonomic and pathway profiler for (pan)genome-resolved metagenomics and metatranscriptomics
Leviathan は、配列非依存の分類学的手法と DNA 空間の疑似アライメントを組み合わせ、計算集約的な翻訳検索ステップを回避することで、ゲノムおよびパンゲノム解像度においてメタゲノムおよびメタトランスクリプトームの超高速かつメモリ効率が高く正確な分類学的および機能的プロファイリングを可能にするオープンソースソフトウェアパッケージである。
💻 バイオインフォマティクス
Minimal Computational Framework for Systematic Identification of Antimicrobial Targets
本論文は、タンパク質の動態と反復的な破壊メカニズムを活用して合理的な多剤併用療法のための抗菌ターゲットを体系的に同定し優先順位付けする最小限のマルチスケール計算フレームワークを提示するものであり、毒性や変異による逃避を最小化しつつ治療効果を高めることを目的としている。
💻 バイオインフォマティクス
gTranslate: rapid and accurate translation table prediction for prokaryotic genomes
本論文は、事前の分類群分類なしに原核生物ゲノムの翻訳表を高精度（99.99% 超）で予測する計算効率に優れた機械学習ツール「gTranslate」を導入し、特定の細菌系統における新たな遺伝子コード変異の発見を可能にするものである。