763 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
本論文は、ドチストロマ針葉枯病の文脈において宿主遺伝子型が葉の真菌群集および病気の感受性にどのように影響するかを調査するため、それぞれ200および48のヨーロッパマツ（Pinus sylvestris）遺伝子型からのITS2 メタバーコーディングおよびRNA-seq プロファイルの包括的なデータセットを提示する。
Paipu フレームワークは、NCBI SRA に存在する多様な種からの RNA-seq データの取得と処理を効率化することで、ゲノムおよびアノテーションの障壁を克服し、大規模で調和のとれたパン哺乳類がんトランスクリプトミクスアトラスの構築を可能にします。
本論文は、化学反応網理論（CRNT）の構造解析と記号的な常微分方程式の生成およびハイブリッド数値ソルバーを統合し、シミュレーションのみに依存することなく質量作用系における定常状態、安定性、分岐を厳密に特徴づけるオープンソースの Python ライブラリである mantis-delta を紹介する。
本研究は、アミノ酸の頻度特徴と1次元畳み込みニューラルネットワークオートエンコーダによって学習された潜在表現を組み合わせる2段階のフレームワークを提案し、このハイブリッド特徴セットで訓練されたランダムフォレスト分類器が、頻度特徴のみを使用する場合と比較してタンパク質間相互作用の予測精度を著しく向上させることを実証する。
本研究は、インフルエンザ A 型ウイルス（H3N2）にコードされる miRNA とその標的遺伝子を予測するためのゲノムワイド計算パイプラインを採用し、肺および抗ウイルス自然免疫に関与する宿主遺伝子のネットワークを明らかにすることで、ウイルスの病原性を解明し、治療標的を提示する可能性がある。
KaryoScope は、分単位でパンゲノムアセンブリ全体にわたる多様なゲノム特徴の塩基分解能での注釈を可能にする高速なアライメント不要ツールであり、比較解析および臨床解析を支援するために、従来アクセスが困難であったセントロメアやサブテロメアなどの可変領域を実効的に特徴づけます。
本研究は尿マイクロバイオームデータを分析し、尿路感染症患者に比べて健康な個人において*Lactobacillus crispatus*が有意に豊富に存在することを示し、これを尿路感染症の予防および管理のための有望なプロバイオティクス候補として同定した。
本研究はスパースオートエンコーダとグラフベース分析を用いて、ヌクレオチドトランスフォーマーv2ゲノム言語モデルが複雑な調節ロジックではなく、微細な配列構文と局所的な生物物理的制約を符号化していることを明らかにし、これが特定の分子タスクにおける高い性能と、より広範な調節推論における能力の相対的な低さを説明すると結論づける。
本論文は、単一の対照ライブラリのみを必要とし、新規アルゴリズムを用いて最小の縮退モチーフを定義し、迅速な特徴付けのためのアクセスしやすい Web およびコマンドラインツールを提供することにより、CRISPR および OMEGA システムにおける PAM/TAM の同定を簡素化する、簡素化された実験的・計算的フレームワークである TAMIPAMI を紹介する。
PrEditR は、特定のタンパク質の翻訳後修飾部位を標的とした CRISPR ベースエディタースクリーニング向けに、高スループットかつ質量分析と互換性のあるガイド RNA 生成を可能にすることで、既存の DNA 中心の sgRNA 設計ソフトウェアの限界を克服するために設計されたオープンソースのタンパク質中心ツールである。